Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-05-15T11:01:10Z
No. of bitstreams: 2
Dissertação - Tharlley Rodrigo Eugenio Duarte - 2018.pdf: 3238895 bytes, checksum: 4372ea2b66d739dd3a82a02b57e2b24a (MD5)
license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-05-15T12:24:47Z (GMT) No. of bitstreams: 2
Dissertação - Tharlley Rodrigo Eugenio Duarte - 2018.pdf: 3238895 bytes, checksum: 4372ea2b66d739dd3a82a02b57e2b24a (MD5)
license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-15T12:24:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2
Dissertação - Tharlley Rodrigo Eugenio Duarte - 2018.pdf: 3238895 bytes, checksum: 4372ea2b66d739dd3a82a02b57e2b24a (MD5)
license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)
Previous issue date: 2018-04-26 / Brazil is the largest arbovirus granary in the world and presents the largest endemic area of yellow
fever (YF). The Ministry of Health reported in 1170 suspected cases of yellow fever, of which 847
are under investigation, 93 were discarded and 230 were confirmed, being in the states of Minas
Gerais (201), Espírito Santo (25) and São Paulo (4). Of the total number of cases reported, 186
died, 104 of which remained in the investigation, 79 deaths were confirmed and 3 were discarded.
The case fatality rate among confirmed cases was 34.3%. For YF there is no specific treatment,
however, vaccination is effective being the only and best way of prevention. Precisely because of
this factor and others involved the diagnosis of YF is not made in the health system except by a
relevant suspicion. The problem is that in many cases viruses go unnoticed in cases of Dengue
virus infection because of cross reactivity between members of the genus Flavívirus or because of
non-specific symptoms. The present study analyzed 118 samples that were screened for suspected
Dengue Virus infections (VDEN) for the year 2011 to 2013, but discarded for this virus because
they gave negative results to the viral agent through serological and molecular tests in the
municipality of Goiânia, Goiás. Samples were sent to the Virology Laboratory of the Federal
University of Goiás Regional Jataí and analyzed by molecular methods such as RT-PCR and
Nested-PCR followed by verification of the amplicon by agarose gel electrophoresis. Among the
118 negative samples for the DENV virus, three of the samples were positive for the Yellow Fever
Virus (YVF) according to the production of amplicons of 253 bp of the NS5 region and
confirmation of the identity of the amplicon by nucleotide sequencing. The sequences obtained
were submitted to BLAST for identity confirmation. The translated sequence was analyzed by
MEGA software version 7.0. For phylogenetic analysis, the best model was previously determined
and then the tree was constructed with 53 sequences of all Yellow Fever viruses present in
databases for a comparative analysis. The sequences found were compared to sequences from the
VFA recorded in the Genbank database and were identified as referring to a portion of the NS5
nonstructural protein, position 216 to 296 of this protein, conferring 81 amino acids. The
representative tree demonstrated that the sequences submitted were directly related to Senegal taxa.
The robustness of the phylogenetic method was by Bootstrap 2000 replicates using the best JTT +
G model, Maximum Likelihood. The Tajima test applied yielded a value of D = 1.159570, thus
demonstrating that there was no population expansion of the taxa analyzed, considering that they
have a significant degree of conservation during evolution. From the results obtained in the study,
it can be affirmed that there was already an YFV circulation in the year 2013, at least of patients
seen in the central region of Brazil, even before the last outbreak in 2017. / O Brasil é o maior celeiro de arbovírus do mundo e apresenta a maior área endêmica de febre
amarela (FA). O Ministério da Saúde notificou, em 2017, 1170 casos suspeitos de febre amarela,
sendo que desses 847 estão em investigação, 93 foram descartados e 230 foram confirmados, sendo
nos estados de Minas Gerais (201), Espírito Santo (25) e São Paulo (4). Do total de casos
notificados, 186 evoluíram para óbito, sendo que 104 óbitos permanecem em investigação, 79
óbitos foram confirmados e 3 foram descartados. A taxa de letalidade entre os casos confirmados
foi de 34,3%. Para FA não há tratamento específico, no entanto, a vacinação é eficaz sendo a única
e melhor maneira de prevenção. Justamente por esse fator e outros envolvidos o diagnóstico da FA
não é feito no sistema de saúde a não ser por uma suspeita relevante. O problema é que em muitos
casos os vírus passam despercebidos em casos de infecção pelo vírus Dengue por apresentar
reatividade cruzada entre membros do gênero Flavívirus ou por apresentar sintomas inespecíficos.
O presente estudo analisou 118 amostras que foram triadas para infecções suspeitas de Vírus da
Dengue (VDEN) referentes ao ano de 2011 a 2013, porém descartadas para esta virose por terem
dado resultados negativos para o agente viral através de testes sorológicos e moleculares no
município de Goiânia, Goiás. As amostras foram encaminhadas para o Laboratório de Virologia da
Universidade Federal de Goiás Regional Jataí e analisadas por métodos moleculares, como o de
RT-PCR e Nested-PCR seguida da verificação do amplicon por eletroforese em gel de Agarose.
Dentre as 118 amostras negativas para os vírus DENV, três das amostras foram positivas para o
Vírus da Febre Amarela (VFA) conforme produção de amplicons de 253 pb da região NS5 e
confirmação da identidade do amplicon por sequenciamento nucleotídico. As sequências obtidas
foram submetidas ao BLAST para confirmação da identidade. A sequência traduzida foi analisada
pelo software MEGA versão 7.0. Para análise filogenética foi determinado previamente o melhor
modelo e em seguida a árvore foi construída com 53 sequências de todos os vírus da Febre
Amarela presentes em bancos de dados para uma análise comparativa. As sequências encontradas
foram comparadas com sequências do VFA registradas no banco de dados Genbank e identificouse
que se refere a uma porção da proteína não estrutural NS5, posição 216 a 296 desta proteína,
conferindo 81 aminoácidos. A árvore representativa demonstrou que as sequências submetidas
estavam diretamente relacionadas com táxons do Senegal. A robustez do método filogenético foi
por Bootstrap 2000 réplicas utilizando o melhor modelo JTT+G, Maximum Likelihood (Máxima
probabilidade). O teste D de Tajima aplicado gerou um valor de D= 1.159570, demonstrando assim
que não houve expansão populacional dos táxons analisados, considerando que os mesmos
possuem significativo grau de conservação durante a evolução. A partir dos resultados obtidos no
estudo, pode-se afirmar que já havia circulação do VFA no ano de 2013, pelo menos de pacientes
atendidos na região central do Brasil, antes mesmo do último surto em 2017.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.bc.ufg.br:tede/8475 |
| Date | 26 April 2018 |
| Creators | Duarte, Tharlley Rodrigo Eugenio |
| Contributors | Moreli, Marcos Lázaro, Moreli, Marcos Lázaro, Parise, Michelle Rocha, Stella, Ariel Eurides |
| Publisher | Universidade Federal de Goiás, Programa de Pós-graduação em Ciências Aplicadas a Saúde (RJ), UFG, Brasil, Regional Jataí (RJ) |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFG, instname:Universidade Federal de Goiás, instacron:UFG |
| Rights | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | -891722852459007405, 600, 600, 600, -7730867143693479402, 8765449414823306929 |
Page generated in 0.0033 seconds