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Previous issue date: 2018-02-05 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Copaifera multijuga Hayne is a large plant species, popularly known as copaiba,
native to Latin America and Africa. They are widely used in Amazonian folk
medicine, due to the properties of oleoresin extracted from the trunk of their
trees, mainly used as: diuretic, laxative, anti-tetanic, anti-inflammatory,
antitussive, healing and anti-tumor. Therefore, it is of great importance for
research aimed at identifying in plants substances with potential medical and
biotechnological purposes. Therefore, this work aimed to search for the
transcriptome of C. multijuga Hayne, which was sequenced using the Roche
454 platform, obtaining a total of 638,576 reads, assembled using the de novo
methodology using the MIRA and TRINITY platforms. Being generated, from
the assembly by TRINITY 53.319 contigs and 62.839 by assembly MIRA. The
transcriptome annotation was performed using BLASTx (NCBI) and the
functional annotation through the Gene Ontology (GO) bank. The results were
categorized according to GO, where the contigs were grouped in the categories:
"Cell Component" with 6.249 contigs involved in this category, "Molecular
Function" with a total of 17.208 contigs and "Biological Process" with 9,499
contigs. In the three categories the contigs evidenced are involved in the
primary plant metabolism. A total of 184 unigenes were detected in 22 clusters,
mainly involved in responses to plant oxidative stress, terpenes, important
metabolites involved in the formation of copaiba oleoresin, diterpenes (resinous
portion of oleoresin) and sesquiterpenes (volatile components of oil) and
unigenes related to vegetal pigmentation such as: flavonoids, carotenoids and
anthocyanins. In phylogenetic analysis, evolutionary comparisons of terpene
synthase enzymes, copaiba oil formation components, with enzymes from the
NCBI database were made. C. multijuga TPS4-2 unigene had similarity to other
Copaifera TPS4-2 terpene sequences available from the bank. Thus, in this
work the transcriptome of C. multijuga was carried out with new assembly and
annotation, which leads to the perspective of studies with the unigenes
encoding enzymes components of the oleoresin evidenced in this work, aiming
with this future research for biotechnological purposes. / Copaifera multijuga Hayne é uma espécie de planta de grande porte,
popularmente conhecida como copaíba, nativa da América Latina e da África.
São amplamente utilizadas na medicina popular amazônica, devido as
propriedades do óleo-resina extraído do tronco de suas árvores, utilizado
principalmente como: diurético, laxativo, antitetânico, anti-inflamatório,
antitussígeno, cicatrizante e anti-tumoral. Sendo, portanto, de grande
importância para pesquisas que visem identificar nas plantas substâncias com
potenciais finalidades médicas e biotecnológicas. Por isto, este trabalho visou
pesquisar o transcriptoma de C. multijuga Hayne, o qual foi sequênciado
utilizando a plataforma 454 Roche, sendo obtido um total de 638.576 reads,
montados através da metodologia de novo com auxílio das plataformas MIRA e
TRINITY. Sendo gerados, a partir da montagem por TRINITY 53.319 contigs e
62.839 pela montagem MIRA. A anotação do transcriptoma foi realizada
utilizando BLASTx (NCBI) e a anotação funcional através do banco Gene
Ontology (GO). Os resultados obtidos foram categorizados de acordo com GO,
onde os unigenes foram agrupados nas categorias: “Componente Celular” com
6.249 contigs envolvidos nesta categoria, “Função Molecular” com total 17.208
contigs e “Processo Biológico” com 9.499 contigs. Nas três categorias os
contigs evidenciados estão envolvidos no metabolismo primário vegetal. Já do
metabolismo secundário foram detectados 184 unigenes, sendo organizados
em 22 clusters, envolvidos principalmente em respostas ao estresse oxidativo
vegetal, compostos terpenos, importantes metabólitos envolvidos na formação
do óleo-resina de copaíba, diterpenos (porção resinosa do óleo-resina) e
sesquiterpenos (componentes voláteis do óleo) e unigenes relacionados com a
pigmentação vegetal tais como: flavonóides, carotenóides e antocianinas. Na
análise filogenética foram feitas comparações evolutivas de enzimas de
terpenos sintases, componentes de formação do óleo de copaíba, com
enzimas do banco de dados NCBI. O unigene de TPS4-2 de C. multijuga
mostrou-se mais próximo a outras sequências de terpenos TPS4-2 de
Copaifera disponíveis no banco. Com isto, neste trabalho realizou-se o
transcriptoma de C. multijuga com a montagem de novo e anotação o que leva
a perspectiva de estudos com os unigenes codificadores de enzimas
componentes do óleo-resina evidenciados neste trabalho, visando com isto
futuras pesquisas para fins biotecnológicos.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:http://localhost:tede/6728 |
| Date | 05 February 2018 |
| Creators | Santos, Eliane Carvalho dos, 92992076273 |
| Contributors | ppgbiotec@ufam.edu.br, Astolfi Filho, Spartaco, Andrade, Edmar Vaz de |
| Publisher | Universidade Federal do Amazonas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, UFAM, Brasil, Instituto de Ciências Biológicas |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFAM, instname:Universidade Federal do Amazonas, instacron:UFAM |
| Rights | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 1984485651082134923, 500 |
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