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Previous issue date: 2010-07-21 / Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / Vibrios genomes are not fully known. This thesis focused on the annotation of four draft genomes ( V. alginolyticus 40B, V. communis 1DA3, V. mimicus VM603 e VM573), the performance comparison of three automated genome annotations (SABIA, RAST and GRC) and the identification of putative unique genes (strain specific genes) in the genomes. The genomes of Vibrios contained between 3,745 and 4,977 genes, of which 2,900 were real genes, 898 were hypothetic conserved genes and 385 were hypothetic genes. The majority of known gene products were related to general functions and unknown functions (R and S), metabolism and amino acid transport (E) and transcription (K) on the basis of the COG (clusters of ortologs group). The comparison of three automated genome annotation systems indicated that each system had advantages and disadvantagens. The SABIA Server revealed interactivity with many biologic databases, such as InterPro and Swiss-Prot. The RAST server was useful for comparative genomics of specific genomes and metagenomes. The GRC server was useful annotation offline as it can be installed and run on a local computer. The genomes of Vibrios showed differences in the genic content revealled by BLAST atlas and BLAST. Each genome showed 289 to 1,432 unique genes, resulting of comparisons with organisms phylogenetically closest related. The comparison of the genomes of V. alginolyticus 40B and V. alginolyticus 12G01 revealed that 40B has 541 unique genes. The comparison of V. communis 1DA3 and V. campbellii ATTC genome revealed 1,432 unique genes in 1DA3. V. mimicus VM573 and VM603 genomes showed 334 and 289 unique genes, respectively. The vast majority of unique genes were related with carbohidrates, stress response, virulence, cell wall and capsule, indicating that this sub-group of genes may be associated with adaptation of strains to differents habitats and ecologic niches. / Genomas de vibrios ambientais ainda são pouco conhecidos. O presente trabalho de dissertação de mestrado envolveu a anotação de quatro genomas parciais de vibrios ( V. alginolyticus 40B, V. communis 1DA3, V. mimicus VM603 e VM573), a comparação da performance de três sistemas automáticos de anotação de genomas (SABIA, RAST, e GRC) e a determinação de genes putativos únicos de cada um dos quatro genomas. Os genomas de vibrios apresentaram entre 3.745 e 4.977 genes, dos quais em média 2.900 são válidos, 898 são conservados hipotéticos e 385 são hipotéticos. Os genomas apresentaram similaridade em termos de classes de grupos ortólogos com a maioria dos genes válidos identificados nas classes: funções gerais e desconhecidas(R e S), transporte e metabolismo de aminoácidos(E) e transcrição(K) de acordo com as classes de grupos ortólogos (COG) e a maioria das classes foram similares. A comparação entre os anotadores automáticos sugeriu que cada anotador apresenta prós e contras. O anotador SABIA apresenta uma grande interatividade com os bancos de dados biológicos, tais como o InterPro e Swiss-Prot. O anotador RAST é muito útil para comparação genômica do organismo de interesse com os diversos genomas e metagenomas presentes nos bancos públicos, enquanto que o anotador GRC pode ser utilizado localmente, sem a necessidade de acesso à internet. De acordo com as análises comparativas por meio da anotação realizada com o auxílio do BLAST e BLAST Atlas, os genomas de vibrios ( V. alginolyticus 40B, V. communis 1DA3, V. mimicus VM603 e VM573) também apresentaram diferenças em termos de conteúdo gênico, indicando que cada linhagem de vibrio possui sub-grupos de genes únicos. Cada um dos quatro genomas apresentaram de 289 a 1.6432 genes únicos de acordo com o as comparações pareadas com os vizinhos filogenéticos mais próximos disponíveis nos bancos de dados. Assim, a comparação entre os genomas das linhagens V. alginolyticus 40B e V. alginolyticus 12G01 resultou na descoberta de 541 genes únicos na linhagem V. alginolyticus 40B. A comparação entre os genomas de V. communis 1DA3 e V. campbellii ATTC BAA-1116 resultou na descoberta de 1.432 genes únicos na linhagem V. communis 1DA3 e a comparação entre os genomas de V. mimicus VM603 e VM573 resultou na descoberta de 334 e 289 genes únicos, em cada uma destas linhagens. Há um predomínio de genes únicos, sobretudo, pertencentes as classes relacionadas com carboidratos, resposta ao estresse, virulência, aminoácidos e derivados, parede celular e cápsula, sugerindo que estes genes estariam associados com a adaptação das linhagens à diferentes condições ambientais e diferentes nichos ecológicos.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:tede-server.lncc.br:tede/24 |
| Date | 21 July 2010 |
| Creators | Dias, Graciela Maria |
| Contributors | Thompson, Fabiano Lopes, Ciapina, Luciane Prioli, Nicolás, Marisa Fabiana, Brocchi, Marcelo |
| Publisher | Laboratório Nacional de Computação Científica, Programa de Pós-Graduação em Modelagem Computacional, LNCC, BR, Modelagem computacional |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações do LNCC, instname:Laboratório Nacional de Computação Científica, instacron:LNCC |
| Rights | info:eu-repo/semantics/embargoedAccess |
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