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Previous issue date: 2018-07-18 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Amazonas (FAPEAM) / The hepatitis B virus (HBV) is responsible for a serious global public health problem, and the problem becomes even greater when coinfection or superinfection of D virus (HDV). It is estimated that of the 240 million people worldwide with chronic HBV infection, 15 million are carriers of HDV infection. Some regions of the Amazon Basin, particularly the State of Amazonas, are considered endemic areas of infection by these viruses. HDV is classified into eight different types (HDV-1-HDV-8) and HBV in ten (A-J). Thus, this research aims to characterize the genotypes of hepatitis B and D virus in plasma and hepatic tissue and to investigate possible association of genotypes with the evolution of the disease. Plasma and hepatic tissue samples from chronic HBsAg-reactive patients coinfected with HDV were analyzed. Plasma VHD viral load was quantified by real-time PCR; amplification of HBV DNA and VHD RNA by conventional PCR; direct sequencing of both viruses; phylogenetic analysis and research of resistance mutations in rt HBV. As a result, a total of 30 reactive HBsAg and Total Anti-HD patients, all from the State of Amazonas, were included in the study. Of these, 9/30 had both plasma and hepatic tissue samples. RNA-VHD was detected in 13/30 (46.67%) and HBV DNA in 11/30 (36.67%). Of the 09 plasma and hepatic tissue samples, VHD-RNA was detected in 2/9 (22.27%) and HBV DNA in 8/9 (88.89%). Of the 30 plasma samples submitted to VHD RNA quantification, viral load was obtained in 13/30 (46.67%). We also analyzed the 9 samples of hepatic tissue, obtaining viral load in 2/9 (22.27%). In the phylogenetic analysis, all the Delta sequences clustered in the clade VHD-3, already those of HBV, the genotypes A 15/19 (78%), D 2/19 (11%) and F 2/19 (11%). Concerning the search for antiviral resistance mutations in rt-HBV, 3/11 (27%) and 5/08 (62%) sequences isolated from plasma and hepatic tissue, respectively, showed resistance mutations. Conclusions: three HBV genotypes A, D and F were detected, independent of the source material; all extracted from delta were exclusively VHD-3; the viral load of the delta virus was higher in those extracted from hepatic tissue; a high percentage of mutations in the HBV polymerase region was detected, especially in isolated hepatic tissue sequences. Finally, the profile of the HBV and VHD genotypes found in the study reflects the same pattern found in the region by other authors. / O vírus da hepatite B (VHB) é responsável por um grave problema de saúde pública mundial, sendo que o problema torna-se ainda maior quando ocorre coinfecção ou superinfecção com o vírus D (VHD). Estima-se que das 240 milhões de pessoas no mundo portadoras crônicas de infecção pelo VHB, 15 milhões são portadoras de infecção pelo VHD. Algumas regiões da Bacia Amazônica, particularmente o Estado do Amazonas são consideradas áreas endêmicas de infecção por esses vírus. O VHD é classificado em oito diferentes tipos (VHD-1-VHD-8) e o VHB em dez (A-J). Sendo assim, esta pesquisa tem como objetivo, caracterizar os genótipos do vírus da hepatite B e D no plasma e tecido hepático e investigar possível associação dos genótipos com a evolução da doença. Foram analisadas amostras de plasma e de tecido hepático de pacientes portadores crônicos HBsAg reativos coinfectados com o VHD. Foi realizada a quantificação da carga viral do VHD no plasma por PCR em tempo real; amplificação do DNA-VHB e RNA-VHD por PCR convencional; sequenciamento direto de ambos os vírus; análise filogenética e pesquisa de mutações de resistência na rt do VHB. Como resultados, foram incluídos no estudo um total de 30 pacientes HBsAg e Anti-HD Total reativos, todos procedentes do Estado do Amazonas. Destes, 9/30 tinham simultaneamente amostras de plasma e tecido hepático. O RNA-VHD foi detectado em 13/30 (46,67%) e o DNA-VHB em 11/30 (36,67%). Das 09 amostras de plasma e tecido hepático o RNA-VHD foi detectado em 02/9 (22,27%) e o DNA-VHB em 08/9 (88,89%). Das 30 amostras de plasma submetidas a quantificação do RNA VHD, obteve-se a carga viral de 13/30 (46,67%). Também analisamos as 9 mostras de tecido hepático, obtendo-se a carga viral em 2/9 (22,27%). Na análise filogenética, todas as sequências de Delta agruparam-se no clado VHD3, já as de VHB, foram identificados os genótipos A 15/19 (78%), D 2/19 (11%) e F 2/19 (11%). Em relação à pesquisa de mutações de resistência à antivirais na rt-VHB, verificou-se que 3/11 (27%) e 05/08 (62%) sequencias isoladas do plasma e tecido hepático, respectivamente, apresentavam mutações de resistência. Conclusões: foi detectado três genótipos do VHB A, D e F, independente do material de origem; todos os extraídos de delta foram exclusivamente VHD-3; a carga viral do vírus delta, foi maior nos extraídos de tecido hepático; quanto ao perfil de mutações de resistência, foi detectado um percentual elevado de mutações na região da polimerase do VHB, principalmente nas sequências isoladas do tecido hepático. Por fim, o perfil dos genótipos do VHB e VHD encontrados no estudo reflete o mesmo padrão encontrado na região por outros autores
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:http://localhost:tede/6722 |
| Date | 18 July 2018 |
| Creators | Amorim, Felipe Guedes, (92) 99537-5427 |
| Contributors | cmaraoliveira.cmc@gmail.com, Oliveira, Cintia Mara Costa de, Braga, Wornei Silva Miranda |
| Publisher | Universidade Federal do Amazonas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, UFAM, Brasil, Instituto de Ciências Biológicas |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | image/jpeg, application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFAM, instname:Universidade Federal do Amazonas, instacron:UFAM |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 1984485651082134923, 500 |
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