Au cours du cycle réplicatif des rétrovirus, l'ADN viral rétro-transcrit est intégré dans l'ADN de la cellule hôte par l'intégrase virale (IN). L'IN possède un rôle clé dans le cycle rétroviral et représente une cible thérapeutique majeure pour le traitement des infections par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH). L'IN est constituée de trois domaines (N-terminal, central et C-terminal) connectés par des boucles flexibles, qui la rendent difficilement cristallisable. Le Dr. C. Ronfort (Equipe Rétrovirus et Intégration Rétrovirale) et le Pr. P. Gouet (Laboratoire de BioCristallographie) collaborent depuis 2002 sur l'IN du Rous Associated Virus type 1 (RAV-1). Mes travaux de thèse s'inscrivent dans le cadre de cette collaboration. Il s'agissait de mener une étude cristallographique et moléculaire du domaine central de l'IN du RAV-1 pour pouvoir, ensuite, modéliser des mutants d'intérêt identifiés par l'équipe du Dr. C. Ronfort. Pour ce faire, le fragment protéique a été surproduit et purifié. Sa structure cristallographique a été résolue à une résolution de 1,8 Å. L'examen de cette structure révèle que le dimère de l'IN du RAV-1 peut s'assembler suivant une nouvelle interface moléculaire stabilisée par trois paires d'hélices α. Cet assemblage se caractérise également par la présence d'un étroit sillon basique à sa surface. Par des expériences in vitro de biochimie et in silico de docking, nous avons montré que ce sillon était susceptible de fixer un brin d'ARN. D'autre part, nos données expérimentales permettent d'expliquer comment les conditions de cristallisation, ainsi que la substitution d'un acide aminé de surface, favorisent la formation soit de ce nouvel arrangement dimérique, soit de l'arrangement dimérique classique. Ainsi, l'ensemble des données obtenues au cours de cette thèse suggère que l'intégrase possède des propriétés structurales modulables, lui permettant d'intervenir dans plusieurs étapes du cycle rétroviral en présence d'ADNdb (intégration) ou d'ARNsb (rétro-transcription et/ou encapsidation du génome ARN viral)
| Identifer | oai:union.ndltd.org:CCSD/oai:tel.archives-ouvertes.fr:tel-00865880 |
| Date | 30 November 2010 |
| Creators | Ballandras, Allison |
| Publisher | Université Claude Bernard - Lyon I |
| Source Sets | CCSD theses-EN-ligne, France |
| Language | French |
| Detected Language | French |
| Type | PhD thesis |
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