Η σύγκριση του μεταγραφικού προφίλ με χρήση μικροσυστοιχιών DNA είναι μια τεχνική που βελτιστοποιήθηκε την τελευταία δεκαετία. Η διαδικασία μπορεί να διαχωριστεί σε δύο μέρη: το πειραματικό και το υπολογιστικό. Το πρώτο μέρος αφορά στα βήματα της επιλογής της μικροσυστοιχίας, της απομόνωσης του βιολογικού υλικού, της σήμανσης και της επέκτασης, της υβριδοποίησης και της σάρωσης. Το υπολογιστικό μέρος αφορά στην ποσοτικοποίηση της εικόνας, στην κανονικοποίηση των δεδομένων και στην ανάλυσή τους. Πριν από τα παραπάνω βήματα πρέπει να έχει διατυπωθεί το κατάλληλο βιολογικό ερώτημα. Το βιολογικό ερώτημα που τέθηκε αφορούσε στις διαφορές στη γονιδιακή έκφραση των γενετικά τροποποιημένων εμβρυικών ινοβλαστών του ποντικού οι οποίοι έφεραν έλλειψη του ενός αλληλομόρφου της πρωτεΐνης Geminin σε σύγκριση με ομόζυγους εμβρυικούς ινοβλάστες. Για το σκοπό αυτό επιλέχθηκε μικροσυστοιχία δοκιμής με 384 ανιχνευτές γονιδίων ποντικού σε διπλά αντίγραφα. Απομονώθηκε ολικό RNA από τα κύτταρα, σημάνθηκε με απ’ ευθείας σήμανση και οι cDNA στόχοι που προέκυψαν, υβριδοποιήθηκαν στη μικροσυστοιχία. Έπειτα από δοκιμές καθορίστηκαν οι κατάλληλες συνθήκες για ένα ολοκληρωμένο πείραμα σύγκρισης μεταγραφικού προφίλ. Στη συνέχεια, πραγματοποιήθηκε προκαταρκτική ανάλυση του πειράματος η οποία περιελάμβανε ποσοτικοποίηση της εικόνας που προέκυψε, κανονικοποίηση των δεδομένων και πολυπαραμετρική ανάλυσή τους. / Transcriptional profiling using DNA microarrays was optimized during the last decade. The process can be separated in two parts: the experimental part and the computational part. The first part includes the steps of microarray choice, isolation of the biological material, labeling and amplification, hybridization and scanning. The computational part includes image quantification, data normalization and data analysis. Before the above steps, an appropriate biological question should be formulated. We wished to study differences in the gene expression profile of genetically modified mouse embryonic fibroblasts bearing a knock – out allele of the Geminin gene (homozygote|+/- Gem), in comparison to wild type embryonic fibroblasts. For this reason, a trial microarray was chosen with 384 gene probes in duplicates. Total RNA was isolated from the cells, directly labeled and the cDNA targets synthesized were hybridized to the microarray. After a series of trials, optimal conditions for a complete transcriptional profiling experiment were determined. Initial analysis including quantification of the image, data normalization and further multifunctional analysis was then carried out.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:upatras.gr/oai:nemertes:10889/1526 |
| Date | 27 April 2009 |
| Creators | Βερναρδής, Σπύρος - Ευγένιος |
| Contributors | Λυγερού, Ζωή, Ταραβήρας, Σταύρος, Κλάπα, Μαρία, Λυγερού, Ζωή |
| Source Sets | University of Patras |
| Language | gr |
| Detected Language | Greek |
| Type | Thesis |
| Rights | 0 |
| Relation | Η ΒΥΠ διαθέτει αντίτυπο της διατριβής σε έντυπη μορφή στο βιβλιοστάσιο διδακτορικών διατριβών που βρίσκεται στο ισόγειο του κτιρίου της. |
Page generated in 0.0021 seconds