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Previous issue date: 2018-03-12 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / The ease access to Next Generation Sequence methodologies has improved the development
of several projects, once it makes possible the de novo assembly of DNA sequences,
creating a great amount of data and giving access to unknown genomes of different
organisms. The anuran species Ololygon centralis belong to Hylidae family. It is considered
as endemic of Cerrado Biome and little is known about its genomics. The aim of this work
was to realize a draft of the genome of O. centralis in order to identify, to characterize, to
quantify repetitive elements and to predict possible genes. Also, we aimed to develop
microsatellite markers for the species. The genome draft assembled in 13989 scaffolds,
which correspond to 4926069 bp with N50 = 336. The repetitive elements found in the O.
centralis genome (1795 transposons, 957, microsatellite, one satellite DNA and 25 small
nuclear RNAs) comprised 531337 bp. Between the retrotransposons, the LINE element
(49,83%) was the most abundant, followed by LTR (48,66%) and SINE (1,56%). It was
possible to identify coding genes for the 5S, 18S and 28S subunits of ribosomes. Also, 18
types of coding regions for tRNA and 26 putative genes were found in the O. centralis
genome. From the microsatellite regions, it was possible to design 87 pairs of primers for
the flanking sites. There were found 47 regions composed of tetranucleotides, 39
dinucleotides and on trinucleotide on the microsatellite sites. From them, 31 pairs of primers
were selected for amplification and 18 showed good results. The annealing temperatures
varied from 50° e 60° C. Seven markers showed polymorphism. From them, only 5 markers
(PCE05, OCE11, PCE20, OCE21, OCE26) were used to characterize the genotype of 30
individuals. The medium number of alleles was 10, the allelic amplitude varied from 148 bp
(OCE20) to 318 bp (OCE21). The Expected Heterozygosity was 0,7 and the observed was
0,5. The probability of parentage exclusion (Q) was 0,993 and the probability of combined
identity (I) was 1,13x10-6. The global value of the fixation index (FST) was significant and
equal to 0,2 (p<0.05). The data obtained from the NGS Illumina platform represent one
important step for the knowledge of genomics of this species and of the anuran in general. / A facilidade para o acesso às metodologias de Sequenciamento de Segunda Geração (Next
Generation Sequence) tem impulsionado o desenvolvimento de diversos projetos, uma vez
que possibilita a montagem de novo de sequências, gerando uma grande quantidade de
dados e permitindo o acesso a genomas de diversos organismos ainda pouco conhecidos. A
espécie de anuro Ololygon centralis (Pombal e Bastos 1996) pertence à família Hylidae,
considerada endêmica do Bioma Cerrado e que ainda não dispõe de nenhuma informação
genômica. O objetivo desse trabalho foi realizar uma montagem parcial do genoma de
Ololygon centralis a fim de identificar, caracterizar, quantificar elementos repetitivos e
predizer genes nas sequências genômicas, além de desenvolver marcadores microssatélites
para a espécie. O genoma parcial montado resultou em 13.989 scaffolds, que correspondem
a 4.926.069 pb com N50 de 336. Os elementos repetitivos encontrados no genoma de O.
centralis (1.795 elementos transponíveis, 957 microssatélites, um DNA satélite e 25
pequenos RNAs nucleares) totalizaram 531.337 pb. Entre os retrotransposons, o elemento
LINE (49,83%) foi o mais abundante, seguido do LTR (48,66%) e SINE (1,56%). Foram
identificados os genes que codificam as subunidades 5S, 18S e 28S de ribossomos, 18 tipos
de tRNAs no genoma e 26 genes. A partir das sequências foi possível desenhar 87 pares de
primers flanqueando regiões microssatélites. Dentre elas, 47 foram regiões compostas de
tetranucleotídeos, 39 dinucleotídeos, e um trinucleotídeo. Deste total, 31 pares de primers
foram selecionados para padronização em gel de poliacrilamida (6%) e 18 deles
apresentaram produto de amplificação adequado. Durante a padronização, as temperaturas
de anelamento variaram entre 50° e 60° C e sete marcadores apresentaram polimorfismo.
Dos sete, apenas cinco marcadores (OCE05, OCE11, OCE20, OCE21, OCE26) foram
padronizados e utilizados para caracterização em 30 indivíduos de O. centralis no analisador
automático ABI3500. O número médio de alelos foi igual a 10, a amplitude alélica variou
entre 148pb (OCE 20) a 318 pb (OCE 21). A Heterozigosidade média esperada foi 0,7 e a
observada igual a 0,5. A probabilidade de exclusão de paternidade (Q) foi igual a 0,993 e a
probabilidade combinada de identidade (I) igual a 1,13x10-6. O valor global para o índice de
fixação (FST) foi significativo e igual a 0,2 (p <0,05). Os dados obtidos a partir do NGS
plataforma Illumina representam um importante passo para o conhecimento genômico dessa
espécie e dos anfíbios em geral, o desenvolvimento de primers contribuirá para o estudos
genéticos-populacionais de Ololygon centralis e espécies correlacionadas por meio da
transferibilidade.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.bc.ufg.br:tede/8343 |
| Date | 12 March 2018 |
| Creators | Castro, Andrezza Arantes |
| Contributors | Telles, Mariana Pires de Campos, Brito, Cíntia Pelegrinete Targueta de Azevedo, Telles, Mariana Pires de Campos, Brito, Cíntia Pelegrinete Targueta de Azevedo, Silva, Daniela de Melo e, Silva, Wilian Vaz |
| Publisher | Universidade Federal de Goiás, Programa de Pós-graduação em Genética e Biologia Molecular (ICB), UFG, Brasil, Instituto de Ciências Biológicas - ICB (RG) |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFG, instname:Universidade Federal de Goiás, instacron:UFG |
| Rights | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | -3983316729959641468, 600, 600, 600, 600, -3872772117827373404, -5518144268585252051, -961409807440757778 |
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