Den mest välkända arten i släktet Mycobacterium som kan orsaka sjukdom hos människan är Mycobacterium tuberculosis (MTB). Infektioner av andra mykobakterier ökar världen över. Dessa benämns icke-tuberkulösa mykobakterier (NTM) och orsakar ofta liknande symtom som de vid MTB-infektion. Vanligtvis krävs dock olika behandlingar beroende på om infektionen är orsakad av MTB eller av NTM. Nuvarande diagnostik bygger på odling och mikroskopi, men analyser som innefattar molekylärbiologiska metoder för undersökning av mykobakteriers DNA blir allt vanligare. I denna studie jämfördes olika PCR-metoder för identifiering av NTM, där metoderna baserades på två tidigare publicerade artiklar. Tester gjordes på DNA från sex NTM-stammar med MTB-DNA som referens. För påvisning av hela släktet Mycobacterium användes primers riktade mot hsp65 och 16S, och för att kunna urskilja MTB från NTM användes primers riktade mot IS6110, IS1081 och ITS-MTC. Undersökningarna visade lägre Ct-värden och högre PCR-effektivitet för hsp65 än för 16S men tester med avseende på MTB-specifika primers visade samtliga amplifiering även för NTM. / The most well-known species of the genus Mycobacterium that can cause human disease is Mycobacterium tuberculosis (MTB). Infections caused by other mycobacteria is an increasing problem worldwide. These mycobacteria are known as non-tuberculous mycobacteria (NTM) and they often cause similar symptoms as those in MTB-caused infections. Usually different treatments are required depending on if the infection is caused by NTM or MTB. Current diagnostic methods are based on culture and microscopy, though molecular methods are becoming more common. In this study different PCR-methods for identification of NTM’s were compared. The different methods were based on two earlier published articles. Experiments were made with DNA from six NTM-species and with DNA from MTB as reference. To detect all mycobacteria primers targeting hsp65 and 16S were used, and primers targeting IS6110, IS1081 and ITS-MTC were used to separate MTB from NTM. This study showed lower Ct-values and higher PCR-efficiency for hsp65 than for 16S, but comparative tests regarding MTB-specific primers showed, with all three primer pairs, amplification of NTM as well.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:mau-26114 |
| Date | January 2020 |
| Creators | Berggren, Rebecca |
| Publisher | Malmö universitet, Fakulteten för hälsa och samhälle (HS), Malmö universitet/Hälsa och samhälle |
| Source Sets | DiVA Archive at Upsalla University |
| Language | Swedish |
| Detected Language | English |
| Type | Student thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
Page generated in 0.0022 seconds