Made available in DSpace on 2015-03-04T18:50:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 graciela.pdf: 3846018 bytes, checksum: 8627ef4106394bfa14dc343ddcfbbbdb (MD5) Previous issue date: 2010-07-21 / Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / Vibrios genomes are not fully known. This thesis focused on the annotation of four draft genomes ( V. alginolyticus 40B, V. communis 1DA3, V. mimicus VM603 e VM573), the performance comparison of three automated genome annotations (SABIA, RAST and GRC) and the identification of putative unique genes (strain specific genes) in the genomes. The genomes of Vibrios contained between 3,745 and 4,977 genes, of which 2,900 were real genes, 898 were hypothetic conserved genes and 385 were hypothetic genes. The majority of known gene products were related to general functions and unknown functions (R and S), metabolism and amino acid transport (E) and transcription (K) on the basis of the COG (clusters of ortologs group). The comparison of three automated genome annotation systems indicated that each system had advantages and disadvantagens. The SABIA Server revealed interactivity with many biologic databases, such as InterPro and Swiss-Prot. The RAST server was useful for comparative genomics of specific genomes and metagenomes. The GRC server was useful annotation offline as it can be installed and run on a local computer. The genomes of Vibrios showed differences in the genic content revealled by BLAST atlas and BLAST. Each genome showed 289 to 1,432 unique genes, resulting of comparisons with organisms phylogenetically closest related. The comparison of the genomes of V. alginolyticus 40B and V. alginolyticus 12G01 revealed that 40B has 541 unique genes. The comparison of V. communis 1DA3 and V. campbellii ATTC genome revealed 1,432 unique genes in 1DA3. V. mimicus VM573 and VM603 genomes showed 334 and 289 unique genes, respectively. The vast majority of unique genes were related with carbohidrates, stress response, virulence, cell wall and capsule, indicating that this sub-group of genes may be associated with adaptation of strains to differents habitats and ecologic niches. / Genomas de vibrios ambientais ainda são pouco conhecidos. O presente trabalho de dissertação de mestrado envolveu a anotação de quatro genomas parciais de vibrios ( V. alginolyticus 40B, V. communis 1DA3, V. mimicus VM603 e VM573), a comparação da performance de três sistemas automáticos de anotação de genomas (SABIA, RAST, e GRC) e a determinação de genes putativos únicos de cada um dos quatro genomas. Os genomas de vibrios apresentaram entre 3.745 e 4.977 genes, dos quais em média 2.900 são válidos, 898 são conservados hipotéticos e 385 são hipotéticos. Os genomas apresentaram similaridade em termos de classes de grupos ortólogos com a maioria dos genes válidos identificados nas classes: funções gerais e desconhecidas(R e S), transporte e metabolismo de aminoácidos(E) e transcrição(K) de acordo com as classes de grupos ortólogos (COG) e a maioria das classes foram similares. A comparação entre os anotadores automáticos sugeriu que cada anotador apresenta prós e contras. O anotador SABIA apresenta uma grande interatividade com os bancos de dados biológicos, tais como o InterPro e Swiss-Prot. O anotador RAST é muito útil para comparação genômica do organismo de interesse com os diversos genomas e metagenomas presentes nos bancos públicos, enquanto que o anotador GRC pode ser utilizado localmente, sem a necessidade de acesso à internet. De acordo com as análises comparativas por meio da anotação realizada com o auxílio do BLAST e BLAST Atlas, os genomas de vibrios ( V. alginolyticus 40B, V. communis 1DA3, V. mimicus VM603 e VM573) também apresentaram diferenças em termos de conteúdo gênico, indicando que cada linhagem de vibrio possui sub-grupos de genes únicos. Cada um dos quatro genomas apresentaram de 289 a 1.6432 genes únicos de acordo com o as comparações pareadas com os vizinhos filogenéticos mais próximos disponíveis nos bancos de dados. Assim, a comparação entre os genomas das linhagens V. alginolyticus 40B e V. alginolyticus 12G01 resultou na descoberta de 541 genes únicos na linhagem V. alginolyticus 40B. A comparação entre os genomas de V. communis 1DA3 e V. campbellii ATTC BAA-1116 resultou na descoberta de 1.432 genes únicos na linhagem V. communis 1DA3 e a comparação entre os genomas de V. mimicus VM603 e VM573 resultou na descoberta de 334 e 289 genes únicos, em cada uma destas linhagens. Há um predomínio de genes únicos, sobretudo, pertencentes as classes relacionadas com carboidratos, resposta ao estresse, virulência, aminoácidos e derivados, parede celular e cápsula, sugerindo que estes genes estariam associados com a adaptação das linhagens à diferentes condições ambientais e diferentes nichos ecológicos.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:26:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE ORIONALDA.pdf: 2127265 bytes, checksum: 6265bfc95f48ea602e76fd036eed1634 (MD5) Previous issue date: 2010-10-25 / Diferentes características fenotípicas como formação de cápsula polissacarídica, a expressão de lacase determinando a melanização em substratos fenólicos e produção de enzimas é prováveis fatores de virulência presentes nas espécies do complexo Cryptococcus neoformans. Neste trabalho foi avaliada a espessura da cápsula e da parede celular de isolados de C. neoformans. A atividade da fosfolipase e a suscetibilidade in vitro de C. neoformans à anfotericina B, voriconazol e ao extrato bruto da planta Pimenta pseudocaryophyllus foram também realizados para estes isolados. Os constituintes da célula como cápsula e parede celular foram ainda analisados quando sob a ação dos antifúngicose do extrato bruto da planta. A melanização das células foi obtida usando-se o meio mínimo adicionado de L-DOPA, a produção de fosfolipase foi feita em meio contendo gema de ovo, enquanto a suscetibilidade in vitro do microrganismo foi realizada pelo método de microdiluição em caldo seguindo o protococlo do CLSI. As células extraídas de um meio indutor de cápsula foram submetidas a uma concentração correspondente a 0,5 vezes da CIM obtida no teste de suscetibilidade in vitro, sendo medido o tamanho da cápsula e parede de 30 células de cada isolado e a média destes valores foi calculada. Os valores da espessura da cápsula de isolados de C. neoformans melanizados variaram de 1,20 a 1,90 &#956;m e de 2,63 a 5,12 &#956;m em não melanizados, quando submetidos ao meio de indução de cápsula. Com relação à parede, a variação foi de 0,80 a 1,09 &#956;m em células melanizadas e de 0,40 a 0,49 &#956;m em não melanizadas. A diferença para as medidas de cápsula, como de parede mostrou-se com valores estatisticamente significantes (p <0,05). Todos os isolados de C. neoformans foram capazes de produzir fosfolipase, sendo que os isolados melanizados apresentaram atividade desta enzima em 85,3%, enquanto nos não melanizados o percentual foi de 79,5%. A suscetibilidade do microrganismo melanizado ou não aos antifúngicos e ao extrato da planta mostrou-se equivalente, com a variação de CIM para voriconazol de 0,062-0,125 &#956;g/mL, 0,125-0,5 &#956;g/mL para anfotericina B e de 64 a 128 &#956;g/mL para o extrato bruto de P. pseudocaryophyllus. Os antifúngicos vorioconazol e anfotericina B e extrato bruto de P. pseudocaryophyllus, induziram redução de espessura da cápsula e parede celular de C. neoformans, quando comparados com o controle (ausência do fármaco ou da extrsto de planta) independente da presença ou não da melanina. As alterações verificadas na cápsula e parede celular de C. neoformans neste estudo poderão servir de guias para outras pesquisas direcionadas aos efeitos de antifúngicos na patogenia de criptococose.

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:58:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 thesisMarianaCampeao.pdf: 13162328 bytes, checksum: ed5b7096328fd1404655a6f926f0f292 (MD5) Previous issue date: 2014-04-25 / Vibrios sao bacterias amplamente distribuidas no meio aquatico e podem ser encontradas em associacao com organismos marinhos, tanto como causadores de doencas quanto como simbiontes. O advento das tecnicas de sequenciamento de nova geracao e de alto desempenho tem possibilitado o acesso cada vez mais amplo a dados genomicos microbianos, incluindo vibrios. Tal quantidade e disponibilidade de dados permitem analises in silico, que podem compreender desde caracteristicas genomicas ate fenotipicas. A taxonomia microbiana e fundamentada na abordagem polifasica, que mede as relacoes evolutivas a partir do uso de sequencias de genes, especialmente o RNAr 16S, similaridade genomica, por meio de hibridizacao de DNA, e ampla caracterizacao fenotipica. A caracterizacao fenotipica requer testes experimentais, que muitas vezes sao demorados, caros e requerem grande experiencia. Neste estudo propomos o uso de genomas para a analise da diversidade e identificacao fenotipica de vibrios. Para tanto, foram avaliadas caracteristicas basicas de vibrios (tais como tamanho do genoma, conteudo genico e posicao logenetica); analisaram-se genes unicos e suas possiveis funcoes ecologicas; e desenvolveu-se uma ferramenta prototipo para identificacao de fenotipos diagnosticos de vibrios, denominada vibriophenotyping 1.0. A logenia construida a partir do genoma minimo recuperou os diferentes generos e clados descritos na literatura para o grupo vibrio, bem como posicionou as especies consideradas irmas em relacao a um ancestral comum proximo. Os genes unicos, por sua vez, puderam ainda revelar peculiaridades entre especies irmas. Por m, o programa de identificacao fenotipica desenvolvido foi testado com genomas de linhagens tipo de vibrios e apresentou uma media de similaridade superior a 70% entre os fenotipos obtidos in vitro e in silico, sendo alcançada uma similaridade de 100% para genomas integros. Dessa forma, concluiu-se que analises do pangenoma permitem a recontrucao logenetica dentro do grupo vibrios e a identificacao de genes unicos relevantes para o papel ecologico da especie no ambiente de origem, e, ainda, que a identificacao fenotipica atraves da automatizacao por uma ferramenta computacional e possivel a partir da analise de genomas.

Submitted by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2017-05-04T13:17:54Z No. of bitstreams: 1 Tese - LNCC - Pablo Ivan Pereira Ramos.pdf: 25881844 bytes, checksum: 3737e5c6b0b1a08ca20ed86f209a96d7 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2017-05-04T13:18:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - LNCC - Pablo Ivan Pereira Ramos.pdf: 25881844 bytes, checksum: 3737e5c6b0b1a08ca20ed86f209a96d7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-04T13:18:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - LNCC - Pablo Ivan Pereira Ramos.pdf: 25881844 bytes, checksum: 3737e5c6b0b1a08ca20ed86f209a96d7 (MD5) Previous issue date: 2016-06-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes) / The emergence of clinically important bacteria presenting a wide spectrum of antibiotic resistance represents a global concern. Although bacterial resistance was reported in the literature from the beggining of antibiotic use, early in the 20th century, we currently face the threat of pan-resistance, pathogens that can escape the action of all currently available antibiotic classes. A better understanding of virulence and resistance mechanisms, as well as new therapeutic options, are of paramount importance. This thesis proposal is based on the study of Klebsiella pneumoniae Kp13, a clinical isolate obtained in 2009 during a clonal outbreak in South Brazil which had its complete genome determined by our group. This strain is multidrug resistant and presents high-level resistance against polymyxin B (MIC 32 mg L􀀀1), a \last resort" drug for the treatment of Gram-negative multidrug-resistant bacteria. Using techniques from bioinformatics, transcriptomics (RNA-seq), systems biology and molecular modeling, we sought to better understand the gene expression response in K. pneumoniae in face of changes in abiotic characteristics and polymyxin B exposure. How these factors influence the metabolic repertoire of K. pneumoniae was also object of research. We also aimed to delineate a computational strategy for priorization of metabolic pathways that could serve as new targets for therapeuticals, by integrating expression, metabolic and structural reconstruction data. In parallel, this strategy was also applied to the study of Mycobacterium tubercluosis H37Rv (Mtb), the best characterized strain of this bacteria. E orts were made to study the metabolic complement of this pathogen, identifying important pathways related to its growth and correlating to molecular targets from a structural standview. The transcriptomic analyses allowed the identi cation of novel intracellular targets (such as ArcA-ArcB) that go beyond the \classic" e ect of polymyxin B mode of action, based in membrane interaction, besides drug-induced metabolic modulation which may lead to fermentative pathways of growth. The computational strategy for whole-genome target priorization led to the nding of pathways already known as druggable, such as S-methyl 5'-adenosin, as well as pathways not previously classi ed as druggable, but which could serve as candidates for future development of therapeutical compounds. / A emergência de isolados clínicos bacterianos apresentando resistência a uma ampla gama de medicamentos antibióticos representa uma preocupação global. Embora bactérias resistentes a alguns antibióticos já tenham sido relatadas na literatura médica desde o princípio do uso destas substâncias, no início do século XX, atualmente enfrentamos bactérias ditas panresistentes com capacidade de evadir à ação de todas as classes de drogas hoje disponíveis. O melhor entendimento dos mecanismos de resistência e virulência, bem como o delineamento de novas estratégias para o desenvolvimento de opções terapêuticas alternativas torna-se, portanto, imperativo. A presente proposta de tese de doutoramento tem como objeto de estudo central a bactéria Klebsiella pneumoniae Kp13, isolada no Sul do Brasil em 2009 na ocasião de um surto clonal e cujo genoma foi completamente determinado por nosso grupo. Esta cepa possui resistência multi-droga incluindo polimixina B (MIC > 32 mg L􀀀1), antibiótico considerado de último recurso no tratamento de patógenos Gram-negativos multi-resistentes. Utilizando técnicas de bioinformática, transcritômica (RNA-seq), biologia de sistemas e modelagem molecular, busca-se maior entendimento da resposta da ativação/desativação gênica de K. pneumonia frente a variações do meio e a exposição à polimixina B e como estes infuenciam no repertório metabólico exibido por esta bactéria. Ademais, objetiva-se delinear uma estratégia computacional para priorização de vias metabólicas servir como novos alvos terapêuticos para o controle deste importante patógeno, utilizando uma estratégia que integra os dados de expressão, metabólicos e da reconstrução estrutural. Em paralelo, esta estratégia foi também aplicada ao estudo de Mycobacterium tuberculosis H37Rv (Mtb), a cepa mais bem caracterizada desta bactéria. Foi dado um foco no complemento metabólico de Mtb, realizando a reconstrução de vias metabólicas importantes ao seu crescimento, correlacionando-as com alvos proteicos do ponto de vista estrutural. A análise transcritômica permitiu identificar possíveis alvos intracelulares que vão além do efeito “clássico" de ação da polimixina, baseado em interação com a membrana externa, tais como o sistema ArcA-ArcB, al_em de modulação metabólica induzida pelo fármaco, levando ao crescimento fermentativo da bactéria. A priorização de alvos moleculares permitiu identificar vias reconhecidamente drogáveis, tais como o metabolismo de S-metil 5'-adenosina, além de vias anteriormente não identificadas como drogáveis, mas que poderiam servir como candidatos para o desenvolvimento de novos fármacos.

Submitted by Hellen Luz (hellencrisluz@gmail.com) on 2017-10-06T16:52:55Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AvaliacaoInvitroAtividade.pdf: 1920798 bytes, checksum: 88c8f860d81e6ace39ccf869e95faa94 (MD5) / Rejected by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br), reason: on 2017-10-10T17:06:29Z (GMT) / Submitted by Hellen Luz (hellencrisluz@gmail.com) on 2017-10-17T18:46:53Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AvaliacaoInvitroAtividade.pdf: 1920798 bytes, checksum: 88c8f860d81e6ace39ccf869e95faa94 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-11-24T17:01:47Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AvaliacaoInvitroAtividade.pdf: 1920798 bytes, checksum: 88c8f860d81e6ace39ccf869e95faa94 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-24T17:01:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AvaliacaoInvitroAtividade.pdf: 1920798 bytes, checksum: 88c8f860d81e6ace39ccf869e95faa94 (MD5) Previous issue date: 2017-08-29 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A cromoblastomicose (CBM) é uma micose por implantação, crônica, de distribuição cosmopolita, causada por fungos melanizados. Após implantação transcutânea, os propágulos dos agentes da CBM apresentam uma plasticidade celular e morfológica única, ocorrendo a diferenciação celular, resultando nas células muriformes. O tratamento dessa micose é um desafio pela ausência de um antifúngico padrão. Vários métodos de terapia são utilizados (físicos e farmacológicos), isoladamente ou associados, no entanto, com pouco sucesso de cura clínica. A região amazônica tem uma vasta biodiversidade de vegetais que precisam ser melhor caracterizados quanto à sua composição química e aplicabilidade no tratamento de diferentes doenças. Nessa variedade de plantas, o fruto da Malpighia glabra Linn. (acerola) apresenta um alto teor de vitamina C, apresentando também vitaminas do complexo B, A, antocianinas e flavonoides, que destacam-se por apresentarem diferentes ações biológicas e terapêuticas já demonstradas tanto em in vitro quanto in vivo. Um grande interesse está atualmente centrado nas atividades biológicas de um destes flavonoides, a quercetina, pois exerce múltiplas atividades farmacológicas, apresentando propriedades biológicas únicas que podem melhorar o desempenho mental e/ou físico, e reduzir o risco de diferentes infecções. Este estudo teve como objetivo avaliar a atividade antifúngica in vitro do extrato da M. glabra em conídios e nas células muriformes de cepas de Fonsecaea spp. O extrato da M. glabra apresentou atividade antifúngica tanto em conídios quanto em células muriformes das cepas avaliadas. Além do extrato bruto, os conídios de diferentes cepas também foram sensíveis a diferentes diluições do extrato. Foram avaliadas a concentração inibitória mínima (CIM) e a concentração fungicida mínima (CFM). A média geométrica da CIM da quercetina para os conídios foi de 4,75 μg/mL e a média geométrica da CFM foi de 11,31 μg/mL, isso sugere que a quercetina apresenta ação fungistática. São necessários mais estudos para que futuramente a M. glabra ou a quercetina, isolada ou associada com outro componente isolado do extrato, possa ser usada para o tratamento da CBM. / Chromoblastomycosis (CBM) is a mycosis by implantation, chronic, with a cosmopolitan distribution, caused by melanized fungi. After transcutaneous implantation, the propagules of the CBM agents present a unique cellular and morphological plasticity. The cellular differentiation results in the appearance of muriform cells. The treatment of this mycosis is a challenge due to the absence of a standard antifungal, resulting in several therapy methods (physical and pharmacological), used isolated or associated, with little clinical cure success. Amazon region has a vast biodiversity of vegetables that need to be better characterized as to their chemical composition and applicability in the treatment of different diseases. In this variety of plants, the fruit of Malpighia glabra Linn. (acerola) has a high content of vitamin C, also presenting vitamins of the complex B, A, anthocyanins and flavonoids, which stand out for having different biological and therapeutic actions already demonstrated both in vitro and in vivo. A major interest is currently focused on the biological activities of quercetin, belonging to the class of flavonoids, as it exerts multiple pharmacological activities, presenting unique biological properties that can improve mental and/or physical performance and reduce the risk of different infections. This study aims to evaluate the in vitro antifungal activity of M. glabra extract in conidia and muriform cells of Fonsecaea spp. The extract of M. glabra presented antifungal activity in both, conidia and muriform cells, of the evaluated strains. Much interest is now centered on biological activities of the flavonoid quercetin. In addition to the crude extract, the conidia of different strains were also sensitive to different dilutions of the extract. The minimum inhibitory concentration (MIC) and the minimum fungicidal concentration (MFC) were evaluated. The geometric mean of the quercetin MIC for the conidia was 4.75 μg/mL and the geometric mean of the CFM was 11.31 μg/mL. Further study is needed so that M. glabra or quercetin, isolated or associated with another isolated component of the extract, may be used for the treatment of CBM in the future.

Submitted by Samira Prince (prince@ufpa.br) on 2012-10-16T13:54:31Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AcaoMetabolitoSecundario.pdf: 2939051 bytes, checksum: 51621d2319315de98ef8a633e19ecb42 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2012-10-16T14:21:38Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AcaoMetabolitoSecundario.pdf: 2939051 bytes, checksum: 51621d2319315de98ef8a633e19ecb42 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-16T14:21:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AcaoMetabolitoSecundario.pdf: 2939051 bytes, checksum: 51621d2319315de98ef8a633e19ecb42 (MD5) Previous issue date: 2012 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O 5-hidroxi-2-hidroximetil-gama-pirona (HMP) é um metabólito secundário sintetizado por algumas espécies de fungos dos gêneros Aspergillus, Penicillium Acetobac-ter. O HMP tem várias aplicações, sendo utilizado como antioxidante, inibidor da tirosinase, agente protetor contra a radiação e antitumoral. Recentemente, foi também demonstrado que esse metabólito atua como ativador de macrófagos. No entanto, o efeito do HMP em mo-nócitos humanos é desconhecido. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar os efeitos de HMP sobre a viabilidade e diferenciação celular de monócitos do sangue humano in vi-tro. Leucócitos humanos do sangue periférico foram obtidos a partir de bolsas de san-gue doadas pela Fundação Centro de Hemoterapia e Hematologia do Pará (HEMOPA). O isolamento das células foi realizado por meio de gradiente de densidade com Histopaque ®1077. Os monócitos foram tratados durante 24, 48 e 72 horas com 50 e 100 μg / mL de HMP. A análise ultraestrutural dos monócitos tratados revelou que essas células apresen-tam maior espraiamento, elevado número de projeções citoplasmáticas e vacúolos, caracterís-ticas que são frequentemente observadas em células ativadas. A análise da expressão da proteína de superfície específica para macrófago (F4/80) por imunofluorescência, de-monstrou que os monócitos humanos tratados com 50 e 100 μg / mL de HMP por 48 e 72 horas, mostrou um padrão de expressão semelhante ao verificado em macrófagos humanos originados de monócitos tratados com o M-CFS. Os testes de viabilidade utilizados (Método thiazolyl blue, Potencial de membrana mitocondrial, Vermelho Neutro e Azul de Tripan) mostraram que o HMP não tem nenhum efeito citotóxico em monócitos humanos quando tra-tados com 50 e 100 μg/ mL do bioproduto. Estes resultados demonstram um novo papel pa-ra HMP como um agente imunomodulador, induzindo a diferenciação de monócitos em macrófagos. / The 5-hydroxy-2- hydroxymethyl-gamma-pyrone (HMP) is a secondary metabolite synthe-sized by some species of fungi from Aspergillus, Penicillium and Acetobacter genera. The HMP has several applications, being used as antioxidant, tyrosinase inhibitor, protective agent against radiation and antitumor. Recently, it was also shown that this metabolite acts as a macrophage activator. However, the effect of HMP in human monocytes is unknown. Thus, the aim of this study was to evaluate the effects of HMP on the cell viability and differentia-tion of human blood monocytes in vitro. Human peripheral leucocytes were obtained from blood bag donated from Fundation Hemocenter of Para State. Cell isolation was performed using HISTOPAQUE® 1077-density-gradient. Monocytes were treated for 24, 48 and 72 hours with 50 and 100 μg/mL of HMP. The ultrastructural analysis of treated monocytes showed spreading ability, high number of cytoplasmatic projections and vacuoles, features that are often observed in activating cells. Immunofluorescence analysis of the expression of surface protein specific for the macrophage (F4/80), demonstrated that human monocytes treated with 50 and 100 μg/mL for 48 and 72 h showed the similar pattern of expression of proteins to that of human monocytes differentiated by macrophage colony-stimulating factor (M-CFS). The viability test used showed that HMP has no citotoxicity effect on human mon-ocytes when treated with 50 and 100 μg/mL of HMP. These results demonstrate a new role for HMP as an immunomodulator agent, inducing the differentiation of monocytes into macrophages.

Submitted by Samira Prince (prince@ufpa.br) on 2012-10-16T14:35:41Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_InducaoEscleroticasInvitro.pdf: 4920627 bytes, checksum: 52f08a5bbe8c483f745c2bd5ced67a47 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2012-10-16T18:01:59Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_InducaoEscleroticasInvitro.pdf: 4920627 bytes, checksum: 52f08a5bbe8c483f745c2bd5ced67a47 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-16T18:01:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_InducaoEscleroticasInvitro.pdf: 4920627 bytes, checksum: 52f08a5bbe8c483f745c2bd5ced67a47 (MD5) Previous issue date: 2009 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A cromoblastomicose (CBM) é uma doença fúngica crônica que acomete a pele, caracterizada pelo desenvolvimento de lesões polimórficas, que apresentam infiltrado inflamatório granulomatoso na presença de células escleróticas, patognomônicas desta doença. Um dos objetivos deste estudo foi avaliar a indução de células escleróticas por meios naturais, com biomassas de Bactris gasipaes e de Theobroma grandiflorum, cujas respectivas espécies induziram in vitro células escleróticas similares àquelas encontradas nos tecidos de lesões humanas, em 10 e 2 dias, respectivamente, o que viabilizou a produção de um meio indutor em pó, já disponibilizado a outros grupos que estudam a CBM. Outro objetivo foi avaliar a imunopatologia da CBM nos pacientes, antes e durante a utilização de itraconazol (ITZ). Para isto, foi utilizada a técnica de ELISA para as citocinas TNF-, IL-4 e IL-10 circulantes, e a imunohistoquímica de biópsias das lesões em diferentes tempos de tratamento – que permitiu analisar as alterações quantitativas e qualitativas dos tipos celulares durante 12 meses do tratamento com ITZ na dose de 200 mg/dia – com anticorpos anti-CD20, anti-CD8 e anti-CD68. Quanto as citocinas, a IL-10 circulante não mostrou nenhuma mudança significativa, enquanto IL-4 e TNF-α apresentaram um aumento da titulação ao longo de 12 meses de tratamento. Em relação à imunofenotipagem, houve uma diminuição significativa no processo inflamatório e nos infiltrados celulares durante 3 e 6 meses do tratamento, enquanto que apenas aos 12 meses houve a regressão significativa do número de escleróticas. A Imunofenotipagem revelou que os macrófagos estão localizados principalmente nas áreas centrais do granuloma, enquanto que as células TCD8+ estão na periferia e as células TCD20+ encontram-se homogeneamente distribuídas, com um aumento significativo após 6 meses do tratamento, retornando aos níveis iniciais após um ano. Os macrófagos e linfócitos citotóxicos são recrutados para o sítio de infecção durante o tratamento, apresentando um aumento significativo após 12 meses de tratamento com ITZ. Estes resultados demonstram que a formação do granuloma na CBM é semelhante àqueles observados em outras doenças infecciosas granulomatosas, e que a presença de IL-4 e IL-10 podem estar relacionadas com a persistência do fungo nas lesões e com a dificuldade de cura observada nestes pacientes. / Chromoblastomycosis (CBM) is a chronic fungal disease witch affects the skin, characterized for slowing development of polymorphic skin, that present infiltrated inflammatory granulomatous in the presence of sclerotics cells, characteristic of this illness. One of the objectives of this study was to evaluate the induction of scleroticts cells for natural mediums, with biomasses of Bactris gasipaes and Theobroma grandiflorum, whose respective species had induced in vitro similar sclerotics cells to those found in tissue of patients, in 10 and 2 days, respectively, what it made possible the production of a powder medium inductor, already donated to other groups that study the CBM. Another objective was to evaluate the histopathology of the CBM in the patients, before and during the use of itraconazole (ITZ). For this, the technique of ELISA for the cytokines was used TNF-α, circulating IL-4 and IL-10, and the immunohistochemestry of biópsias in different times of treatment - that it allowed to analyze the quantitative and qualitative alterations of the cellular types during 12 months of the treatment with ITZ in the 200 dose of mg/dia - with antibodies anti- CD20, anti-CD8 and anti-CD68. How much the cytokines, the circulating IL-10 did not show significant change, while IL-4 and TNF-α had presented an increase of the levels throughout 12 months of treatment. In relation to the immunophenotyping, it had a significant reduction in the inflammatory process and the cellular infiltrated during 3 and 6 months of the treatment, whereas only to the 12 months had the significant regression of the number of sclerotics cells. The immunophenotyping disclosed that the macrophages are mainly located in the areas central areas of granuloma, whereas cells TCD8+ are in the periphery and cells TCD20+, which were found throughout the tissues, with a significant increase after 6 months of the treatment, returning to the initial levels after one year. The cytotoxic macrophages and lymphocytes were having presented a significant increase after 12 months of treatment with ITZ. These results demonstrate that the formation of granuloma in the CBM is similar to those observed in other granulomatous infectious disease, and that the presence of IL-4 and IL-10 can be related with the persistence of fungi in the injuries and with the difficulty of cure observed in these patients.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-12-04T17:58:38Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoEfeitoProtetor.pdf: 1613941 bytes, checksum: 367436baf933f8daa67c171995e6584b (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-12-05T16:29:03Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoEfeitoProtetor.pdf: 1613941 bytes, checksum: 367436baf933f8daa67c171995e6584b (MD5) / Made available in DSpace on 2013-12-05T16:29:03Z (GMT). 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A prolactina é um destes hormônios que apresenta ação protetora, mas age também como citocina pró-inflamatória. Desde que o MeHg pode também agir como uma substância imunotóxica, procuramos neste trabalho estudar a ação citoprotetora da PRL em cultivos contínuos de linhagem B95-A de linfócitos de primata afim de avaliar sua fragilidade ao MeHg e sua reatividade a ação da PRL. Com o objetivo de avaliar a integridade funcional dos linfócitos expostos ao MeHg utilizou-se teste de reação colorimétrica para 3-(4,5-dimetiltiazol-2-yl)-2,5-difenil tetrazólio bromide (MTT), o qual detecta atividade metabólica mitocondrial. Para avaliar a resposta imune do linfócito, medidas da concentração do fator de necrose tumoral alfa (TNF α) no sobrenadante do cultivo, foram realizadas por ELISA. É uma citocina pró-inflamatória liberada em resposta a agressão celular de diferentes causas, incluindo estresse oxidativo, um dos efeitos agudos mais evidentes do MeHg, além disso, esta citocina também poder responder a regulação prolactinérgica em linfócitos humanos. Após 18 horas de exposição do cultivo a crescentes concentrações do metal (0,1; 1, 5, 10 e 50 μM) verificou-se significativa diminuição do tipo dose-dependente da viabilidade celular a partir de 1 μM (35%) e progressivamente até 50 μM (80%), quando poucas células íntegras foram encontradas nos cultivos. Um efeito bifásico em forma de “sino” ocorreu na liberação de TNF α, onde concentrações mais baixas de MeHg inibiram (0,1 e 1 μM), a intermediária estimulou (5 μM) e as duas maiores (10 e 50 μM) voltaram a inibir. A prolactina também diminuiu a viabilidade celular, em cerca de 30%, somente na dose mais elevada (10 nM). Por outro lado, na dose de 1 nM a PRL preveniu a diminuição de 40% da viabilidade celular resultante a exposição ao MeHg a 5 μM. Esta dose de 1 nM de PRL foi a única a estimular a liberação de TNF α, mas curiosamente, reverteu a liberação desta citocina quando associada a 5 μM de MeHg, concentração que igualmente estimulou a secreção de TNF α. Os resultados confirmaram a toxidade do MeHg para linfócitos de primatas (linhagem B95-A) e sua reversão por uma possível ação protetora da PRL. Um efeito bifásico na secreção de TNF α resultou da exposição ao MeHg, sugerindo a presença de diferentes mecanismos citotóxicos resultantes a ação mercurial. Por outro lado, a PRL foi pouco efetiva em estimular a secreção daquela citocina, invertendo esta resposta quando associada ao MeHg. No entanto, estes resultados são preliminares e carecem de um estudo mais acurado para sua completa elucidação. / Mercury can be found in several forms, as being organic methylmercury (MeHg), considered the most toxic. Readily absorbed orally, accumulates in the food chain and is amplified in aquatic carnivores, especially in fish, hence the greater risk to populations that preferentially feed on them, such as riparian Amazonian populations. The neurotoxic effect of this form of mercury has been widely demonstrated by epidemiological and experimental studies. Some of these studies have also shown that hormones and antioxidants may act by protecting the body against the deleterious effects of mercury. Prolactin is a hormone that has such protective action, but also acts as a proinflammatory cytokine. Since MeHg can also act as an immunotoxic substance, we have studied the cytoprotective action of PRL in continuous cultures of strain B95-A primate lymphocytes in order to assess their vulnerability to MeHg and its responsiveness to the action of PRL. In order to assess the functional integrity of lymphocytes exposed to MeHg we used to test color reaction for 3 - (4,5-dimethylthiazol-2-yl) -2,5-diphenyl tetrazolium bromide (MTT), which detects activity mitochondrial metabolism. To evaluate the immune response of lymphocytes, measures of tumor necrosis factor alpha (TNF α) concentration in the middle were performed by ELISA. It is a proinflammatory cytokine released in response to cellular injury from different causes, including oxidative stress, one of the most obvious acute effects of MeHg, and this cytokine also be able to answer prolactin regulation in human lymphocytes. After 18 hours of cultivation exposure to increasing concentrations of the metal (0.1, 1, 5, 10 and 50 mM) showed significant decrease in dose-dependent cell viability from 1 mM (35%) and progressively up to 50 mM (80%), when few intact cells were found in the cultivation. A biphasic effect in a "bell" shaped occurred in the release of TNF-α, where lower concentrations of MeHg inhibited (0.1 and 1 mM) stimulated the intermediate (5 mM) and the two largest (10 and 50 mM) returned to inhibit. Prolactin also decreased the cell viability by about 30% only at the highest dose (10 nM).Moreover, at a dose of 1 nM prevented PRL 40% decrease in cell viability due to exposure to 5 mM MeHg. This dose of 1 nM PRL was the only one to stimulate the release of TNF-α, but curiously reversed the release of this cytokine when combined with 5 mM of MeHg, concentrations that also stimulated the secretion of TNF-α. The results confirmed the toxicity of MeHg to lymphocytes of primates (strain B95-A) and its reversion by possible protective action of PRL. A biphasic effect on the secretion of TNF α resulted from MeHg exposure, suggesting the presence of different mechanisms of cytotoxic action resulting from mercury. Moreover, PRL was less effective in stimulating the secretion of that cytokine, reversing this response when the associated with MeHg. However, these results are preliminary and require a more accurater study for their complete elucidation.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-12-02T21:32:12Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_PapilomaVirusHumano.pdf: 4693367 bytes, checksum: b4f10700c580f6f00a65627fa1daf8bc (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-12-06T17:08:56Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_PapilomaVirusHumano.pdf: 4693367 bytes, checksum: b4f10700c580f6f00a65627fa1daf8bc (MD5) / Made available in DSpace on 2013-12-06T17:08:56Z (GMT). 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Desta forma, a abordagem cirúrgica destes, assume importância decisiva na cura da doença. Poroutro lado, os métodos disponíveis para o estadiamento desses linfonodos são imprecisos e as linfadenectomias são acompanhadas de morbidade significativa. A descrição de outros marcadores histológicos é escassa, devido a raridade desses tumores.O objetivo do presente trabalho é avaliar a prevalência, distribuição e associação do HPV com parâmetros histológicos de pior prognóstico, no sentido de determinar seu possível valor preditivo para metástases inguinais, assim como avaliar os fatores prognósticos já descritos. Espécimes tumorais em parafina de 82 pacientes portadores de carcinoma epidermóide do pênis, foram testados para prevalência e distribuição do genótipo do HPV por PCR. O estado do HPV foi correlacionado com fatores histopatológicos e ocorrência de metástases inguinais. Foi também avaliada a influência de diversascaracterísticas histológicas tumorais, na sobrevida livre de doença inguinal em 5 anos. O seguimento variou entre 1 e 71 meses (média 20 meses). O DNA do HPV foi identificado em 60,9% da amostra, tendo maior prevalência dos tipos virais 11 e 6 (64% e 32%, respectivamente). Não houve correlação independente significativa das variáveis histológicas de pior prognóstico com o estado do HPV. A probalidade de sobrevida livre de doença inguinal em 5 anos, também não foi influenciada pelo HPV (log Rank teste=0,45). Os únicos fatores patológicos independentes para metástases inguinais foram estadiamento T≥T1b-T4 (p=0,02), invasão linfovascular (p=0,04) e fronte de invasão infiltrativa (p-0,03). O estado e a distribuição do HPV não mostrou correlação com fatores histológicos de pior prognóstico, nem mostrou importância na predição de metástases linfonodais em CEP. / The etiology of squamous cell carcinoma of the penis (CEP) is related to multiple risk factors such as the presence of foreskin, poor hygiene, chronic dermatitis and smoking. However, the risk factor most extensively studied, is infection by human papilloma virus (HPV). It is well established that this plays an important etiologic role in cancers of the uterine cervix, however, its association with CEP has been the focus of debate, demonstrating viral presence ranging from 15% to 80% of cases, suggesting that only a subset of these tumors is caused by HPV. The prognosis is negatively influenced mainly by the presence of metastases in inguinal lymph nodes. Thus, the surgical aproach of them, is of vital importance in curing the disease. On the other hand, the available methods for staging these nodes are imprecise and lymphadenectomy are accompanied by significant morbidity. A description of other histological markers is scarce because of the rarity of these tumors. The objective of this study is to evaluate the prevalence, distribution and association between HPV and histological parameters of poor prognosis, in order to determine their possible predictive value for inguinal metastases, as well as prognostic factors already described. Paraffin tumor specimens from 82 patients with squamous cell carcinoma of the penis were tested for prevalence and genotype distribution of HPV by PCR. The HPV status was correlated with histopathological factors and metastatic inguinal. It was also evaluated the influence of various histological tumor factors, in lymphonodal disease free survival at 5 years. Follow-up ranged from 1 to 71 months (mean 20 months). HPV DNA was detected in 60.9% of the sample having the most prevalent viral type 11 and 6 (64% and 32%, respectively). There was no significant correlation independent of the histological variables of poor prognosis with HPV status. The probability of lymphonodal disease free survival at 5 years, was not affected by HPV (log rank test = 0.45). The only independent factors for pathological inguinal metastases were T stage ≥ T1b-T4 (p = 0.02), lymphovascular invasion (p = 0.04) and infiltrative invasive front (p=0, 03). The status and distribution of HPV showed no correlation with histological factors of poor prognosis, nor showed significance in predicting lymph node metastases in CEP.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-06T15:00:51Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoGeneticaCorrelacao.pdf: 1121868 bytes, checksum: 415ebcd4b13b4d4226cb0c72c7ce83f3 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-02-11T12:01:34Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoGeneticaCorrelacao.pdf: 1121868 bytes, checksum: 415ebcd4b13b4d4226cb0c72c7ce83f3 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-11T12:01:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoGeneticaCorrelacao.pdf: 1121868 bytes, checksum: 415ebcd4b13b4d4226cb0c72c7ce83f3 (MD5) Previous issue date: 2005 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Até o presente momento, estudos moleculares para os vírus do grupo C (Bunyaviridae, Orthobunyavirus) não foram publicados. O presente trabalho determinou as seqüências nucleotídicas completas para os segmento ARN pequenos (P-ARN) e a seqüencias parciais para os segmentos de ARN médio (M-ARN) dos vírus do grupo C. A seqüencia completa do segmento P-ARNvariou de 915 a 926 nucleotídeos, e revelou organização genômica semelhante em comparação aos demais ortobunyavírus. Baseado nos 705 nt do gene N, os membros do grupo C foram distribuídos em três grupos filogenéticos principais, com exceção do vírus Madrid que foi posicionado fora destes três grupos. A análise da cepa BeH 5546 do vírus Caraparu revelou que o mesmo apresenta seu segmento P-ARN semelhante ao do vírus Oriboca , sendo um vírus rearranjado em natureza. Em adição, a análise dos 345 nt do gene Gn para sete vírus do grupo C e para a cepa BeH 5546, revelou uma diferente topologia filogenética, sugerindo um padrão de rearranjo genético entre estes vírus. Estes achados representam as primeiras evidências de rearranjo genético em natureza entre os vírus do grupo C, dos quais vários são patógenos humanos. Finalmente, nossos dados genéticos corroboraram dados de relacionamento antigênico entre esses vírus determinados utilizando métodos sorológicos (testes de fixação de complemento, inibição da hemaglutinação e neutralização), sugerindo que a associação de dados informativos aos níveis molecular, sorológico e eco-epidemiológico podem contribuir para o melhor entendimento da epidemiologia molecular dos ortobunyavírus. / To date, no molecular studies on group C viruses (Bunyaviridae: Orthobunyavirus) have been published. The current work determined the complete small RNA segment and partial medium RNA segment nucleotide sequences for group C members. The full-length SRNA sequences ranged from 915 to 926 nucleotides in length, and revealed similar organization in comparison with other orthobunyaviruses. Based on the 705 nt of the N gene, group C members were distributed into 3 major phylogenetic groups, with the exception of Madrid virus that was placed outside of these 3 groups. Analysis of the Caraparu virus strain BeH 5546 revealed that it has an SRNA sequence nearly identical to that of Oriboca virus and is a natural reassortant virus. In addition, analysis of 345 nucleotides of the Gn gene for seven group C viruses and for strain BeH 5546 revealed a different phylogenetic topology, suggesting a reassortment pattern among them. These findings represent the first evidence for natural reassortment among the group C viruses, which include several human pathogens. Furthermore, our genetic data corroborate previous antigenic relationships determined using serologic assays (complement fixation, hemagglutination inhibition and neutralization tests), and suggest that a combination of informative molecular, serological and ecological data is a helpful tool to understand the molecular epidemiology of orthobunyavirus.