Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Biologia, Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2018. / Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-07-20T17:33:47Z
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Previous issue date: 2018-07-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). / A contaminação por patógenos humanos na água de esgoto é um assunto importante, principalmente em locais onde as condições de saneamento não são ideais. A tecnologia de Next Generation Sequencing (NGS) tem sido utilizada em diversos estudos metagenômicos virais (viromas). Além de descrever a diversidade genética, é uma ferramenta útil para analisar o viroma em amostras de esgoto. Apesar do interesse no tratamento de água, a cidade de Brasília não possuí um estudo de censo e informações focado na contaminação viral do Lago Paranoá. Com este propósito, os patógenos humanos astrovírus (HAstV), norovírus (NoV) e sapovírus (SaV) foram selecionados e investigados em amostras de água não-tratada (influente) e tratada (efluente) utilizando o NGS. Amostras de influente e efluente (de março, maio de 2016 e fevereiro de 2017) foram coletadas na estação de tratamento de água de esgoto em Brasília, Brasil. As amostras foram submetidas a processos de extração de RNA e as bibliotecas de cDNA foram sequenciadas através do Illumina HiSeq 2000, com a condição de 100 bases paired-end. Os reads foram trimados através do Trimmomatic e os contigs foram montados com os programas Megahit e Velvet. As sequências foram analisadas por tBLASTX e Megablast, respectivamente, contra o "RefSeq Virus" utilizando o software Geneious v.8.1. Os reads resultantes também foram enviados e analisados na plataforma online Kaiju. Os SaV foram detectados nas seis amostras sequenciadas, HAstV e NoV foram encontrados em todas as amostras, exceto no efluente de maio. Os resultados encontrados foram discutidos e comparados com estudos brasileiros e internacionais. / Contamination of human pathogen in wastewater is an important matter, especially where sanitation is not ideal condition. Next Generation Sequencing (NGS) has been applied in several viral metagenomes (viromes) studies. Besides describing gene diversity, it is a helpful tool to analyze virome in sewage water. Despite the interest in wastewater treatment, Brasilia city lacks a census study and information aiming to assess viral contamination in Paranoa lake. For this purpose, the human pathogens astrovirus (HAstV), norovirus (NoV) and sapovirus (SaV) were selected in untreated (influent) and treated (effluent) wastewater and investigated using NGS technology. Samples of influent and effluent stream (from March, May of 2016 and February of 2017) were collected at the treatment station of wastewater in Brasília, Brazil. Samples were submitted to RNA extraction process and the cDNA libraries were sequenced using Illumina HiSeq 2000 with the condition of 100 base paired-end. The NGS reads were trimmed by Trimmomatic and the contigs were assembled with Megahit and Velvet. The assembled contigs were analyzed by tBLASTX and Megablast, respectively, against RefSeq Virus using Geneious Software v.8.1. Resulted reads were also uploaded and analyzed on Kaiju online platform. SaV were detected in the six sequenced samples, HAstV and NoV were found in all samples except the May untreated water sample. The results found were discussed and compared with Brazilian and international studies.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.unb.br:10482/32276 |
| Date | 01 March 2018 |
| Creators | Moriya, Nataly Mitie Natsume |
| Contributors | Nagata, Tatsuya |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UnB, instname:Universidade de Brasília, instacron:UNB |
| Rights | A concessão da licença deste item refere-se ao termo de autorização impresso assinado pelo autor com as seguintes condições: Na qualidade de titular dos direitos de autor da publicação, autorizo a Universidade de Brasília e o IBICT a disponibilizar por meio dos sites www.bce.unb.br, www.ibict.br, http://hercules.vtls.com/cgi-bin/ndltd/chameleon?lng=pt&skin=ndltd sem ressarcimento dos direitos autorais, de acordo com a Lei nº 9610/98, o texto integral da obra disponibilizada, conforme permissões assinaladas, para fins de leitura, impressão e/ou download, a título de divulgação da produção científica brasileira, a partir desta data., info:eu-repo/semantics/openAccess |
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