Submitted by Maria Beatriz Vieira (mbeatriz.vieira@gmail.com) on 2017-10-18T11:53:11Z
No. of bitstreams: 2
license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)
tese_marcus_redu_eslabao.pdf: 2744083 bytes, checksum: 5950b0ffa159bbf193a91d88276a5e49 (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2017-10-23T11:08:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2
tese_marcus_redu_eslabao.pdf: 2744083 bytes, checksum: 5950b0ffa159bbf193a91d88276a5e49 (MD5)
license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2017-10-23T11:09:03Z (GMT) No. of bitstreams: 2
tese_marcus_redu_eslabao.pdf: 2744083 bytes, checksum: 5950b0ffa159bbf193a91d88276a5e49 (MD5)
license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-23T11:09:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2
tese_marcus_redu_eslabao.pdf: 2744083 bytes, checksum: 5950b0ffa159bbf193a91d88276a5e49 (MD5)
license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)
Previous issue date: 2016-02-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / O sequenciamento de DNA é uma técnica que fornece uma fonte vasta de informações sobre diversos organismos. Atualmente, novas metodologias de sequenciamento conhecidas como Next-Generation Sequencing, estão fazendo com que esta técnica fique inúmeras vezes mais rápida, precisa e economicamente acessível, tornando-se popular e disseminada no meio científico. Com a popularização do sequenciamento de genomas, laboratórios que não possuem ênfase em sequenciamento de DNA, utilizam desta abordagem para complementar seus estudos. Porém, a facilidade em obter a sequência do DNA contrasta com a dificuldade em processar, analisar e anotar o genoma, para que então seja possível obter informações biológicas relevantes sobre aquele organismo. Para auxiliar os pesquisadores que se utilizam desta técnica, alguns softwares estão disponíveis, porém, geralmente são pagos, não realizam toda a tarefa ou são de difícil utilização, neste último caso, por serem em sua grande maioria executados através de terminais de comando, que não contam com um ambiente gráfico para guiar os usuários. Com base nesta problemática, o presente trabalho teve por objetivo criar um software de anotação de genomas de fácil utilização e com interface gráfica amigável, gratuito e que anote com as informações necessárias para submissão ao GenBank. Para implementação do software, denominado Square, as linguagens de programação Python e Object Pascal foram utilizadas. Os algoritmos Prodigal, NCBI BLAST e tRNAscan-SE também foram integrados no software. Ao final da etapa de desenvolvimento, o Square foi testado com três genomas e comparado com dois anotadores populares: o RAST e o BASys. O resultado mostrou que o Square possui maior precisão que os dois outros anotadores, por se aproximar mais do resultado depositado no NCBI, e mais rápido, por ser executado localmente com rapidez. O Square demonstrou-se uma boa alternativa para usuários que não estão acostumados com o terminal de comando Linux e está disponível no endereço http://sourceforge.net/projects/sqgenome/. / DNA sequencing is a technique that provides a vast source of information on various organisms. Currently, new sequencing methods known as Next-Generation Sequencing, are making this technique many times more rapid, accurate and affordable, making it popular and widespread in the scientific community. With the popularization of genome sequencing, laboratories that do not have an emphasis on DNA sequencing, are using this approach to complement their studies. However, the ease in obtaining a DNA sequence contrasts with the difficulty to process, analyze and annotate the genome, in order to obtain relevant biological information. To assist researchers who use this technique, several programs are available, however, they are generally not free, do not perform all the necessary analysis or are difficult to use, mainly because a considerable number of them make use of command line to be executed, which is not intuitive. The objective of this study was to create a genome annotation software easy to use, with a user friendly interface, free and able to provide all the necessary information for the annotated genome to be submitted to GenBank. For software implementation named Square, Python and Object Pascal programming languages were used. The Prodigal algorithms, NCBI BLAST and tRNAscan-SE were also integrated in the software. At the end of the development stage, Square was tested with three genomes and compared to two popular annotators: RAST and BASYS. The result showed that the Square has higher accuracy than the other two annotator programs, as the results are similar to what is deposited in NCBI, and produce the result in a shorter time, as it runs locally. The Square proved to be a good alternative for users not familiar with the Linux command terminal and is available in http://sourceforge.net/projects/sqgenome/ address.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufpel.edu.br:prefix/3731 |
| Date | 29 February 2016 |
| Creators | Eslabão, Marcus Redü |
| Contributors | http://lattes.cnpq.br/4649853685495071, Dellagostin, Odir Antonio |
| Publisher | Universidade Federal de Pelotas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, UFPel, Brasil, Centro de Desenvolvimento Tecnológico |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFPEL, instname:Universidade Federal de Pelotas, instacron:UFPEL |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
Page generated in 0.0022 seconds