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Previous issue date: 2011-02-23 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The painted river prawn (Macrobrachium carcinus), occurs from Florida state (USA) to south Brazil. It is included in the red list of endangered species of the Brazilian Environmental Ministry. Restocking Programs have been used in the recovery of freshwater stocks. Such programs need to attend certain principles in order to assure that genetic diversity will be preserved. The knowledge on wild diversity and genetic structures is essential information to guide restocking activities. Microsatellite markers are frequently used to describe genetic structure because they are codominant, highly polymorphic and, selectively neutral. Total DNA was extracted, digested with RsaI enzyme, purified, dephosphorylated, and ligated to double-stranded linkers amplified via PCR. Hybridization used biotinylated probes for tetranucleotide (GACA)4 and (GATA)7 and trinucleotide mix (ATT)8, (CTT)8 and(GGT)8 motifs. DNA was linked into a cloning vector and transformed into competent cells Escherichia coli. A total of 358 clones were generated, being 237 positive clones, of which 161 were sequenced. Repetitive di (32), tri (7) and tetra (27) nucleotide were obtained and primers were designed using Primer3 software. Among optimized loci, six are monomorphic and 26 polymorphic. Most abundant repetitions are di (GA) n=14 and (TC) n=10, followed by tetra repetitions (GACA) n=8 and (TCGT) n=8, and (CTGT) n=7. A high number of tetranucleotides repeats are advantageous, since they can facilitate the process of allele discrimination, especially in poliacrylamide gel electrophoresis. / O camarão de água doce pitu (Macrobrachium carcinus ocorre desde o estado da Flórida (EUA) até a região Sul do Brasil. A espécie está inserida na lista vermelha de espécies ameaçadas de extinção do Ministério do Meio Ambiente. Programas de repovoamento constituem uma prática comum na recuperação de estoques, especialmente em águas continentais. Esses programas precisam atender a certos princípios, para assegurar que a diversidade genética seja preservada. O conhecimento da diversidade e estrutura genéticas de populações selvagens é uma informação essencial para subsidiar atividades de repovoamento. Marcadores moleculares de microssatélite são freqüentemente usados para descrever a estrutura genética por serem altamente polimórficos, codominantes e seletivamente neutros. DNA total do camarão pitu foi extraído, digerido com a enzima RsaI, purificado, desfosforilado, ligado a adaptadores e amplificados via reação em cadeia da polimerase (PCR). A hibridização foi feita com sondas biotiniladas para motivos tetranucleotídicos, tais como (GACA)4 e (GATA)7 e um mix de trinucleotídeos, (ATT)8, (CTT)8, (GGT)8. O DNA foi então ligado a um vetor de clonagem e transformado em células competentes de Escherichia coli. Um total de 358 clones foi gerado, dentre os quais 237 foram positivos, sendo 121 deles sequenciados. Repetições do tipo di(32), tri(7) e tetra(27) núcleotídicas foram obtidas, a partir dos quais primers foram construídos, usando o programa Primer3. Dentre os marcadores otimizados para amplificação, seis apresentaram-se monomórficos e 26 polimórficos. A maior parte das repetições foi do tipo (GA) n=14 e (TC) n=10, seguidas de motivos tetra, (GACA) n=8, (TCGT) n=8 e (CTGT) n=7. O alto número de repetições tetranucleotídicas é extremamente vantajoso por facilitar o processo de discriminação de alelos, especialmente em eletroforese de gel de poliacrilamida.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:tede2:tede2/6392 |
| Date | 23 February 2011 |
| Creators | NOGUEIRA, Marcus Vinícius da Fonseca |
| Contributors | COIMBRA, Maria Raquel Moura, CORREIA, Eudes de Souza, SEVERI, William, BRITTO, Fábio Barros |
| Publisher | Universidade Federal Rural de Pernambuco, Programa de Pós-Graduação em Recursos Pesqueiros e Aquicultura, UFRPE, Brasil, Departamento de Pesca e Aquicultura |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRPE, instname:Universidade Federal Rural de Pernambuco, instacron:UFRPE |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 8021741564034322547, 600, 600, 600, 600, 7231936942857037408, -6131750198709519811, -2555911436985713659 |
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