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Previous issue date: 2016-02-29 / FACEPE / O Recife Model 1, RM1, é um modelo semiempírico para cálculo de orbitais moleculares que apresenta a mesma estrutura algébrica e a mesma quantidade de parâmetros que o AM1, sendo, portanto, de fácil implementação em qualquer software de química computacional que já contenha o AM1. Até então, o RM1 estava parametrizado para os átomos de H, C, N, O, P, S, F, Cl, Br e I, sendo estes os mais importantes átomos nas pesquisas na área da orgânica, bioquímica e farmácia. É um modelo amplamente utilizado e podemos encontrá-lo em softwares como: MOPAC 2012, HyperChem 8.0, Spartan’14, ConGener, AMBER, entre outros. Buscando manter o mesmo padrão de qualidade das parametrizações anteriores do modelo RM1, nesta dissertação apresentamos uma nova parametrização do modelo RM1 para o átomo de boro e confirmamos nossa parametrização para o átomo de selênio. Estes elementos foram escolhidos devido à sua grande importância em pesquisas nas áreas da bioquímica, nanotecnologia e farmácia. Na parametrização destes elementos criamos um banco de dados com 1080 estruturas, 296 para o átomo de boro e 784 para o átomo de selênio, para um total agregado de 102 entalpias de formação, 128 potenciais de ionização, 28 momentos de dipolo e 822 de moléculas de referência para geometrias. Os resultados mostraram que ambas as parametrizações levaram a resultados em média melhores do que os obtidos pelos métodos que também usam parâmetros monoatômicos: AM1 e PM3 e tiveram resultados comparáveis, em muitos casos melhores, do que os métodos que usam parâmetros diatômicos, especialmente no que respeita a presença de dados atípicos nas previsões. / Recife Model 1, RM1, is a semi-empirical model for molecular orbital calculations which has the same algebraic structure and the same number of parameters as AM1. Therefore, RM1 is easy to implement in any computational chemistry software which already contains AM1. Originally, RM1 was parameterized for only H, C, N, O, P, S, F, Cl, Br and I, which are, nonetheless, the most important atoms for organic chemistry, biochemistry and pharmacy research. RM1 is a widely used model, which can be found in softwares as diverse as MOPAC 2012, HyperChem 8.0, Spartan'14, congener, and AMBER, among others. Seeking to maintain the same standard of quality displayed by the previous parameterizations of the RM1 model, in this work we present new parameterizations of the RM1 model for the boron atom and confirm our earlier parameterization for the selenium atom. These elements were chosen because of their great importance for research in biochemistry, nanotechnology and pharmacy. For the parameterization of these elements, we created a database with 1080 structures, 296 for boron atom and 784 for selenium atom, for an aggregate of 102 enthalpies of formation, 128 ionization potentials, 28 dipole moments and 822 molecules for the reference geometries. The results showed that both parameterizations led to results which are, on average, better than those obtained by the methods that also use monatomic parameters: AM1 and PM3. Moreover, both parameterizations displayed comparable results, in many cases better, than the semiempirical methods which use diatomic parameters, in particular, with regards to the presence of atypical data in the predictions.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufpe.br:123456789/26610 |
| Date | 29 February 2016 |
| Creators | RAMOS, Caroline Andresa do Carmo de Lima |
| Contributors | http://lattes.cnpq.br/9496835605175510, SIMAS, Alfredo Mayall |
| Publisher | Universidade Federal de Pernambuco, Programa de Pos Graduacao em Quimica, UFPE, Brasil |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFPE, instname:Universidade Federal de Pernambuco, instacron:UFPE |
| Rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil, http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
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