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Previous issue date: 2014-02-19 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNAs involved in post-transcriptional
expression regulation by inducing mRNA degradation or translation inhibition. Some
miRNAs are known to regulate HLA-G expression, an important immunemodulatory
molecule that inhibits both Natural Killer and cytotoxic T cells through interaction with
inhibitory receptors. The HLA-G is associated with maternal-fetal tolerance, tissue
acceptance in transplants and the progression of tumors. The mechanisms
underlying HLA-G expression control are not completely understood, however, its
3’untranslated region (3’UTR) is reported to play an important role on gene regulation
influencing mRNA stability and interacting with miRNAs such as miR-148a-3p. In this
study, we performed a systematic analysis of all miRNAs that are good candidates to
act as HLA-G regulators. In order to determine the miRNAs with the highest potential
to influence HLA-G expression, we compared the outputs of three distinct algorithms
- miRanda, RNAhybrid and Pita. For this purpose, a method of miRNA inference was
developed using Perl scripts to compare and filter results and a scoring system was
created in order to evaluate both the binding stability of the miRNA/mRNA interaction
and the miRNA specificity to its target sequence. Then, a panel of miRNAs with great
potential of controlling HLA-G expression was generated. / MicroRNAs (miRNAs) são pequenos RNAs não codificantes envolvidos na
regulação gênica pós-transcricional por meio da degradação da molécula de RNA
mensageiro ou da inibição da tradução. Alguns miRNAs foram relatados como sendo
responsáveis pela regulação da expressão do gene HLA-G, um importante
imunomodulador que inibe a ação de células Natural Killer e células T citotóxicas ao
interagir com receptores inibitórios. Este gene está associado à tolerância maternofetal,
aceitação de tecidos após transplantes e progressão de tumores. Os
mecanismos subjacentes à regulação da expressão de HLA-G não foram
completamente elucidados, mas sabe-se que sua região 3’ não traduzida (3’NT)
possui um papel importante na regulação gênica tanto por manter a estabilidade da
molécula de mRNA quanto por interagir com miRNAs como miR-148a-3p. Neste
estudo, foram inferidos miRNAs que são bons candidatos para atuarem como
reguladores do gene HLA-G. Para determinar os miRNAs com o maior potencial de
operarem no controle pós-transcricional dos níveis de HLA-G, comparamos os
resultados de três algoritmos distintos – miRanda, RNAhybrid e Pita. Para tanto, foi
desenvolvida uma estratégia de inferência de miRNAs que utiliza scripts em Perl
para comparação e filtragem dos dados e um sistema de pontuação que permite
avaliar tanto a estabilidade da interação miRNA/mRNA quanto a especificidade do
miRNA à sua sequência alvo. Assim, um painel confiável de miRNAs com grande
possibilidade de influenciar a expressão de HLA-G foi gerado considerando as
regiões polimórficas e não polimórficas da região 3’NT do gene HLA-G
individualmente.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.bc.ufg.br:tede/4891 |
| Date | 19 February 2014 |
| Creators | Porto, Iane de Oliveira Pires |
| Contributors | Castelli, Erick da Cruz, Georg , Raphaela de Castro |
| Publisher | Universidade Federal de Goiás, Programa de Pós-graduação em Biologia (ICB), UFG, Brasil, Instituto de Ciências Biológicas - ICB (RG) |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFG, instname:Universidade Federal de Goiás, instacron:UFG |
| Rights | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 6883982777473437920, 600, 600, 600, 600, -3872772117827373404, -1634559385931244697, -2555911436985713659 |
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