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Previous issue date: 2010-01-12 / The progress of Molecular Biology and Genetics provided the appearance of
several molecular markers that detect the genetic polymorphism directly at DNA.
Among these markers are the microsatellites (SSR), which are distinguished by their
high degree of polymorphism. The use of these markers for individual genotyping has
evolved into multiplex systems, which allow many SSR fragments to be detected and
analyzed simultaneously. Currently there are several articles in literature discussing
the criteria to be used in the primer design for use in PCR, as well as various
softwares are available for this end. However, there are few studies and tools for the
analysis of compatibility between pairs of primers for use in multiplex systems,
where multiple fragments are simultaneously amplified using PCR. This paper
evaluated different criteria for compatibility between pairs of primers. A set of 74
combinations of pairs of primers, involving the amplification of 94 SSR loci were
evaluated in duplex systems. The same combinations were evaluated according to
different criteria, including the degree of complementarity between primers, the
magnitude of differences of denaturation temperatures (Tm) and the tendency to
annealing between pairs of primers based on the Gibbs free energy resulting from the
association between them. The comparison between the different criteria allowed the
identification of a set of criteria with positive predictive value equal to 94%. These
criteria were implemented for use in a software called Multiplexer, which from the analysis in sequence of pairs of primers, suggests compatible combinations for use in
multiplex genotyping systems. Using this tool can significantly reduce the costs
related to laboratory activities for genotyping using PCR. / Os avanços da Biologia Molecular e da Genética proporcionaram o
surgimento de diversos marcadores moleculares que detectam o polimorfismo
genético diretamente no DNA. Entre estes marcadores se encontram os
microssatélites (SSR), que se destacam pelo seu elevado grau de polimorfismo. O uso
desses marcadores para fins de genotipagem individual tem evoluído para sistemas
multiplex, os quais permitem que vários fragmentos SSR sejam detectados e
analisados simultaneamente. Atualmente são abundantes na literatura artigos que
discutem os critérios a serem utilizados no desenho de pares de primers para
aplicação em PCR, bem como estão disponíveis diversos softwares para este fim. No
entanto, ainda são escassos os estudos e ferramentas destinados à análise de
compatibilidade entre pares de primers para aplicação em sistemas multiplex, onde
vários fragmentos são amplificados simultaneamente por PCR. Neste trabalho são
avaliados diferentes critérios de compatibilidade entre pares de primers. Um conjunto
de 74 combinações de pares de primers, envolvendo a amplificação de 94 locos SSR
foram avaliados em sistemas duplex. As mesmas combinações foram avaliadas
segundo diferentes critérios, incluindo o grau de complementariedade entre primers,
magnitude das diferenças de temperaturas de desnaturação (Tm) e a tendência ao
anelamento entre pares de primers com base na energia livre de Gibbs resultante da associação entre eles. A comparação entre os diferentes critérios permitiu a
identificação de um conjunto de critérios com valor preditivo positivo igual a 94%.
Estes critérios foram implementados para utilização em um software denominado
Multiplexer, que a partir da análise de sequências de pares de primers, sugere
combinações compatíveis para a utilização em sistemas de genotipagem multiplex. O
uso dessa ferramenta pode reduzir consideravelmente os custos laboratoriais relativos
às atividades de genotipagem utilizando PCR.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.bc.ufg.br:tde/1291 |
| Date | 12 January 2010 |
| Creators | BARBOSA, Ana Clara de Oliveira Ferraz |
| Contributors | COELHO, Alexandre Siqueira Guedes |
| Publisher | Universidade Federal de Goiás, Mestrado em Biologia, UFG, BR, Ciências Biolóicas |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFG, instname:Universidade Federal de Goiás, instacron:UFG |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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