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Previous issue date: 2013-03-11 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The microorganisms of the community aquatic system of the Solimões and
Negro rivers, as well as the diversity of these ecosystems have not been thoroughly
investigated so far. The aim of this study was to characterize the bacterial microbiota
of the Negro River in relation to seasonality, both in its quantitative aspect (forming
units count colonies - CFUs) and qualitative (taxonomic identification via DNA
sequencing RNA encoding small ribosomal subunit SSU -rRNA). Negro River water
samples were collected at five different points on 4 and 5 depths dates from different
times of the year, and all samples CFUs were counted. Total DNA was extracted
from the biomass contained in the water of the Negro in full periods (N2) and
receding (RN3) and analyzed spectrophotometrically and by agarose gel
electrophoresis 0.8%. They were amplified variable regions V3 and V4 SSU-rRNA
PCR (Reaction Polymerase Chain DNA) and the amplicons were sequenced by
pyrosequencing using equipment 454 (Roche®). Files (reading DNA) of RN2 and Rio
Negro RN3 libraries were submitted to the Mothur program suite for quality control,
alignment of sequences, calculation of genetic distances and definition of Operational
Taxonomic Units - OTUs, plus an estimate of the richness and diversity of species.
The CFU count was possible to compare the number of culturable bacteria in the
different collection points and due to seasonality. By molecular analysis we found
that the phylum Proteobacteria proved dominant in these two collections of the river
(full and low tide), the dominant genera of this phylum in full were Limnohabitans,
methylomonas, and other expressive filo was Acidobacteria the GP3 race. In the ebb
period abundant genera were Polynucleobacter, Acinetobacter and Curvibacter
within the phylum Proteobacteria. Rarefaction curves demonstrated that RN3 library
is more diverse in number of species than the RN2 library and confirmed by Shannon
and InvSimpson index. It can be seen from the ACE 1 indexes and Cha RN3 the
library is richer in species compared to RN2. / A comunidade de microrganismos do sistema aquático dos rios Solimões e
Negro, bem como a diversidade destes ecossistemas não foram exaustivamente
estudadas até o momento. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a microbiota
bacteriana do rio Negro em relação a sazonalidade, tanto em seu aspecto
quantitativo (contagem de Unidades Formadoras de Colônias - UFCs) e no
qualitativo (identificação taxonômica via sequenciamento do DNA codificador do
RNA de pequena subunidade ribossomal SSU-rRNA). Amostras de água do rio
Negro foram coletadas em cinco diferentes pontos, em 4 profundidades e em 5
datas de diferentes épocas do ano, sendo que de todas amostras as UFCs foram
contadas. O DNA total foi extraído da biomassa contida na água do rio Negro em
períodos de cheia (RN2) e vazante (RN3) e analisado espectrofotometricamente e
por eletroforese em gel de agarose 0,8%. Foram amplificadas as regiões variáveis
V3 e V4 do SSU-rRNA por PCR (Reação em Cadeia da DNA Polimerase) e os
amplicons foram sequenciados por pirosequenciamento utilizando o equipamento
454 (Roche®). Os arquivos brutos das bibliotecas RN2 e RN3 do Rio Negro foram
submetidas à suíte do programa Mothur para o controle de qualidade, alinhamento
das sequências, cálculo das distâncias genéticas e definição das Unidades
Taxonômicas Operacionais – OTUs, além de, estimativa da riqueza e diversidade
das espécies. Pela contagem de UFCs foi possível comparar o número de bactérias
cultiváveis nos diferentes pontos de coleta e em função da sazonalidade. Pela
análise molecular verificou-se que o filo Proteobacteria mostrou-se dominante nestas
duas coletas do rio (cheia e vazante), os gêneros dominantes deste filo na cheia
foram Limnohabitans, Methylomonas, e outro filo expressivo foi Acidobacteria do
gênero Gp3. No período de vazante os gêneros abundantes foram Polynucleobacter,
Acinetobacter e Curvibacter, dentro do filo Proteobacteria. As curvas de rarefação
demonstraram que a biblioteca RN3 é mais diversa em número de espécies do que
a biblioteca RN2 e confirmado pelo índice de Shannon e InvSimpson. Pode-se
observar a partir dos índices de ACE e Cha 1 que a biblioteca RN3 é mais rica em
espécies comparada com a RN2.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:http://localhost:tede/5284 |
| Date | 11 March 2013 |
| Creators | Neves, Rogério de Oliveira |
| Contributors | Astolfi Filho, Spartaco |
| Publisher | Universidade Federal do Amazonas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, UFAM, Brasil, Instituto de Ciências Biológicas |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFAM, instname:Universidade Federal do Amazonas, instacron:UFAM |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 32215883775770440, 600, 500, 461231695918095045 |
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