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Previous issue date: 2016-12-16 / The DOF family proteins (DNA binding with One Finger) comprises unique plant transcription factors (FTs) characterized by the presence of a DNA binding domain Dof containing a similar structure to the "zinc-finger" domain. These transcription factors are involved in different roles in various biological processes in plants. Although the analysis and genomic characterization of this gene family was performed in many plant species, information on Dof genes in sweet orange (Citrus sinensis (L.) Osbeck) and their involvement in the development of the fruits is still limited. For the full identification of CsDof genes in C. sinensis, including the structures of genes, chromosomal locations, introns and phylogeny, the examination of three databases resulted in the identification of 24 genes of this FT family distributed on 7 out of 9 chromosomes of this species. Phylogenetic analysis and classification of Dof transcription factors in C. sinensis was compared with their orthologs of Arabidopsis (Arabidopsis thaliana L.) and rice (Oryza sativa L.), which allowed their classification in four major groups (A, B, C and D) and 9 subgroups (a, B1, B2, C1, C2.1, C2.2, C3, D1, D2) of DOF proteins. For gene expression analysis, the 12 Dof genes with higher abundance of transcripts in fruits based on public RNA-seq data were selected for further analysis by semi-quantitative RT-PCR. This analysis revealed the CsDof genes were differentially expressed at different stages of development (up to 90 days after anthesis). It was also possible to establish three groups regarding their transcriptional activity relative to that in leaf tissue: genes with high (up to 8X), intermediate (up to 3X) and low relative expression (below 3 X). The gene CsDof1 showed higher expression in all of the fruit development stages, indicating that this isoform plays an important role in regulating the development of the fruits of C. sinensis. Taken together, our results provide new information about the regulation of Dof genes in controlling the formation of fruits of this important fruit species. / A família de proteínas Dof (DNA binding with One Finger) compreende fatores de transcrição (FT) exclusivos de plantas, caracterizados pela presença do domínio Dof de ligação ao DNA Estes fatores de transcrição estão envolvidos em diversos processos biológicos em plantas. Embora a análise e caracterização genômica de genes desta família tenha sido realizada em muitas espécies, informações sobre genes Dof em Citrus sinensis (L.) Osbeck (laranja doce) e o seu envolvimento no desenvolvimento do fruto é limitado. Para a identificação completa dos genes CsDof em C. sinensis, incluindo as estruturas dos genes (Exons - Íntrons), localizações cromossômicas e filogenia, três bancos de dados foram analisados. Como resultado desta busca 24 genes desta família de FTs distribuídos em 7 dos 9 cromossomos desta espécie. A análise filogenética e classificação dos fatores de transcrição Dof em C. sinensis foi realizada com a inclusão dos seus ortólogos de Arabidopsis (Arabidopsis thaliana L.) e arroz (Oryza sativa L.), sendo possível estabelecer quatro grupos principais (A, B, C e D) e 9 subgrupos (A, B1, B2, C1, C2.1, C2.2, C3, D1 e D2) de proteínas Dof. Foram selecionados 12 genes putativamente mais expressos em frutos de acordo com dados públicos de RNA-seq para a análise da expressão gênica por RT-PCR. Estes genes foram diferencialmente expressos durante as fases iniciais do desenvolvimento do fruto, sendo possível estabelecer três grupos: genes com alta expressão (acima de 8 X), expressão intermediária (acima de 3 X) e baixa expressão relativa (abaixo de 3 X) em relação à atividade transcricional em folhas. O gene CsDof1 se destacou como o gene com a maior expressão, sendo que esta manteve-se elevada em todos os estádios de desenvolvimento do fruto, evidenciando que esta isoforma desempenha um importante papel na regulação do desenvolvimento de frutos de C. sinensis. Considerados em conjunto, os nossos resultados fornecem novas informações sobre os genes CsDof na complexa rede regulatória envolvida no desenvolvimento dos frutos de laranja doce.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:bdtd.unoeste.br:jspui/1017 |
| Date | 16 December 2016 |
| Creators | Guaberto, Luciana Machado |
| Contributors | Vieira, L, Ribas, Alessandra Ferreira, Giometti, Ines Cristina, Cação, Sandra Maria Bellodi, Ivamoto, Suzana Tiemi |
| Publisher | Universidade do Oeste Paulista, Doutorado em Agronomia, UNOESTE, Brasil, Doutorado em Agronomia |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UNOESTE, instname:Universidade do Oeste Paulista, instacron:UNOESTE |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 6341907153382940288, 500, 500, 600, 6341907153382940288, -3091138714907603907 |
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