Aggregation of microtubule-associated protein tau is involved in the pathology of several neurodegenerative diseases, including Alzheimer’s disease. The affibody TP4 has been shown to inhibit this aggregation process, and its target-binding positions were previously grafted onto a dimeric affibody scaffold, creating the sequestrin seqTP4. This project constitutes a part of the affinity maturation process of seqTP4, using two different bacterial display methods. An error-prone PCR library was first expressed on Staphylococcus carnosus cells for selection of variants with improved tau-binding properties, resulting in a library of 1.4×107 transformants. Flow cytometric tests indicated difficulties in the setup due to nonspecific interactions, and whereas several different approaches to alleviate the problems were investigated, two cell sorting attempts were ultimately unsuccessful. Subcloning of seqTP4 and the library to an Escherichia coli surface display vector resulted in functional surface expression of seqTP4 on E. coli JK321 and BL21 cells, and a BL21 library size of 1.6×109 transformants. An initial flow cytometric test of this library indicates the presence of improved tau-binding variants, paving the way for future cell sorting. / Aggregering av mikrotubuli-associerat protein tau är involverad i patologin av flera neurodegenerativa sjukdomar, däribland Alzheimers sjukdom. Affibodymolekylen TP4 har visat sig inhibera denna aggregeringsprocess, och överföring av dess målbindande positioner till ett dimeriskt affibodyprotein har tidigare gett upphov till seqTP4, en så kallad sequestrin. Detta projekt utgör ett led i processen att affinitetsmaturera seqTP4, med hjälp av två olika metoder för presentation av proteiner på ytan av bakterieceller. Ett error-prone PCR-bibliotek uttrycktes först på ytan av Staphylococcus carnosus-celler för selektion av varianter med ökad affinitet för tau, vilket resulterade i ett bibliotek av 1.4×107 transformanter. Flödescytometriska tester tydde på svårigheter i detta upplägg på grund av ospecifika interaktioner, och emedan flera olika angreppssätt för att förmildra dessa problem undersöktes, misslyckades slutligen två cellsorteringsförsök. Omkloning av seqTP4 och biblioteket till en vektor för ytpresentation på Escherichia coli resulterade i funktionellt ytuttryck av seqTP4 på E. coli JK321- och BL21-celler, och ett BL21-bibliotek bestående av 1.6×109 transformanter. Ett första flödescytometriskt test av detta bibliotek tyder på närvaron av varianter med förbättrad förmåga att binda tau, och vägen ligger nu relativt öppen för cellsortering.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:kth-278580 |
| Date | January 2020 |
| Creators | Ek, Moira |
| Publisher | KTH, Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH) |
| Source Sets | DiVA Archive at Upsalla University |
| Language | English |
| Detected Language | English |
| Type | Student thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | TRITA-CBH-GRU ; 2020:115 |
Page generated in 0.0019 seconds