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Previous issue date: 2013-07-09 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Manioc (Manihot esculenta Crantz) performs an important social role as a food source in the tropical world. The germplasm maintained manioc forms the basis for technological exploitation of the species in the development of new cultivars. To be efficiently used require different methods of genetic characterization. Markers based on transposable elements are suitable for genetic analyzes because of their qualities of reproducibility and abundant polymorphism. We used 430 manioc accessions that compose the Embrapa germplasm collected in the Amazon basin. The retrotransposons sequences were located in the Phytozome database, IRAP primers designed with Primer3 program, structuring within the germplasm has been detected by STRUCTURE software v. 2.2 and the genetic diversity was assessed using the Popgen software v1.32. IRAP data to the software STRUCTURE suggested the existence of two gene clusters (k = 2) with 93 and other with 127 varieties of total 430 plants, considering only the fidelity above 80%. The AMOVA for K = 2 showed greater variation within the group (89%) than among groups (11%). The six IRAP primer pairs were informative for assessing genetic diversity, with averages of 96% polymorphism, 0.4 heterozygosity and Shannon index 0.57, however, did not detect structuring within cassava germplasm compared to other assisted structuring markers. / A mandioca (Manihot esculenta Crantz) desempenha importante papel social como fonte de alimentação nas regiões tropicais mundiais. O germoplasma conservado constitui a base para aproveitamento tecnológico da espécie no desenvolvimento de novas cultivares. Para que seja eficientemente utilizado necessita de diferentes métodos de caracterização genética. Os marcadores com base em elementos transponíveis são indicados para análises genéticas devido as suas qualidades de reprodutibilidade e polimorfismo abundante. Foram utilizados 430 acessos de mandioca que compõem o germoplasma da Embrapa, coletados na bacia amazônica. As sequências de retrotransposons foram localizadas no banco de dados do Phytozome, os primers IRAP desenhados com o programa Primer3, a estruturação dentro do germoplasma foi detectada através do software STRUCTURE v 2.2 e a diversidade genética foi avaliada utilizando o software Popgen v1.32. Para os dados de IRAP o software STRUCTURE sugeriu a existência de dois agrupamentos genéticos (K=2) um com 93 e outro com 127 variedades do total de 430 plantas, considerando apenas a fidelidade acima de 80%. A AMOVA para K = 2 revelou mais variação dentro do grupo (89%) que entre os grupos (11%). Os seis pares de primers IRAP foram informativos para avaliar a diversidade genética, com médias de 96% de polimorfismo, 0.4 de heterozigosidade e com índice de Shannon de 0.57, porém, não detectaram estruturação dentro do germoplasma de mandioca comparada com a estruturação assistida por outros marcadores.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:http://localhost:tede/4392 |
| Date | 09 July 2013 |
| Creators | Silva, Ana Mara Oliveira da |
| Contributors | Clement, Charles Roland, Rodrigues, Doriane Picanço, Moura, Elisa Ferreira |
| Publisher | Universidade Federal do Amazonas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, UFAM, Brasil, Instituto de Ciências Biológicas |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFAM, instname:Universidade Federal do Amazonas, instacron:UFAM |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 32215883775770440, 600 |
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