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Previous issue date: 2014-09-05 / Of all the different activities related to agricultural industry worldwide, coffee agribusiness is
among the most important ones, both economically and socially, being the main livelihood for
more than 125 million people in more than 60 countries. Commercial coffee production is
mostly based on two species, Coffea arabica and C. canephora. The high genetic variability
of C. canephora, due to its level of allogamy, is of great importance for breeding programs of
coffee as a source of novel alleles and co-evolved genetic combinations. The molecular
analysis of genetic diversity has become increasingly efficient, necessary and refined, as
molecular techniques have evolved and morphological traits do not supply sufficient
information to fully describe an individual. An important tool in the study of genetic diversity
is the use of SNP (Single Nucleotide Polymorphism) based molecular markers. In the case of
C. canephora diversity studies may benefit breeding programs in selecting individuals to
optimize mating schemes or assess the diversity and relatedness of clonal varieties. This study
aimed to (i) evaluate and characterize the diversity and the genetic structure of C. canephora
Conilon individuals belonging to a population located at Embrapa Cerrados, by nextRAD
genotyping (reductively-amplified Nextera tagmented-DNA); (ii) identify potential parents of
these individuals and (iii) validate genotyping technique in genomic scale. A total of 11,230
SNPs were obtained for C. canephora Conilon individuals by technique nextRAD, of these,
573 markers were selected for the diversity analysis, kinship and genetic structure using the
Cervus, adegenet and Structure. The genetic diversity (0.405) and the mean observed
heterozygosity (0:41) were high considering the bi-allelic markers and more than 64% of the
SNPs showed PIC values higher than 0.3. In terms of population, the two methodologies used
(Bayesian method and DAPC) identified different numbers of groups formed for the same set
of data. In kinship analysis some parents are more frequent in the population. The data
generated for the population will be useful in upcoming association studies the development
of genomic prediction models. / Dentre as diferentes atividades ligadas ao neg??cio agr??cola em n??vel mundial, o agroneg??cio
cafeeiro est?? entre as de maior import??ncia econ??mica e social, sendo o principal meio de
subsist??ncia para mais de 125 milh??es de pessoas e produzido em mais de 60 pa??ses. A
produ????o cafeeira comercial baseia-se principalmente em duas esp??cies: Coffea arabica e
Coffea canephora. A grande variabilidade gen??tica do C. canephora devido sua alogamia, ??
um fator de grande import??ncia para os programas de melhoramento do cafeeiro, pois fornece
uma fonte de novos genes. O estudo molecular da diversidade gen??tica vem se demonstrando
cada vez mais eficiente, necess??rio e refinado, uma vez que as t??cnicas moleculares est??o
evoluindo e os descritores morfol??gicos est??o se tornando insuficientes para a descri????o de
um indiv??duo. Uma ferramenta muito importante no estudo da diversidade gen??tica ?? o uso
dos marcadores moleculares SNPs (Single Nucleotide Polymorphism), estes consistem na
varia????o de sequ??ncia de DNA, podendo ser identificados em praticamente todos os genes.
No caso de C. canephora, estudos de diversidade podem facilitar a orienta????o dos programas
de melhoramento na escolha de genitores para cruzamentos ou de gen??tipos para composi????o
de variedades clonais. Este trabalho objetivou (i) avaliar e caracterizar, por meio da t??cnica de
genotipagem nextRAD (Nextera-tagmented reductively-amplified DNA), a diversidade e a
estrutura gen??tica de indiv??duos de C. canephora Conilon, pertencentes a uma popula????o
localizada na Embrapa Cerrados; (ii) identificar os poss??veis genitores desses mesmos
indiv??duos e (iii) validar a t??cnica de genotipagem em escala gen??mica utilizada nesse estudo.
Um total de 11.230 SNPs foram identificados em indiv??duos de C. canephora Conilon por
meio da t??cnica de genotipagem nextRAD, destes, 573 marcadores foram selecionados para
as an??lises de diversidade, parentesco e estrutura gen??tica utilizando os software Cervus,
adegenet e Structure. A diversidade gen??tica (0.405) e a m??dia da heterozigosidade observada
(0.41) foram altas considerando marcadores bial??licos e mais de 64% dos SNPs apresentaram
valores de PIC superiores a 0.3. Em termos de popula????o foi poss??vel verificar que as duas
metodologias utilizadas (m??todo Bayesiano e DAPC) identificaram n??meros diferentes de
grupos formados para o mesmo conjunto de dados. Na an??lise de parentesco foi poss??vel
identificar alguns genitores bastante frequentes na popula????o. Os dados gerados para a
popula????o ser??o ??teis em estudos futuros de associa????o e no desenvolvimento de modelos de
predi????o gen??mica.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:bdtd.ucb.br:tede/2162 |
| Date | 05 September 2014 |
| Creators | Carneiro, Fernanda de Ara??jo |
| Contributors | Grattapaglia, Dario, Andrade, Alan Carvalho |
| Publisher | Universidade Cat??lica de Bras??lia, Programa Strictu Sensu em Ci??ncias Gen??micas e Biotecnologia, UCB, Brasil, Escola de Sa??de e Medicina |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UCB, instname:Universidade Católica de Brasília, instacron:UCB |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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