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Previous issue date: 2009-07-24 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Gypsy/Ty3 group retrotransposons are the main transposable elements found
in the genome of pathogenic fungi. In this work, two retrotransposons termed MpSaci and Sophie were analyzed in Moniliophthora perniciosa and Cochliobolus
heterostrophus, respectively. MpSaci was used to assess molecular markers based
on transposable elements IRAP and REMAP. When 70 isolates of M. perniciosa
were analyzed, a total of 43 loci were amplified by generating 46.51% polymorphism. Significant differences were found between populations of M. perniciosa divided in relation to biotope and the geographical origin, showing that populations are structured on the geographical origin and the host (biotype). The cluster analysis of different geographical regions of biotype C were observed two large groups that show two main entrances of the pathogen in the state of Bahia. Searches done in the database of the Genome Project of C. heterostrophus (JGI- Genome) showed the presence of DNA sequences with similarity to reverse transcriptase of Class I elements belonging to the group Gypsy/Ty3. Based on these sequences could be found seven different copies of an intact transposable element named Sophie. The analysis of 37 sequences of the reverse transcriptase gene showed a possible silencing mechanism similar to RIP. The seven copies of the element Sophie had 7426 bp 7512 bp. The retrotransposon sequences Sophie has two open reading frames (ORFs) that encode the Gag protein and the Pol polyprotein. The presence of different target sites suggests that Sophie is an element with recent activity in the genome of C. heterostrophus can have a great impact on the evolution of the genome of its host. / Retrotransposons do grupo Gypsy/Ty3 são os principais elementos transponíveis encontrados no genoma de fungos fitopatogênicos. Neste trabalho, dois retrotransposons denominados de MpSaci e Sophie foram analisados em
Moniliophthora perniciosa e Cochliobolus heterostrophus, respectivamente. MpSaci
foi utilizado para avaliar os marcadores moleculares baseados em elementos
transponíveis IRAP e REMAP. Quando 70 isolados de M. perniciosa foram analisados, o total de 43 locos foram amplificados gerando 46,51% de bandas
polimórficas. Diferenças significativas foram encontradas entre as populações de M. perniciosas divididas em relação ao biótipo e à origem geográfica, demonstrando
que as populações encontram-se estruturadas quanto à origem geográfica e ao
hospedeiro (biótipo). Pela análise de agrupamento de diferentes regiões geográficas
do biótipo C foram observados dois grandes grupos que evidenciam duas principais
entradas do patógeno no estado da Bahia. Buscas feitas no banco de dados do
Projeto Genoma de C. heterostrophus (JGI - Genome) revelaram a presença de
seqüências de DNA com similaridade a transcriptase reversa de elementos da
Classe I pertencentes ao grupo Gypsy/Ty3. Com base nessas seqüências foi
possível encontrar sete cópias diferentes e intactas de um elemento transponível
que foi denominado Sophie. A análise de 37 seqüências do gene da transcriptase
reversa demonstrou possível mecanismo de silenciamento semelhante a RIP. As
sete cópias do elemento Sophie apresentaram 7.426 pb a 7.512 pb. O
retrotransposon Sophie possui duas seqüências de leitura abertas (ORFs) que
codificam a proteína Gag e a poliproteína Pol. A presença de diferentes sítios-alvo
sugere que Sophie é um elemento com atividade recente no genoma de C.
heterostrophus podendo ter grande impacto na evolução do genoma do seu
hospedeiro.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:localhost:123456789/5323 |
| Date | 24 July 2009 |
| Creators | Santana, Mateus Ferreira |
| Contributors | Araujo, Elza Fernandes de, Mizubuti, Eduardo Seiti Gomide, Queiroz, Marisa Vieira de, Moraes, Célia Alencar de, Costa, Maurício Dutra |
| Publisher | Universidade Federal de Viçosa, Mestrado em Microbiologia Agrícola, UFV, BR, Associações micorrízicas; Bactérias láticas e probióticos; Biologia molecular de fungos de interesse |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFV, instname:Universidade Federal de Viçosa, instacron:UFV |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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