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Previous issue date: 2016-05-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The hepatitis C virus (HCV) represents a worldwide health problem, with over 170 million people infected all over the world, corresponding to almost 3% of the world’s population. Approximately 70% of the individuals will develop the chronic form of the disease; 25% will develop cirrhosis and about 5% among the cirrhotic will develop hepatocellular carcinoma (HCC). The reason why some individuals evolve more rapidly to the severe forms is still unknown, however, several studies have pointed the influence of genetic factors of the host which are involved with the disease progression in the liver. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the most common type of genetic variation in humans, and they might alter serum levels or even the function of important proteins. Pentraxin 3 (PTX3) is an acute phase protein that is able to bind the surface of microorganisms and to regulate the complement system. Studies have demonstrated that PTX3 may influence positively the progression of various types of cancer. Additionally, some studies have demonstrated an important influence of a chromosomic region (6q23), associated with the progression of liver fibrosis in schistosomiasis. The IL22RA2 gene is located in this region e may be associated with the severity of fibrosis in HCV, once this gene codifies an inhibitor of an important cytokine correlated with the repair of liver damage, the interleukin-22 (IL-22). Thus, the aim of the present study was to associate the severity of the liver disease caused by HCV with SNPs in the PTX3 and IL22RA2 genes, as well as to identify new SNPs through exome sequencing approach. Patients with chronic hepatitis C were recruited and attended at the service of Gastrohepatology of the Oswaldo Cruz University Hospital/Liver Institute of Pernambuco (Recife, Pernambuco, Brazil) between August 2010 and December 2014. The detection of SNPs was performed by real time PCR using TaqMan probes (Thermo Fisher Scientific). Regarding the exome sequencing, it was used the IonTorrent platform (Thermo Fisher Scientific). A total of three studies were performed, the first study identified two polymorphisms (rs6570136 and rs2064501) on the IL22RA2 gene, associated with the severity of hepatic fibrosis, in a total of 532 patients. It was observed a higher frequency of genotypes GG/GA of rs6570136 and TT/TC of rs2064501 in the group of individuals with severe fibrosis (p=0,007 OR 1,7 and p=0,004 OR 2,4). On the second study, with a total of 524 patients, it was possible to notice a significant association of the genotype AA in the PTX3 gene (rs2305619) with risk of HCC (p=0.024 OR 1,94). Finally, the exome sequencing was carried in 9 HCC cases and 10 cirrhotic controls, where it was possible to identify two genes (PRSS58 and SOCS5), which are possibly associated with the development of HCC. Therefore, through this study we have demonstrated, for the first time, the association of SNPs in IL22RA2, PTX3, PRSS58 and SOCS5 with the progression of the hepatic disease caused by HCV. Other studies are needed in order to evaluate the use of these SNPs as progression markers of hepatitis C; as well as to evaluate the possible use of these molecules as therapeutic targets. / O vírus da hepatite C (HCV) representa um problema de saúde mundial, acometendo mais de 170 milhões de pessoas em todo o mundo, o que corresponde a cerca de 3% da população mundial. Aproximadamente 70% dos indivíduos irão desenvolver a forma crônica da doença, 25% desenvolverão cirrose e cerca de 5% dos cirróticos desenvolverão carcinoma hepatocelular (HCC). O motivo pelo qual alguns indivíduos evoluem mais rapidamente para formas mais graves ainda é desconhecido, entretanto diversos estudos têm apontado a influência de fatores genéticos do hospedeiro envolvidos com a progressão da doença no fígado. Polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs) são o tipo de variação genética mais comum em humanos, e podem influenciar os níveis séricos ou até mesmo a função de proteínas importantes. A pentraxina 3 (PTX3) é uma proteína de fase aguda capaz de se ligar a microrganismos e de regular o sistema complemento. Estudos têm demonstrado que a PTX3 pode influenciar positivamente a progressão de vários tipos de câncer. Além disso, alguns estudos têm demonstrado uma grande influência de uma região cromossômica (6q23) associada com a progressão da fibrose hepática na esquistossomose. O gene IL22RA2 está localizado nesta região e poderia estar associado com a gravidade da fibrose no HCV, uma vez que este gene codifica um inibidor de uma importante citocina envolvida com a reparação de danos hepáticos, a interleucina-22 (IL-22). Portanto, o objetivo do presente trabalho foi associar a gravidade da doença hepática causada pelo HCV, com SNPs nos genes PTX3 e IL22RA2, assim como identificar novos SNPs através da técnica de sequenciamento de exoma. Foram recrutados pacientes com hepatite C crônica, atendidos no serviço de Gastrohepatologia do Hospital Universitário Oswaldo Cruz/Instituto do Fígado de Pernambuco (Recife-PE, Brasil) entre agosto de 2010 e dezembro de 2014. A detecção dos SNPs foi realizada por PCR em tempo real através de sondas TaqMan®. Para o sequenciamento do exoma, foi utilizada a plataforma IonTorrent®. Um total de três estudos foram realizados, o primeiro estudo identificou dois polimorfismos (rs6570136 e rs2064501) no gene IL22RA2, associados com a gravidade da fibrose hepática, em um total de 532 pacientes. Foi observada uma maior frequência dos genótipos GG/GA do rs6570136 e TT/TC do rs2064501 no grupo de indivíduos com fibrose grave (p=0,007 OR 1,7 e p=0,004 OR 2,4). No segundo estudo, com um total de 524 pacientes, foi possível observar uma associação significativa do genótipo AA no gene PTX3 (rs2305619) com o risco de HCC (p=0.024 OR 1,94). Por fim, foi realizado o sequenciamento do exoma de 9 casos com HCC e 10 controles cirróticos, onde foi possível identificar dois genes (PRSS58 e SOCS5) possivelmente associados com o desenvolvimento de HCC. Portanto, através do presente estudo, foi demonstrado pela primeira vez a associação de SNPs no IL22RA2, PTX3, PRSS58 e SOCS5 com a progressão da doença hepática causada pelo HCV. Outros estudos são necessários para avaliar o uso desses SNPs como marcadores de progressão da hepatite C, bem como avaliar o possível uso dessas moléculas como alvos terapêuticos.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:tede2:tede2/4863 |
| Date | 23 May 2016 |
| Creators | CARMO, Rodrigo Feliciano do |
| Contributors | CAVALCANTI, Maria do Socorro de Mendonça, MOURA, Patrícia Muniz Mendes Freire de, MUNIZ, Maria Tereza Cartaxo, AROUCHA, Dayse Célia Barbosa Lins, BEZERRA, Marcos André Cavalcanti, SOUZA, Valdênia Maria Oliveira de |
| Publisher | Universidade Federal Rural de Pernambuco, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia (Renorbio), UFRPE, Brasil, Rede Nordeste de Biotecnologia |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRPE, instname:Universidade Federal Rural de Pernambuco, instacron:UFRPE |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 7794227690756777355, 600, 600, 600, 600, -8104576588452276421, 6209957791494323825, 2075167498588264571 |
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