L’hybridation avec des ressources génétiques allochtones est largement pratiquée chez les plantes ornementales pour introduire de nouveaux caractères. Au cours du 19e siècle, âge d’or de la sélection des rosiers en France, des rosiers asiatiques ont été introduits en Europe. L’objectif ici est d’étudier l’évolution de la diversité génétique des rosiers cultivés en France au cours de cette période. La diversité a été étudiée à l’échelle du génome puis à l’échelle de gènes candidats codant pour des caractères potentiellement sélectionnés au cours du 19e siècle. Un échantillon de 1228 rosiers illustrant la diversité génétique des rosiers français cultivés à cette période a été génotypé avec 32 microsatellites. Une large diversité, structurée en seize groupes génétiques et une différenciation entre les rosiers anciens européens et les rosiers asiatiques ont été détectées. Un déplacement du fond génétique des hybrides cultivés d’un type européen vers un type asiatique a été observé au cours du 19e siècle. Les croisements fréquents et/ou la sélection pour des caractères présents chez les rosiers asiatiques ont pu induire cette évolution. Certains caractères phénotypiques, comme la remontée de floraison, deviennent prépondérants. Onze gènes candidats ont été séquencés et leur diversité a été analysée sur un sous-échantillon de 365 rosiers. Parallèlement au fond génétique, certains gènes présentent un rapprochement génétique vers des allèles asiatiques. Pour le gène KSN, une augmentation de la fréquence d’allèles portant le rétrotransposon copia, responsable de la remontée de floraison, est observée. / Innovation in ornamental plant breeding is commonly obtained by hybridization with newly introduced genetic resources. During the 19th century, golden age for rose breeding in France, Asian roses were introduced in Europe. Our objective here was to study and explain the evolution of rose genetic diversity in France during this period of time. The diversity was studied at the genome scale and at the candidate gene scale. A large sample of 1228 garden roses illustrating the French rose diversity from this period of time was genotyped with 32 microsatellites markers. A wide diversity, structured into sixteen genetic groups, was observed. A geneticdifferentiation was detected between ancient European and Asian accessions and a continuous temporal shift was observed in cultivated hybrids from a European to an Asian genetic background during the 19th century.Frequent crosses with Asian roses along the 19th century and/or selection for Asiatic traits may have induced this shift. Some phenotypic traits, like continuous flowering, became overriding traits. Eleven candidate genes, which were potentially selected during the 19th century, were sequenced and their diversity was analyzed on a subsample of 365 roses. Simultaneously to the genetic background, some genes are gettingcloser to Asian alleles. For the KSN gene, an increase in the frequency of alleles carrying the retrotransposon copia, responsible for continuous flowering, is observed.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:theses.fr/2016ANGE0058 |
| Date | 22 November 2016 |
| Creators | Liorzou, Mathilde |
| Contributors | Angers, Grapin, Agnès, Clotault, Jérémy |
| Source Sets | Dépôt national des thèses électroniques françaises |
| Language | French, English |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation, Text |
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