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Previous issue date: 2013-02-28 / CAPES CNPq INAMI / O nanoporo formado pela incorporação da α-hemolisina em bicamadas lipídicas planas
é considerado modelo de nanoporo proteico para elucidação do mecanismo de transporte de
moléculas e no desenvolvimento de dispositivos analíticos - biossensores, espectrômetros de
massa e sequenciadores moleculares. O conhecimento da interação de nucleotídeos com o
nanoporo da α-hemolisina é de especial interesse, pois, alguns estudos sugerem varias
metodologias para a utilização deste nanoporo como sequenciador de DNA em tempo real.
Apesar de todos os avanços, a principal dificuldade operacional para obtenção de um
sequenciador baseado na tecnologia “nanopore sensing”, é a rapidez na translocação do DNA
através do nanoporo; dificultando a discriminação adequada das bases. Neste contexto é
imprescindível fazer adaptações moleculares no nanoporo visando o aumento do tempo de
permanência do DNA e da energia de interação deste com o nanoporo. As principais
estratégias disponíveis para produção de nanoporos adaptados são: mutações sítio dirigidas e
funcionalização química. Ambas são de elevado custo e tempo de experimentação. Neste
trabalho utilizamos técnicas de simulação computacional para obtenção, a nível atomístico, a
interação do DNA com o nanoporo da α-hemolisina na sua forma nativa e adaptada em
posições estratégicas previamente selecionadas por modelagem molecular. As técnicas
utilizadas baseiam-se na dinâmica molecular fora do equilíbrio e na Relação de Jarzynski, na
qual a média do trabalho realizado ao deslocar o DNA ao longo do nanoporo proteico é
estatisticamente relacionada à energia livre do processo. As informações sobre as interações
do DNA-nanoporo obtidas podem predizer, teoricamente, os nanoporos mais promissores
para serem testados experimentalmente. Realizou-se a seleção das mutantes que foram usadas
e foram obtidos dados importantes sobre a parametrização das dinâmicas usando a relação de
Jarzynski, como velocidade e constante de força que devem ser aplicadas ao sistema. Além
disso, foram obtidas informações sobre a trajetória e contato do DNA com o interior do poro
mutado e na forma selvagem, o que mostra a efetividade do sistema.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufpe.br:123456789/13285 |
| Date | 28 February 2013 |
| Creators | Silva, Annielle Mendes Brito da |
| Contributors | Fontes, Adriana, Seabra, Gustavo de Miranda |
| Publisher | Universidade Federal de Pernambuco |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Breton |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFPE, instname:Universidade Federal de Pernambuco, instacron:UFPE |
| Rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil, http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
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