Orientadora : Profª. Drª. Cyntia M.T. Fadel-Picheth / Co-orientadora : Profª. Drª. Dayane Alberton / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas. Defesa: Curitiba, 23/02/2015 / Inclui referências / Área de concentração: Análises clinicas / Resumo: O genero Aeromonas compreende bacilos Gram-negativos, oxidase positiva, fermentadores de glucose. Sao capazes de causar infeccoes intestinais e extra-intestinais em humanos, tais como sepse e infeccoes de pele. O objetivo deste trabalho foi determinar o comportamento de estirpes de Aeromonas isoladas de amostras clinicas humanas, predominantemente fezes de pessoas com diarreia, em relacao a utilizacao de fontes de carbono, sequenciar parcialmente o genoma da estirpe de A. veronii bv sobria e analisar a resposta a bile dessa bacteria. A utilizacao de microplacas GN2 do sistema BiologR, que contem 95 fontes de carbono incluindo carboidratos, aminoacidos, acidos organicos e nucleotideos, mostrou que todas as estirpes oxidaram 20 dos substratos entre os quais se destacam os carboidratos em detrimento de acidos organicos; para 15 substratos o resultado foi negativo para todas as estirpes analisadas e para 60 o resultado foi variavel entre as bacterias. O sequenciamento do genoma da estirpe A.veronii bv sobria 312M, realizado utilizando a plataforma 454 GS Junior System (RocheR), resultou em um gdrafth genoma de aproximadamente 4,5 Mb alocados em 526 contigs. A cobertura foi de aproximadamente 10 X e o conteudo de C+G foi de 58,7%. A anotacao automatica do genoma foi realizada utilizando o RAST Server, que identificou 4.104 sequencias codificadoras e 115 RNAs. Entre os subsistemas identificados destacam-se o de metabolismo de aminoacidos, ao qual 489 genes foram associados, e metabolismo de carboidratos, 422 genes. Em relacao a virulencia, destacam-se os Sistemas de Secrecao Tipo III e VI, alem de hemolisinas, lipase, adesinas e genes associados com sintese de capsula; tambem foram identificados genes associados com resistencia a antimicrobianos. Para avaliar a resposta de A. veronii bv sobria 312M frente ao sal biliar desoxicolato de sodio (DOC) a bacteria foi cultivada na ausencia ou na presenca de 24ƒÊM e 240 ƒÊM de DOC. Nao houve diferenca em relacao ao numero de colonias nas tres condicoes, entretanto, em presenca de DOC, as colonias apresentaram aumento de aproximadamente 1mm de diametro. A concentracao de 240 ƒÊM de DOC foi utilizada para analisar o efeito do sal biliar sobre o perfil de expressao proteica de A. veronii bv sobria 312M utilizando SDS-PAGE e eletroforese bidimensional. Nas condicoes de analise nao foi detectada nenhuma proteina diferencialmente expressa.
Palavras-chave: Aeromonas; Fontes de carbono; Sequenciamento; Genoma; Bile. / Abstract: The genus Aeromonas contains Gram-negative bacilli, oxidase positive, glucose fermenters. Aeromonas are able to cause intestinal and extraintestinal infections in humans, such as sepsis and skin infections. The objective of this study was to determine the behavior of Aeromonas strains isolated from human clinical samples, predominantly feces of people with diarrhea, regarding the use of carbon sources; to sequence the genome of a strain of A. veronii bv sobria and analyze the response to bile of this bacterium. The use of the system Biolog® GN2 microplate containing 95 carbon sources including carbohydrates, amino acids, organic acids and nucleotides, showed that all strains oxidized 20 substrates, being the carbohydrates sources preferred over organic acids; for 15 substrates the result was negative for all strains analyzed and for 60 the result was variable between bacteria. The sequencing of the genome of strain A.veronii bv sobria 312M, performed using the 454 GS Junior System platform (Roche ™), resulted in a "draft" genome of approximately 4.5 Mb allocated in 526 contigs. The coverage was approximately 10 X and the C + G content was 58.7%. The automated genome annotation was performed using RAST Server, which identified 4.104 coding sequences and 115 RNAs. Among the identified subsystems, the amino acid metabolism containing 489 genes, and carbohydrate metabolism 422 genes, exceed the other in number of genes. The Type III and Type VI Secretion Systems, as well as hemolysin, lipase, adhesin and genes associated with capsule synthesis are associated with virulence; genes associated with antimicrobial resistance were also identified. To evaluate the response of A. veronii bv sobria 312M to the bile salt sodium deoxycholate (DOC) the bacteria were cultured in the absence or presence of 24ìM and 240 mM of DOC. There was not difference in the number of colonies among the three conditions tested, however, in the presence of DOC, the colonies diameter increased by approximately 1mm in relation to control. The concentration of DOC of 240 uM was used to examine the effect of bile salt on the protein expression profile of A. veronii bv sobria veronii 312 M using SDS-PAGE and two dimensional electrophoresis. In the analysis conditions no protein differentially expressed was detected.
Keywords: Aeromonas; Carbon sources; sequencing; genome; Bile.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:dspace.c3sl.ufpr.br:1884/37369 |
| Date | January 2015 |
| Creators | Prediger, Karoline de Campos |
| Contributors | Fadel-Picheth, Cyntia Maria Telles, Alberton, Dayane, 1979-, Universidade Federal do Paraná. Setor de Ciências da Saúde. Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | 61f. : il. algumas color., application/pdf |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFPR, instname:Universidade Federal do Paraná, instacron:UFPR |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | Disponível em formato digital |
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