Les protéines membranaires intégrales jouent un rôle indispensable dans la survie des cellules et 20 à 30% des cadres de lectures ouverts codent pour cette classe de protéines. La majorité des protéines membranaires se trouvant sur la Protein Data Bank n’ont pas une orientation et une insertion connue. L’orientation, l’insertion et la conformation que les protéines membranaires ont lorsqu’elles interagissent avec une bicouche lipidique sont importantes pour la compréhension de leur fonction, mais ce sont des caractéristiques difficiles à obtenir par des méthodes expérimentales. Des méthodes computationnelles peuvent réduire le temps et le coût de l'identification des caractéristiques des protéines membranaires. Dans le cadre de ce projet de maîtrise, nous proposons une nouvelle méthode computationnelle qui prédit l’orientation et l’insertion d’une protéine dans une membrane. La méthode est basée sur les potentiels de force moyenne de l’insertion membranaire des chaînes latérales des acides aminés dans une membrane modèle composèe de dioléoylphosphatidylcholine. / Integral membrane proteins play many important roles, and account for 20 to 30% of the open reading frames code for this class of proteins. Most of the membrane proteins found on the Protein Data Bank do not have a known membrane orientation and insertion, and such information is not available from the standard PDB format. The orientation, insertion and conformation that the membrane proteins have when interacting with a lipid bilayer are important for understanding their functions, but they are difficult characteristics to obtain experimentally. Computational methods can help reduce the cost and time allocated to determine the characteristics of a membrane protein. In this project, we propose a new computational method that predicts the orientation and the insertion of a protein in a lipid bilayer. The method is based on the potential mean force of the insertion of the amino acid side chain analogs in a dioleoylphosphatidylcholine lipid bilayer.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LAVAL/oai:corpus.ulaval.ca:20.500.11794/26795 |
| Date | 24 April 2018 |
| Creators | Tudor, Andrei |
| Contributors | Lague, Patrick |
| Source Sets | Université Laval |
| Language | French |
| Detected Language | French |
| Type | mémoire de maîtrise, COAR1_1::Texte::Thèse::Mémoire de maîtrise |
| Format | 1 ressource en ligne (xv, 68 pages), application/pdf |
| Rights | http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
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