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Previous issue date: 2006-06-22 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The camu-camu (Myrciaria dubia (H.B.K.) McVaugh) is a native sort of the Amazonian region, whose fruit presents elevated content of ascorbic acid (vitamin C). The study of the functional genome in camu-camu fruits has like base the expressed sequence tags sequencing - ESTs. Faced with the displayed the present thesis is going to analyze and identify express genes in camu-camu fruits by means of ESTs sequencing. The total RNA was extracted from the shell-pulp. The extremity 5’sequencing' of cDNA insert was carried out so much in the Technology of the DNA Laboratory (UFAM) and in the Sequencing Platform (EMBRAPA/CENARGEN). The ESTs sequences obtained were submitted to the System Genome, program of genomic annotation that integrates analysis management programs and viewing of nucleotides sequences. It developed an efficient procedure for total RNA extraction of camu-camu fruits that enabled the obtaining of mRNAs of quality, utilized in the making of cDNAs of sizes varied (500pb to 4Kb). From the sequencing were obtained 3196 ESTs valid, being formed 1546 singletons and 358 contigs, resulting of 2586 ESTs sequences in total with similarity the sequences found in the gene bank. The analysis library clusterization revealed an index of 81% novelty and 32,54% redundancy. Around 90% of the contigs presented decrease redundancy (2-4 reads by contigs). The facts of the categorization of the proteins identified detached the posttranslational modification, protein turnover, chaperones (13,2%) category. From the hoist of the species with bigger number of ESTs with similarity the camu-camu sequences detached itself Arabidopsis thaliana with 49%. Around 10 uniques presented very high similarity (and-value 0.0) to known genes. The ESTs more abundantly express in camu-camu fruits encode to gluthatione s-transferase. They were observed around 3% sequences (97 ESTs) with decrease similarity (e-value > e-10) and 15% did not they present similarity with no contained sequence in the gene bank. They were identified 138 ESTs sequences (4,3%) that they encode molecular chaperones with prevalence of the sHSP family that represents 33% of express chaperones. ESTs related to the ascorbic acid metabolism also were identified, being nine related the synthesis and six come back for ascorbic acid conversion and recycling. ESTs related to the ripening and mechanisms of defense of the fruit also were noticeable. / O camu-camu (Myrciaria dúbia (H.B.K.) McVaugh) é uma espécie nativa da região Amazônica, cujo fruto apresenta elevado teor de ácido ascórbico (vitamina C). O estudo do genoma funcional em frutos de camu-camu tem como base o seqüenciamento de fragmentos de seqüências expressas - ESTs (Expressed Sequence Tags). Diante do exposto a presente tese pretende analisar e identificar genes expressos em frutos de camu-camu por meio de seqüenciamento de ESTs. O RNA total foi extraído a partir da casca-polpa. O seqüenciamento da extremidade 5’ de insertos de cDNA foi realizado tanto no Laboratório de Tecnologia do DNA da UFAM e como na Plataforma de Seqüenciamento da EMBRAPA/CENARGEN. As seqüências ESTs obtidas foram submetidas ao Sistema Genoma, programa de anotação genômica que integra programas de gerenciamento de análise e visualização de seqüências nucleotídicas. Os resultados obtidos foram o desenvolvimento de um procedimento eficiente para extração de RNA total de frutos de camu-camu que possibilitou a obtenção de mRNAs de qualidade, utilizados na confecção de cDNAs de tamanhos variados (500pb a 4Kb). A partir do seqüenciamento foram obtidas 3196 ESTs válidas, sendo formados 1546 singletons e 358 contigs, resultando num total de 2586 seqüências ESTs com similaridade a seqüências encontradas no banco de genes. A análise da clusterização da biblioteca revelou um índice de 81% de novidade e 33% de redundância. Cerca de 90% dos contigs apresentaram baixa redundância (2-4 reads por contigs). Os dados da categorização das proteínas identificadas destacaram a categoria modificação pós-traducional, proteína turnover, chaperonas (13,2%). A partir do levantamento das espécies com maior número de ESTs com similaridade a seqüências de camu-camu destacou-se Arabidopsis thaliana com 49%. Cerca de 10 uniques apresentaram altíssima similaridade (e-value 0.0) a genes conhecidos. Os ESTs mais abundantemente expresso em frutos de camu-camu codificam a glutationa s-transferase. Foram observados cerca de 3% de seqüências (97 ESTs) com baixa similaridade (e-value > e-1010) e 15% não apresentaram similaridade com nenhuma seqüência contida no banco de genes. Foram identificadas 138 seqüências ESTs (4,3%) que codificam chaperonas moleculares com destaque à família sHSP que representa 33% das chaperonas expressas. ESTs relacionados ao metabolismo do ácido ascórbico também foram identificados, sendo nove relacionados a síntese e seis voltados para conversão e reciclagem do ácido ascórbico. ESTs relacionados ao amadurecimento e mecanismos de defesa do fruto também foram destacados.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:http://localhost:tede/4385 |
| Date | 22 June 2006 |
| Creators | Silva, Marcicleide Lima da |
| Contributors | Yuyama, Kaoru, Astolfi Filho, Spartaco, Contim, Luiz Antônio Serrão, Souza, Nelcimar Reis |
| Publisher | Universidade Federal do Amazonas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, UFAM, Brasil, Instituto de Ciências Biológicas |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFAM, instname:Universidade Federal do Amazonas, instacron:UFAM |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 32215883775770440, 600 |
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