The lima bean (Phaseolus lunatus) is one of four cultivated species in the genus Phaseolus. The species was domesticated in South or Central America. It is one of the main cultivated legumes in the tropics and has a great potential as a source of vegetable protein to the population. Among its most important diseases are those caused by viruses, particularly by begomoviruses (family Geminiviridae). Infected plants display an intense yellow or golden mosaic, and have a drastically reduced yield. The objective of this work was to characterize the genetic structure of begomovirus populations infecting lima beans in the state of Alagoas, by analyzing complete DNA-A sequences. Lima bean plants with typical symptoms of begomovirus infection were collected in a number of areas around the states of Alagoas and Pernambuco during 2005. Total DNA was extracted and the presence of a begomovirus was confirmed by PCR. The viral genomic components were amplified using the DNA polymerase from phage phi29, and then cleaved with either BamH I or Hind III. Cleaved products were ligated to the pBluescript KS+ plasmid vector and the recombinant plasmids were transformed into Escherichia coli DH5α. Clones were submitted to cleavage with Hae III and, according to the obtained restriction pattern, 22 (20 from samples collected in Alagoas, and two from samples collected in Pernambuco) were selected for sequencing. Phylogenetic analysis was carried out with MEGA 4.0 using the Neighbour-Joining method. The genetic diversity of the population was evaluated using the DnaSP program, version 5. Analysis of the 22 sequences revealed that they all belonged to a single begomovirus species, Bean golden mosaic virus, with 90 to 94% nucleotide sequence identity with a BGMV isolate from soybean (access number FJ665283.1). All sequences clustered with other Brazilian BGMV isolates from common bean and soybean in the phylogenetic tree, although the two isolates from Pernambuco are closer to the soybean isolate than the 20 isolates from Alagoas. Thus, the lima bean isolates clustered based on their geographical origin. Analysis of the population indicated a high degree of genetic variability, significantly higher than that observed for two begomovirus populations from tomato obtained in the southeastern region of Brazil. / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas / A fava (Phaseolus lunatus) é uma das quatro espécies do gênero Phaseolus exploradas comercialmente. A espécie foi domesticada na América do Sul ou Central. É uma das principais leguminosas cultivadas na região tropical e apresenta potencial para fornecimento de proteína vegetal à população. Entre as doenças mais importantes estão as viroses, principalmente aquelas ocasionadas por begomovírus (família Geminiviridae). As plantas infectadas apresentam um mosaico amarelo intenso e têm a produtividade drasticamente reduzida. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a estrutura genética dos begomovírus que infectam fava no estado de Alagoas, através da análise da sequência completa do DNA-A. Plantas de fava com sintomas típicos de infecção por begomovírus foram coletadas em áreas produtoras localizadas nos estados de Alagoas e Pernambuco no ano de 2005. Foi então realizada a extração de DNA, e confirmada por PCR a presença de begomovírus. Os componentes genômicos foram amplificados utilizando-se a enzima DNA polimerase do bacteriófago phi29, clivados com as enzimas de restrição BamH I e Hind III, ligados ao vetor pBluescript KS+ e utilizados para transformação de Escherichia coli DH5α. Os clones foram submetidos a digestão com a enzima Hae III e, de acordo com o padrão eletroforético observado, 22 clones (20 provenientes de amostras de Alagoas e 2 de Pernambuco) foram selecionados para sequenciamento. A análise filogenética foi realizada utilizando-se o programa MEGA 4.0 através do método ―Neighbour-Joining‖. A avaliação de diversidade genética foi realizada utilizando-se o programa DnaSP versão 5. Análise das 22 sequências obtidas revelou que apenas uma espécie de begomovírus estava infectando as amostras de fava, o Bean golden mosaic virus, apresentando entre 90% e 94% de identidade de nucleotídeos com um isolado de BGMV de soja (acesso FJ665283.1). Todas as sequências obtidas agruparam-se com isolados de BGMV de soja e feijão do Brasil, e os isolados clonados a partir da amostra de fava coletada em PE possuem um relacionamento filogenético mais próximo com o isolado de BGMV de soja do que os isolados de Alagoas. Os isolados apresentaram agrupamento filogenético de acordo com sua origem geográfica, com os isolados de BGMV de fava de PE divergindo dos de AL. A análise da população de BGMV infectando fava indicou uma alta taxa de variabilidade genética, significativamente maior que a observada para duas populações de begomovírus que infectam tomateiro no sudeste brasileiro.
Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:www.repositorio.ufal.br:riufal/254 |
Date | 22 February 2010 |
Creators | Ramos Sobrinho, Roberto |
Contributors | Assunção, Iraildes Pereira, ASSUNÇÃO, I. P., Lima, Gaus Silvestre de Andrade, LIMA, G. S. A., Zerbini Junior, Francisco Murilo, http://lattes.cnpq.br/6507826653693228, Almeida, Cicero Carlos de Souza, ALMEIDA, C. C. S. |
Publisher | Universidade Federal de Alagoas, BR, Agronomia; Produção vegetal; Proteção de plantas, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, UFAL |
Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
Language | Portuguese |
Detected Language | English |
Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
Format | application/pdf |
Source | reponame:Repositório Institucional da UFAL, instname:Universidade Federal de Alagoas, instacron:UFAL |
Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
Relation | bitstream:http://www.repositorio.ufal.br:8080/bitstream/riufal/254/1/Dissertacao_Roberto+Ramos+Sobrinho_2010.pdf, bitstream:http://www.repositorio.ufal.br:8080/bitstream/riufal/254/2/Dissertacao_Roberto+Ramos+Sobrinho_2010.pdf.txt |
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