Até pouco tempo acreditava-se que a maioria das moléculas de RNA estava relacionada à tradução de proteínas. Porém, descobriu-se que outros tipos de moléculas de RNA que não são traduzidas estão presentes em muitos organismos diferentes e afetam uma variedade de processos moleculares, são os chamados RNAs não-codificantes (ncRNAs). Apesar de sua importância funcional, os métodos biológicos e computacionais para a detecção e caracterização de RNAs não-codificantes ainda são imprecisos e incompletos. A identificação de novas espécies de ncRNAs é difícil através de procedimentos experimentais e as técnicas computacionais existentes são lentas. O objetivo deste trabalho foi obter uma ferramenta mais eficiente para a comparação de uma seqüência de RNA não-codificante contra um banco de seqüências. Para isso foi proposto e implementado um modelo para identificação computacional de ncRNAs com apoio dos pacote Viena e Infernal e foram realizados experimentos para avaliá-lo / Until recently it was generally accepted that most RNA molecules were involved in the translation process. However, it was discovered that many types of untranslated RNA molecules are present in many different organisms and they are related to a wide variety of molecular processes. These molecules are called non-coding RNAs (ncRNAs). Despite their functional importance, the biological and computational methods to detect and identify non-coding RNAs are still imprecise and incomplete. The discovery of new ncRNAs species is difficult through experimental procedures and the existing computational techniques are slow. This project aimed at obtaining a more efficient tool that compares a non-coding RNA sequence against a sequence database. In order to achieve this, a computational model for ncRNAs identification using the Vienna and Infernal packages has been proposed and implemented. Experiments were conduced to evaluate the model
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:teses.usp.br:tde-18062009-084415 |
| Date | 17 April 2009 |
| Creators | Cristina Teixeira de Oliveira |
| Contributors | Guilherme Pimentel Telles, Alexandre Cláudio Botazzo Delbem, Felipe Rodrigues da Silva |
| Publisher | Universidade de São Paulo, Ciências da Computação e Matemática Computacional, USP, BR |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP, instname:Universidade de São Paulo, instacron:USP |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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