Precision cancer medicine is an area of research that involves complex bioinformatics software for the clinical analysis pipelines that sequencing data is passed through. A research team at Karolinska Institutet (KI) is running clinical trials to test new methods of precision cancer medicine and is working on creating a new web application that will be integrated with their two existing applications to aid bioinformaticians in their work of running pipelines and producing clinical reports for the hospitals. Recent publications show that web tools are used for improving usability of bioinformatics software, but have not discussed the inclusion of pipeline management into these systems. This study aims at exploring how the new web system can impact the complexity of the daily work within the trials for users with limited computational experience. This was done by developing a high-fidelity prototype of the new application using a user-centred design approach that included agile design work, usability tests and a focus group with the bioinformaticians at KI. The test sessions and focus group discussion indicate that the new application can speed up the weekly batch-wise sample processing by decreasing the need for users to interact with the command-line. It is also suggested that an integration of different applications can lead to a more efficient workflow within the team. The implication for the development of bioinformatics tools is that there are potentially important benefits to be found in making more usable interfaces for users with different experiences and areas of expertise. / Precisionsmedicin som cancerbehandling är ett forskningsområde som involverar komplex bioinformatisk mjukvara för de kliniska analyspipelines som sekvenseringsdata skickas igenom. En forskargrupp vid Karolinska Institutet (KI) driver kliniska studier för att testa nya metoder för precisionsmedicin mot cancer och arbetar med att skapa en ny webbapplikation som ska integreras med deras två befintliga applikationer för att hjälpa bioinformatiker i deras arbete med att köra pipelines och producera kliniska rapporter för sjukhusen. Nyligen publicerad forskning visar att webbverktyg används för att förbättra användbarheten av bioinformatisk programvara, men har inte berört hantering av pipelines som en del i dessa system. Denna studie syftar till att utforska hur det nya webbsystemet kan påverka tids- och komplexitetsaspekter i det dagliga arbetet inom de kliniska studierna. Detta gjordes genom att utveckla en high-fidelity prototyp av den nya applikationen, baserat på en användarcentrerad approach innefattande agilt designarbete, användbarhetstester och en fokusgrupp med bioinformatikerna på KI. Testsessionerna och fokusgruppsdiskussionen indikerar att den nya applikationen kan påskynda arbetet med de veckovisa omgångarna med prover genom att minska behovet för användare att interagera med kommandoraden. Det föreslås också att en integration av olika applikationer kan leda till ett effektivare arbetsflöde inom forskningsgruppen. Innebörden för utvecklingen av bioinformatiska verktyg är att det potentiellt kan finnas viktiga fördelar med att göra mer användbara gränssnitt för användare med olika erfarenheter och kompetensområden.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:kth-334280 |
| Date | January 2023 |
| Creators | Gateman, Solbritt |
| Publisher | KTH, Skolan för elektroteknik och datavetenskap (EECS), Stockholm : KTH Royal Institute of Technology |
| Source Sets | DiVA Archive at Upsalla University |
| Language | English |
| Detected Language | Swedish |
| Type | Student thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | TRITA-EECS-EX ; 2023:426 |
Page generated in 0.0022 seconds