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Previous issue date: 2011-11-17 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The matamatá-amarelo, Eschweilera coriacea (DC.)S.A. Mori, is a native forest species from rain forest mainly used for timberspecificallyfor producing mainstays, poles and fenceposts andalso ship factories. The species components are fungicide and antimicrobial and antioxidant chemicals. This work evaluated diversity and genetic structure of natural populations of E. coriacea, using ninemicrosatellite loci developedthrough an enriched genomic library. Of the 96 positive clones sequenced, 81 contained repetitive sequences, of which 49 (65%) were appropriate for design of primers in the flanking regions and 24 sequences were selected for primer pair design using the Software Primer 3. Twelve microsatellite primersamplifiedand were polymorphic, being nine used to estimategenetic parameters of six populations of matamatá-amarelo as follows: Highway BR-429, Rondônia-RO (n=31), Federal University of AmazonasState(UFAM) -Manaus-AM (n=36), Adolpho Ducke Reserve, Manaus-AM (n=32), Experimental Farm of the Federal University of AmazonasState(UFAM), Coari-AM (n=33), Santa Helena Farm and Ilha de Vera Cruz, Maués-AM (n=35) and Vila Amazônia, Parintins-AM (n=35). There is a great genetic variability for the genotypes of E. coriacea, with mean of 16,2 allelesper loci andtotal diversity(HT) equal to0,77. Nine loci presented 14 common alleles and 30 intemediate-frequency alleles, 102allelesscattered among population, being 41 private, 47 sporadical and 14 spread out. The observed estimates ofheterozygosity (HO) were smaller than 0,5 for most loci,varying from 0,07 (Ec15) to 0,75 (Ec36). The expected estimates of heterozyigosity(HE) varied from 0,13 (Ec15) to 0,92 (Ec24). The values of HOwere smaller than the values of HEin most loci, except lociEc37 in Rondôniapopulation. Differences between HOand HEfor most loci indicate deficiency of heterozygote. The Fischer test showed that 85,2% of loci do not join the HWEthe populations. The coefficients of inbreeding(f) varied between populations, being largerinDuckeReserve (0,53) andsmaller inUFAM (0,29), with mean of0,4, showing inbreeding in populations. The number of alleles for all loci was larger for the Maués population (105) and smaller in Rondônia (54). The high index for diversity estimated byHEe HOwere similar to most populations, varying between 0,33/0,44 (HO/HE) and 0,46/0,83 (HO/HE), being the HOsmaller in Rondônia population and larger in UFAM and Parintins andHEsmaller in theRondôniapopulation and larger forMaués. The AMOVA xix
detected 87,5% of total variation inside populations and 12,5%. Genetic differentiation was detected (FST) between populations of Parintins and Maués (0,018),followed by UFAM andDucke Reserve (0,030), certainly dueto the high gene flow(Nm=13,4; 8,1, respectively). This relation was confirmed by dendrogram of genetic distances of NEI (1978), which shows two groups, one formed by formed by UFAM/Reserva Ducke and Parintins/Maués populations, followed by Rondônia andCoari, asdetected bythe STRUCTURE Program.The Mantel test showed relation between geographic and geneticdistance, showing distance isolation. The results indicate that nine microsatellite loci were efficient in evaluating geneticdiversity in six populations ofE. coriacea, showing that most genetic variation is found inside populations and the mild genetic structure was found between populations, being explained by distance isolation, possibly associate to mating patterns and population demography. / O matamatá-amarelo, Eschweilera coriacea (DC.) S.A. Morié uma espécie florestal nativa da região tropical, utilizada principalmente na indústria madeireira para a fabricação de postes, mourões e esteios, além de ser utilizado em construções navais. A espécie apresenta constituintes com atividades farmacológicas antifúngicas e anti microbianas e compostos químicos que podem atuar como agentes antioxidantes. Este trabalho avaliou a diversidade e estrutura genética de populações naturais de E. coriacea, usando nove locos microssatélites desenvolvidos por meio de uma biblioteca genômica enriquecida. Dos 96 clones positivos sequenciados, 81 apresentaram sequências repetidas, dos quais 49 (65%) foram apropriadas para o desenho dos primers nas regiões flanqueadas, e 24 sequencias foram selecionadas para os desenhos dospares de primers usando o Programa Oligo Explorer.Doze primers microssatélites amplificaram e foram polimórficos, dos quais nove foram usados para estimar os parâmetros genéticos de seis populações de matamatá-amarelo sendo: ao longo daRodovia BR-429, Rondônia-RO (n=31), Fragmento Florestal da Universidade Federal do Amazonas (UFAM) -Manaus-AM (n=36), Reserva Adolpho Ducke, Manaus-AM (n=32), Fazenda Experimental da UFAM, Coari-AM (n=33), Fazenda Santa Helena e Ilha de Vera Cruz, Maués-AM (n=35) e Vila Amazônia, Parintins-AM (n=35). Existe alta variabilidade genética para os genótipos de E. coriacea, com média de 16,2 alelos por locos e diversidade total (HT) igual a 0,77. Os nove locos apresentaram 14 alelos comuns e 30 alelos intermediários, 102 alelos raros, sendo 41 privados, 47 esporádicos e 14 difundidos.As estimativas de heterozigosidade observadas (HO) foram menores que 0,5 para maioria dos locos, variando de 0,07 (Ec15) a 0,75 (Ec36). As heterozigosidades esperadas (HE) variaram de 0,13 (Ec15) a0,92 (Ec24). Os valores de HOforam inferiores aos valores de HEna maioria dos locos, com exceção doslocos Ec37 na população de Rondônia. Diferenças claras entre HOe HEpara maioria dos locos indicam deficiências de heterozigotos. O teste exato de Fisher revelou que 85,2% dos locos não aderem o EHW no conjunto de populações. Os coeficientes de endogamia (f) variaram entre populações, sendo maior na Reserva Ducke (0,53) e menor na UFAM (0,29), com média de 0,4, evidenciando endogamia nas populações. O número de alelos para todos os locos foi maior nas populações de Maués (105) e menor em Rondônia (54). Os altos índices de diversidade estimados pelasHEe HOforam semelhantes para a maioria das populações, variando entre 0,33/0,44 (HO/HE) a 0,46/0,83 (HO/HE), sendo a HOxvii
menor na população de Rondônia e maiores na UFAM e Parintins e HEmenor para a população de Rondônia e o maior para Maués. A AMOVA detectou 87,5 % do total da variação dentro das populações e 12,5%. Detectou-se baixa diferenciação genética (FST) entre as populações Parintins e Maués (0,018), seguida da UFAM e Reserva Ducke (0,030), certamente devido ao alto fluxo gênico (Nm=13,4; 8,1, respctivamente). Este relacionamento foi confirmado pelo dendrograma de distância genética deNEI (1978), o qual evidencia dois grupos, um formado pelas populações de UFAM/Reserva Ducke e Parintins/Maués, e o segundo por Rondônia e Coari, assim como detectado peloPrograma STRUCTURE. Oteste de Mantel revelou relação entre distância geográfica e distância genética, indicando isolamento por distância. Os resultados indicam que os nove locos microssatélites foram eficientes em avaliar a diversidade genética nas seis populações de E. coriacea, mostrando que a maior parte da variação genética é encontrada dentro das populações e que a moderada estrutura genética encontrada entre, pode ser explicada pelo isolamento por distância, possivelmente associada aos padrões de reprodução e demografia da população.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:http://localhost:tede/4399 |
| Date | 17 November 2011 |
| Creators | Amancio, Andrea Barroso |
| Contributors | Rodrigues, Doriane Picanço, Astolfi Filho, Spartaco |
| Publisher | Universidade Federal do Amazonas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, UFAM, Brasil, Instituto de Ciências Biológicas |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFAM, instname:Universidade Federal do Amazonas, instacron:UFAM |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 32215883775770440, 600 |
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