[pt] As infecções por bactérias Gram-negativas Resistentes aos Carbapenêmicos (CR-GNB) estão entre as maiores preocupações atuais da área da, especialmente em Unidades de Terapia Intensiva (UTI), e podem estar associadas ao aumento do tempo de hospitalização, morbidade, custos e mortalidade. Esta tese tem como objetivo desenvolver uma abordagem abrangente e sistemática aplicando técnicas de aprendizado de máquina para construir modelos para prever a aquisição de CR-GNB em UTIs de hospitais brasileiros. Propusemos modelos de triagem para detectar pacientes que não precisam ser testados e um modelo de risco que estima a probabilidade de pacientes de UTI adquirirem CR-GNB. Aplicamos métodos de seleção de características, técnicas de aprendizado de máquina e estratégias de balanceamento para construir e comparar os modelos. Os critérios de desempenho escolhidos para avaliação foram Negative Predictive Value (NPV) and Matthews Correlation Coefficient (MCC) para o modelo de triagem e Brier score e curvas de calibração para o modelo de risco de aquisição de CR-GNB. A estatística de Friedman e os testes post hoc de Nemenyi foram usados para testar a significância das diferenças entre as técnicas. O método de ganho de informações e a mineração de regras de associação avaliam a importância e a força entre os recursos. Nosso banco de dados reúne dados de pacientes, antibióticos e microbiologia de cinco hospitais brasileiros de 8 de maio de 2017 a 31 de agosto de 2019, envolvendo pacientes hospitalizados em 24 UTIs adultas. As informações do laboratório foram usadas para identificar todos os pacientes com teste positivo ou negativo para CR-GNB, A. baumannii, P. aeruginosa ou Enterobacteriaceae. Há um total de 539 testes positivos e 7.462 negativos, resultando em 3.604 pacientes com pelo menos um exame após 48 horas de hospitalização. Dois modelos de triagem foram propostos ao tomador de decisão do hospital. O modelo da floresta aleatória reduz aproximadamente 39 por cento dos testes desnecessários e prevê corretamente 92 por cento dos positivos. A rede neural evita testes desnecessários em 64 por cento dos casos, mas 24 por cento dos testes positivos são classificados incorretamente. Os resultados mostram que as estratégias de amostragem tradicional, SMOTEBagging e UnderBagging obtiveram melhores resultados. As técnicas lineares como Regressão Logística com regularização apresentam bom desempenho e são mais interpretáveis; elas não são significativamente diferentes dos classificadores mais complexos. Para o modelo de risco de aquisição, o Centroides Encolhidos Mais Próximos é o melhor modelo com um Brier score de 0,152 e um cinto de calibração aceitável. Desenvolvemos uma validação externa a partir de 624 pacientes de dois outros hospitais da mesma rede, encontrando bons valores de Brier score (0,128 and 0,079) em ambos. O uso de antibióticos e procedimentos invasivos, principalmente ventilação mecânica, são os atributos mais importantes e significativos para a colonização ou infecção de CR-GNB. Os modelos preditivos podem ajudar a evitar testes de rastreamento e tratamento inadequado em pacientes de baixo risco. Políticas de controle de infecção podem ser estabelecidas para controlar a propagação dessas bactérias. A identificação de pacientes que não precisam ser testados diminui os custos hospitalares e o tempo de espera do laboratório. Concluímos que nossos modelos apresentam bom desempenho e parecem suficientemente confiáveis para prever um paciente com esses patógenos. Esses modelos preditivos podem ser incluídos no sistema hospitalar. A metodologia proposta pode ser replicada em diferentes ambientes de saúde. / [en] Infections by Carbapenem-Resistant Gram-negative bacteria (CR-GNB) are among the most significant contemporary health concerns, especially in intensive care units (ICUs), and may be associated with increased hospitalization time, morbidity, costs, and mortality. This thesis aims to develop a comprehensive and systematic approach applying machine-learning techniques to build models to predict the CR-GNB acquisition in ICUs from Brazilian hospitals. We proposed screening models to detect ICU patients who do not need to be tested and a risk model that estimates ICU patients probability of acquiring CR-GNB. We applied feature selection methods, machine-learning techniques, and balancing strategies to build and compare the models. The performance criteria chosen to evaluate the models were Negative Predictive Value (NPV) and Matthews Correlation Coefficient (MCC) for the screening model and Brier score and calibration curves for the CR-GNB acquisition risk model. Friedman s statistic and Nemenyi post hoc tests are used to test the significance of differences among techniques. Information gain method and association rules mining assess the importance and strength among features. Our database gathers the patients, antibiotic, and microbiology data from five Brazilian hospitals from May 8th, 2017 to August 31st, 2019, involving hospitalized patients in 24 adult ICUs. Information from the laboratory was used to identify all patients with a positive or negative test for carbapenem-resistant GNB, A. baumannii, P. aeruginosa, or Enterobacteriaceae. We have a total of 539 positive and 7,462 negative tests, resulting in 3,604 patients with at least one exam after 48 hours hospitalized. We proposed to the hospital s decision-maker two screening models. The random forest s model would reduce approximately 39 percent of the
unnecessary tests and correctly predict 92 percent of positives. The Neural Network model avoids unnecessary tests in 64 percent of the cases, but 24 percent of positive tests are misclassified as negatives. Our results show that the sampling, SMOTEBagging, and UnderBagging approaches obtain better results. The linear techniques such as Logistic Regression with regularization give a relatively good performance and are more interpretable; they are not significantly different from the more complex classifiers. For the acquisition risk model, the Nearest Shrunken Centroids is the best model with a Brier score of 0.152 and a calibration belt acceptable. We developed an external validation of 624 patients from two other hospitals in the same network, finding good Brier score (0.128 and 0.079) values in both. The antibiotic and invasive procedures used, especially mechanical ventilation, are the most important attributes for the colonization or infection of CR-GNB. The predictive models can help avoid screening tests and inappropriate treatment in patients at low risk. Infection control policies can be established to control these bacteria s spread. Identifying patients who do not need to be tested decreases hospital costs and laboratory waiting times. We concluded that our models present good performance and seem sufficiently reliable to predict a patient with these pathogens. These predictive models can be included in the hospital system. The proposed methodology can be replicated in different healthcare settings.
Identifer | oai:union.ndltd.org:puc-rio.br/oai:MAXWELL.puc-rio.br:51384 |
Date | 01 February 2021 |
Creators | LEILA FIGUEIREDO DANTAS |
Contributors | SILVIO HAMACHER |
Publisher | MAXWELL |
Source Sets | PUC Rio |
Language | English |
Detected Language | Portuguese |
Type | TEXTO |
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