Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-06T15:23:25Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoMolecularRelacao.pdf: 11801506 bytes, checksum: dc0762bdd154df39d7db36795157bb81 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-02-12T13:10:00Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoMolecularRelacao.pdf: 11801506 bytes, checksum: dc0762bdd154df39d7db36795157bb81 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-12T13:10:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoMolecularRelacao.pdf: 11801506 bytes, checksum: dc0762bdd154df39d7db36795157bb81 (MD5) Previous issue date: 2009 / Os flavivírus são conhecidos por seu complexo ciclo biológico e importância na saúde pública e na economia mundial. Os aspectos ecológicos e quadros clínicos estão estreitamente relacionados à filogenia e evolução dos flavivírus. Este trabalho objetiva a caracterização molecular dos genomas dos flavivírus Bussuquara (VBSQ), Iguape (VIGU), Ilhéus (VILH) e Rocio (VROC), determinando relações filogenéticas com os demais integrantes do gênero Flavivirus. Foi realizado o seqüenciamento completo da região codificadora (ORF) e regiões não codificantes (RNC) 5’ e 3’; análise da estrutura secundária do RNA viral e das sequências conservadas da 3’RNC; determinação dos sítios de clivagem, glicosilação, resíduos Cis e motivos conservados na poliproteína; e as análises de similaridade e filogenética. Os genomas dos VBSQ, VIGU, VILH e VROC apresentaram a mesma organização que os demais flavivírus, medindo 10.815 nt, 10.922 nt, 10.775 nt, 10.794 nt, respectivamente. O padrão das sequências conservadas da 3’RNC do VBSQ foi RCS2-CS2-CS1, enquanto que para os VIGU, VILH e VROC foram CS3-RCS2-CS2-CS1. As características das estruturas secundárias do RNAs dos flavivírus em estudo foram similares aos demais flavivírus. O número dos sítios de glicosilação das proteínas PrM, E e NS1 foi distinto entre os flavivírus brasileiros, porém o padrão 6,12,12 dos resíduos de Cis e do sítios de clivagem permaneceram conservados. Na proteína E, alterações aminoacídicas pontuais foram observadas no peptídeo de fusão dos VBSQ, VIGU e VROC, e a sequência do tripepídeo RGD foi distinta para os quatro vírus em estudo. Os motivos determinantes das atividades de MTase-SAM da NS5, bem como da helicase e protease da NS3, permanecem conservados. Dentre os oito motivos da polimerase viral (NS5), somente os motivos V, VI e VII possuem alguma substituição nucleotídica para o VILH e VROC. As análises de similaridade mostram que VBSQ apresenta maior relação com VIGU enquanto que o VILH e VROC são mais relacionados entre si, porém sendo consideradas espécies virais distintas. Com base nas análises filogenéticas, características moleculares do genoma e biológicas, propõem-se a formação de três grupos genéticos: o grupo Rocio, que agrupa VROC e VILH; o grupo Bussuquara formado pelos VBSQ e Vírus naranjal e o grupo Aroa que inclui o Vírus Aroa e VIGU. / Flaviviruses have been known due their complex biological cycle and their relevance in public health and global economy. The ecologic aspected and clinic pictures are related with phylogeny and evolution of flaviviruses. This work aims the molecular characterization of Bussuquara (BSQV), Iguape (IGUV), Ilheus (VILH) e Rocio (VROC) flaviviruses genomes, determining their phylogenetic relationships with others members of genus Flavivirus. The study included: the full-length sequencing of the four Brazilian flaviviruses; analyzes of the predictive secondary structure of RNA and conserved sequences in the 3’NCR; determination of cleavage and glicosilation sites, cisteine residues and conserved motifs in the polyprotein; and similarity and phylogenetic analyzes. The BSQV, IGUV, VILH and VROC genomes present 10815 nt, 10922 nt, 10775 nt, and 10794 nt, respectively. The conserved standard sequences in 3’NCR of BSQV was RCS2-CS2-CS1, while to IGUV, ILHV and ROCV were CS3-RCS2-CS2-CS1. The secondary structure of RNA obtained for the Brazilian flaviviruses were similar to the other flaviviruses. The numbers of the glicosilation sites to PrM, E and NS1 proteins were distinct among the studied Brazilian flaviviruses, therefore the pattern 6,12,12 Cis residues and the cleavage sites were conserved. In the E protein, some singles mutations were observed in fusion peptide of BSQV, IGUV and ROCV, and the RGD motif were distinct for the flaviviruses under study. The motif that determines the MTase-SAM activity in NS5, as well as the helicase and protease activity in NS3 were conserved. Among the eight polimerase motifs in NS5, only the V, VI and VII motifs were observed single mutations in ILHV and ROCV. The similarity analyzes showed that BSQV presents high relationship with VIGU, while ILHV and ROV were more related among themselves, however those viruses were considerated distincts species. Based in the phylogenetic analyzes, molecular and biological characteristics, it was proposed the establishment of three distinct genetic groups: the Rocio group, grouping ILHV and ROCV, Bussuquara group formed by BSQV and Naranjal virus; and Aroa group, that include Aroa virus and IGUV.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:26:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Wagner Rodrigues de Carvalho.pdf: 2607795 bytes, checksum: 19e8481b5eb319af71b9e1f22666f1d9 (MD5) Previous issue date: 2008-06-30 / Xylanases have been used in the biobleaching of paper pulps, in bioconversion of plant biomass, for food and feed industries, among others. For successful selection of xylanases suitable for specific industrial applications it is important to characterize enzymes isolated from different sources. The thermophilic fungus Humicola grisea var. thermoidea is described as a good producer of extracellular endoxylanases and the Hxyn2 gene from this fungus was isolated and expressed in yeast Pichia pastoris. The aim of this project was focused on the production, purification and biochemical characterization of the recombinant HXYN2 (HXYN2r) enzyme and application on enzymatic hydrolysis of lignocellulosics substrates. The culture conditions of P. pastoris in flasks, using the 12.3 transformant and BMMY-U medium, were optimized and the best xylanolytic activity was 478.2 U/mL after 96 h, with a protein concentration of 100 mg/L, using 2.34% (w/v) of nitrogen sources (yeast extract plus urea 1.34:1.0% - w/v), 1% (v/v) of methanol, and OD600 of 10. The HXYN2r enzyme was purified by gel filtration chromatography with a yield of 6.4% and showed optimum pH and temperature values of 6.5 and 60ºC, respectively, maintaining 100% of initial activity after 4 h of incubation at pH 5.5, 6.5 and 7.5. The half-life time was 18 min at 60ºC and the enzyme was 100% stable after 3 h of incubation at 50ºC. Km and Vmax values were 7.9 mg/mL e 235.4 μmol/(mL.min), respectively. The HXYN2r enzyme were used on the enzymatic hydrolysis of sugarcane bagasse (SCB), corn cob (CC) and foliar sample of sugarcane (FSC) alone or with the enzymes of xylanolytic and cellulolytic system produced by H. grisea fungus. For enzymatic hydrolysis experiments, the substrates were milled and pretreated with 0.25% (w/v) of H2SO4 by 30 min. On the enzymatic hydrolysis the best conversion yield of hemicellulosic fractions were obtained using PpHXYN2r supplemented with EHg: 42.8% to CC, 9.6% to SCB and, a mean of 20% to foliar samples. / As endoxilanases têm sido utilizadas no biobranqueamento da polpa de papel, na bioconversão da biomassa de plantas, nas indústrias alimentícias e de ração animal, entre outras. Para a seleção de endoxilanases que possam ser empregadas em processos industriais específicos é importante caracterizar enzimas isoladas de diferentes fontes. O fungo termofílico Humicola grisea var. thermoidea é um bom produtor de endoxilanases extracelulares e o gene que codifica uma das endoxilanases (HXYN2) deste fungo foi isolado e expresso na levedura Pichia pastoris. O presente trabalho se concentrou na produção, purificação e caracterização bioquímica da endoxilanase recombinante HXYN2 e na sua aplicação na hidrólise enzimática de substratos lignocelulósicos. As condições de cultivo da levedura P. pastoris em frascos, utilizando o transformante 12.3 e o meio BMMY-U foram otimizadas e obteve-se uma atividade xilanolítica de 478,2 U/mL após 96 h de cultivo, com uma concentração de 100 mg/L de proteínas, utilizando 2,34% (p/v) de fontes de nitrogênio (extrato de levedura e urea 1,34:1,0% - p/v), 1% (v/v) de metanol e DO600 de 10. A enzima HXYN2r foi purificada por cromatografia de filtração em gel com um rendimento de 6,4% e apresentou pH e temperatura ótimos de 6,5 e 60ºC, respectivamente, mantendo 100% da atividade inicial após 4 h de incubação nos pH s 5,5, 6,5 e 7,5. O tempo de meia-vida foi de 18 min a 60ºC e a enzima manteve 100% da atividade após 3 h de incubação a 50ºC. Os valores de Km e Vmáx foram 7,9 mg/mL e 235,4 μmol/(mL.min), respectivamente. A enzima HXYN2r foi aplicada na hidrólise enzimática de sabugo de milho (SM), bagaço de cana-de-açúcar (BCA) e palha de cana-de-açúcar (PCA) sozinha ou em conjunto com as enzimas do sistema xilanolítico e celulolítico produzidas pelo fungo H. grisea. Para os experimentos de hidrólise enzimática os substratos testados foram moídos e submetidos a uma etapa de pré-tratamento com 0,25% (p/v) de H2SO4 por 30 min. Nos ensaios de hidrólise enzimática as melhores taxas de conversão da fração hemicelulósica dos substratos foram obtidas utilizando-se a PpHXYN2r suplementado com o EHg: 42,8% para o SM; 9,6% para o BCA e, em média 20% para as amostras foliares.

Made available in DSpace on 2016-04-28T20:17:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007- Lidiane de Castro Soares.pdf: 1336181 bytes, checksum: 47680a74331a705e5ecd649c1639aa3f (MD5) Previous issue date: 2007-02-28 / Funda??o Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / Coagulasenegative staphylococci (SCN) take part of normal microbiota. Although it has been considered saprophytic, nowadays there is a concern about its pathogenic potential.Nevertheless, all advance in SCN identification assays, these microorganisms are continually neglected in laboratorial routine of infectious diseases, because of the wide range of species. In spite of the difficulties, it is necessary to make an appropriated species identification in order to differentiate the potential pathogenic agents and to determine its antimicrobial susceptibility pattern. Resistance in SCN is related to the presence of mecA gene, which expresses a heterogeneous pattern that can be detected through diverse phenotypics tests. In this study, 72 SCN isolates obtained from external ear conducts of dogs, bovine mastitis and human nosocomial infections were evaluated. Staphylococcus xylosus was the most prevalent microorganism in animal and S. cohnii subsp.urealyticus in human sample. The antimicrobial resistance patterns were evaluated through disc diffusion test, and a high level of resistance to penicillin and ampicillin were detected. The most efficient antibiotics evaluated were gentamicin, vancomicin and the association ampicillin+sulbactam. Oxacillin resistance was phenotypically detected by modified disc diffusion test, agar screen, broth microdilution and agar dilution. Presence of mecA gene where detected in 5,55% of the isolates by Polimerase Chain Reaction (PCR). Correlation with the detection of mecA gene was used as gold standard for evaluation of sensitivity and specificity of phenotypical assays. The low number of mecA positives isolates did not allowed the association between cefoxitin and oxacillin resistance as a test to detect the presence this gene. The broth microdilution and agar dilution tests presented the best accuracy in phenotypic detection of the oxacillin resistance. / Os estafilococos coagulasenegativos (ECN) fazem parte da microbiota normal da pele e apesar de terem sido considerados sapr?fitas por muito tempo, o seu significado cl?nico como agente etiol?gico tem aumentado com o passar dos anos. No entanto, apesar de todo avan?o nas t?cnicas de identifica??o dos ECN e do conhecimento destes como agentes etiol?gicos em diversos processos infecciosos, estes microrganismos muitas vezes s?o negligenciados na rotina laboratorial, devido a enorme diversidade de esp?cies encontradas. A identifica??o das esp?cies de ECN, embora de dif?cil realiza??o para a maioria dos laborat?rios cl?nicos, ? necess?ria para diferenciar o potencial patog?nico e o perfil de resist?ncia de cada isolado. A resist?ncia ? oxacilina em ECN ? mediada pelo gene mecA e usualmente heterog?nea, sendo detectada por v?rios m?todos fenot?picos. Neste estudo, foram avaliados 72 isolados de ECN provenientes de amostras do conduto auditivo de c?es da ra?a Beagles, de mastite bovina e de infec??es humanas. Staphylococcus xylosus foi o microrganismo mais isolado, nas amostras animais, e S. cohnii subsp.urealyticus em humanos, dentro de uma ampla gama de esp?cies identificadas. O perfil de resist?ncia aos antimicrobianos em isolados de animais e humanas foi avaliado atrav?s da t?cnica de difus?o em disco, na qual detectouse um elevado n?vel de resist?ncia ? penicilina e ampicilina. A gentamicina, vancomicina e associa??o ampicilina+sulbactam foram eficientes frente aos isolados testados. A avalia??o da resist?ncia ? oxacilina foi realizada atrav?s da difus?o em disco modificada, ?gar screen, microdilui??o em caldo e em ?gar. A presen?a do gene mecA foi determinada pelo m?todo da Rea??o em Cadeia de Polimerase (PCR), sendo 5,55% dos isolados mecA positivos. Os resultados fenot?picos de resist?ncia a cefoxitina e a oxacilina foram correlacionados com a detec??o do gene mecA, que foi utilizado como padr?o ouro para avalia??o da sensibilidade e especificidade das t?cnicas utilizadas. O reduzido n?mero de isolados mecA + n?o permitiu estabelecer o grau de correla??o entre a cefoxitina e a oxacilina como m?todo de predi??o do gene, embora ambas tenha apresentado o mesmo percentual de resist?ncia. O teste fenot?pico que apresentou melhor acur?cia na detec??o da resist?ncia ? oxacilina foi a microdilui??o em caldo.

Made available in DSpace on 2016-04-28T20:17:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006-Marcelo Carvalho Gomes.pdf: 324564 bytes, checksum: 3942a2feee43fca4762eb4590c899bfc (MD5) Previous issue date: 2006-03-31 / The present work was carried out in three different goat raisings and 27 females and 2 males were selected for identifying the present microbiota in the preputial and vaginal cavity of goats under three estrous cycle phases: In Februrary, 2005 in the pro-estrum, in May, 2005 in the post-copula and in October, 2005 in the post-partum. The samples were collected by swabs as well as vaginal and preputial washings for studying microbiota and by gynecological brushes for the females esfoliative cytological study. The two greatest bacteria genera prevalence were: Micrococcus spp (89,65 %) following by Bacillus spp. (29,90 %). Filamentous fungi as Cladosporium spp. (26,39 %) and Aspergillus spp. (11,46 %) were the most isolated. On the bacteria cytological test about 76 % of the investigations have been in accordance with the microscopic finding and bacteria isolation. In 89% appraised animal some yeasts presence on sheets was observed in spite of there was isolation just in 7,4 % of the animals. There was similarity between hifas observation and filamentous fungi isolation, in regarding to 53 % of hifas presence investigations. The bacterial and fungical microbiota found on this survey showed the goats vaginal and preputial microbiota diversity and pointed out to the fact that it might be carried during copulation. The number of isolated bacteria species in the post-copulation phase was upper, as well as for yeasts. The vaginal cytology performed significative association in relation to the bacterial isolation, observed by cocos and bacilli presence on the sheets with positive growth. Bacteria potentially pathogenic as Pseudomonas alcalinigenes, P. aeruginosa, and Corynebacterium spp. as well as opportunist fungi as Aspergillus flavus in healthy goats vaginal cavity were found. / O presente trabalho foi desenvolvido em tr?s criat?rios caprinos distintos, de onde tomamos 27 f?meas e 2 machos a fim de identificar a microbiota presente no prep?cio de bodes e na cavidade vaginal de cabras em tr?s fases do ciclo estral: fevereiro de 2005 no proestro, maio de 2005 ap?s a c?pula e outubro de 2005 ap?s o parto. As amostras foram coletadas atrav?s de swab, lavado vaginal e prepucial para o estudo da microbiota e com escovas ginecol?gicas para o estudo colpocitol?gico das f?meas. Os dois g?neros de bact?rias de maior preval?ncia foram os seguintes: Micrococcus spp. (89,65 %) e Bacillus spp. (29,90 %). Os dois g?neros de fungos de maior preval?ncia foram Cladosporium spp. (26,39 %) e Aspergillus spp. (11,46 %). No estudo colpocitol?gico para bact?rias, em 76 % das investiga??es houve concord?ncia entre os achados microsc?picos e isolamento bacteriano. Em 89 % dos animais avaliados foi observada a presen?a de leveduras nas l?minas, mas houve isolamento em apenas 7,4 % dos animais. Em 53 % das investiga??es da presen?a de hifas houve concord?ncia entre a observa??o de hifas e o isolamento de fungos filamentosos. A microbiota f?ngica e bacteriana encontrada no presente trabalho evidenciou a diversidade da microbiota vaginal e prepucial de caprinos e aponta para o fato de que podem ser carreados durante a c?pula. Observou-se que o n?mero de esp?cies isoladas de bact?rias ? superior na fase de p?s-c?pula enquanto que em fungos observamos este aumento no p?s-parto; O resultado da citologia vaginal teve correla??o com o isolamento bacteriano, observada pela presen?a de cocos e bacilos nas l?minas com crescimento bacteriano positivo; Bact?rias potencialmente patog?nicas como Pseudomonas alcaligenes, P. aeruginosa e Corynebacterium spp. foram encontrados na cavidade vaginal de cabras h?gidas, assim como fungos oportunistas como Aspergillus flavus.

Made available in DSpace on 2016-04-28T20:17:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006-Juliana Braga de Andrade.pdf: 277168 bytes, checksum: e50d423b690ca866b106dbd90d193ab4 (MD5) Previous issue date: 2006-02-20 / In this study vaginal material was collected for microbiological and cytological evaluation in 39 female domestic cats, divided into two groups. The first group consisted of 21 whole animals, and the second of 18 neutered cats. All animals were apparently healthy, with ages varying from six months to 12 years, and were of different breeds; they came from domestic and county breeding centers in Rio de Janeiro. After mechanical containment, and cleansing of vulvar area, the proceeding for the microbiological isolation begun, for this two sterile pedriatic swabs previously embedded in a 0,9% saline solution were necessary. The first swab was used for bacterial isolation and preserved in Nutrient Agar transportation medium. The second swab was used for the fungal isolation and transported in Peptonated Water 1%. Afterwards, the material of both collections was refrigerated and sent to analysis. After this, the collection for cytological analysis was performed using a small interdental brush. The smears were fixated in absolute alcohol and dyed by the quick dyeing method (Diff Quick ?). In both groups studied differences were observed as to the number and species of bacteria. The first group had a higher frequency of Edwardsiella tarda (19,04%), followed by Enterobacter spp and Streptococcus spp, both with 17 isolations (16,19%). In relation to the neutered animals of the second group there was a higher predominance of Enterobacter spp (16,88%) and of Escherichia coli and of aeroginous Pseudomonas in the same proportion ( 14,28%). In the fungal isolation and identification it was also possible to observe differences related to the isolated ones in relation to the groups. In the first group there were 30,5% of Candida spp followed by Aspergillus spp (18,64%) and Curvularia spp (11,86%). Whereas in the second group, with castrated animals, there was a higher frequency of Penicillium spp (25%), Cladosporium (18,75%) and Candida spp (16,66%). As to the association between the microbiological and colpocytological exams it was observed that there was an agreement between the two auxiliary methods of diagnostic of vaginal microbiota of female cats only in the bacterial isolation, but not in the fungal isolation. / No presente estudo foi realizada a coleta de material vaginal para as avalia??es microbiol?gicas e citol?gicas em 39 gatas dom?sticas, divididas em dois grupos, sendo o primeiro composto de 21 animais inteiros e outro com 18 f?meas castradas, aparentemente saud?veis, com idade variando de seis meses a 12 anos, de diferentes ra?as, provenientes de cria??es domiciliares e particulares do munic?pio do Rio de Janeiro. Ap?s a conten??o mec?nica das f?meas e limpeza da regi?o vulvar, iniciou-se o procedimento para o isolamento microbiol?gico, para tal foram necess?rios dois swabs pedi?tricos est?reis, previamente umedecidos com solu??o salina est?ril a 0,9%. O primeiro swab foi utilizado para o isolamento bacteriano, sendo acondicionado em meio de transporte Agar Nutriente. O segundo swab para o isolamento f?ngico, transportado em ?gua Peptonada a 1%. Ap?s a coleta, ambos foram mantidos sob refrigera??o e encaminhados para an?lise. Em seguida procedeu-se a coleta para an?lise citol?gica com a utiliza??o da escova interdental fina. Os esfrega?os foram fixados em ?lcool absoluto e corados pelo m?todo de colora??o r?pida (Diff Quick?). Em rela??o aos dois grupos estudados observou-se diferen?as quanto ao n?mero e as esp?cies bacterianas encontradas. O primeiro grupo teve maior freq??ncia de Edwardsiella tarda (19,04%) seguido de Enterobacter spp e Streptococcus spp, ambos com 17 isolados (16,19%). Em rela??o aos animais castrados do segundo grupo, houve maior predomin?ncia de Enterobacter spp (16,88%) e de Escherichia coli e Pseudomonas aeruginosa com a mesma propor??o (14,28%). No isolamento e identifica??o f?ngica, foi poss?vel tamb?m observar diferen?as quanto aos isolados em rela??o aos grupos. No primeiro grupo houve 30,5% de Candida spp, seguido de Aspergillus spp (18,64%) e Curvularia (11,86%). No segundo grupo de animais castrados, houve maior freq??ncia de Penicillium spp (25%), Cladosporium (18,75%) e Candida spp (16,66%). Sobre a associa??o entre os exames microbiol?gicos e colpocitol?gicos, observou-se uma concord?ncia entre os dois m?todos auxiliares de diagn?stico da microbiota vaginal de gatas somente em rela??o ao isolamento bacteriano, mas n?o em rela??o ? f?ngica.

Made available in DSpace on 2016-04-28T20:17:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006-Juan Rojas Pereira.pdf: 760746 bytes, checksum: 1798bbe7196bc85bf9d9b42cb797bfc4 (MD5) Previous issue date: 2006-03-17 / The aim of this work was to verify the isolation of Cryptococcus neoformans from bird droppings at some petshops trading in Rio de Janeiro borough-RJ, as well as to perform biochemical serogruping and to evaluate the virulence in vitro . 1268 samples from several birds at 25 commercial establishments distributed on 16 neighbourhoods in Rio de Janeiro Borough-RJ were collected.The biochemical serogrouping was carried out in CGB culture medium plates while protease and phospholipase production indicating virulence factors through specific media containing bovine soralbumin and yolk were performed in vitro respectively. Both virulence and serogrouping assays for 64 strains were carried out. From the total of samples, 85 (6,7%) were considered positive. Positivity feature was verified for birds, as well as Melopsittacus undulatus birds droppings, Serinus canaria and other sort of birds showed a greater member of seedlings. According to serogrouping, from the total of 56 samples, 54 were classified as serogrouping AD (Cryptococcus neoformans var. neoformans) and just two of them to serogrouping BC (Cryptococcus neoformans var gattii) possibly.All the strains showed to be protease and phospholipase producers and most as hard ones. Of the isolated 56 all were fit in the biotypes "Killer" I and II (var neoformans). Talking into account the possibility of high level infection for human and animal helth, the presence of this ethiological agent on such kind of establishments, it might be a great concern to sanitary surveillance policy for controllling the infection, furthermore. / O objetivo do presente trabalho foi verificar o isolamento de Cryptococcus neoformans em excretas de aves comercializadas em pet-shops localizados no Munic?pio do Rio de Janeiro RJ, realizar a sorogrupagem bioqu?mica e avaliar a virul?ncia in vitro . Foram colhidas 1268 amostras de diversas aves em 25 estabelecimentos distribu?dos em 16 bairros do referido munic?pio. A sorogrupagem bioqu?mica foi realizada em meio CGB, enquanto a determina??o da produ??o de protease e de fosfolipase como fatores de virul?ncia, foi realizada in vitro pelo emprego de meios espec?ficos contendo respectivamente soroalbumina bovina e gema de ovo. Do total de amostras avi?rias coletadas, 85 (6,70%) mostraram-se positivas. A positividade foi verificada isoladamente para as aves, sendo que as excretas de Melopsittacus undulatus, Serinus canaria e outras aves de maior procura destacaram-se pelo maior n?mero de isolados. A sorogrupagem realizada para 56 cepas revelou que 54 amostras pertencem ao sorogrupo AD (Cryptococcus neoformans variedade neoformans) e duas, possivelmente ao sorogrupo BC (C. neoformans var gattii). Todas as cepas mostraram-se produtoras de protease e de fosfolipase e a maioria revelou-se forte produtora destas enzimas. Dos 56 isolados todos se encaixaram nos bi?tipos Killer I e II (var neoformans). A presen?a deste agente em tais estabelecimentos comerciais deve ser motivo de preocupa??o para as autoridades sanit?rias, considerando-se a possibilidade de infec??o para o homem e para outros animais ali comercializados.

Made available in DSpace on 2016-04-28T20:17:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006- Glenda Ribeiro de Oliveira.pdf: 475801 bytes, checksum: 8ca6884856073fd041daad94f50fca0e (MD5) Previous issue date: 2006-11-24 / The intake of mycotoxin-contamined feeds may lead to nutrient losses and can have adverse effects on animal health and on productivity. The aims of this study were: 1) to determine the mycobiota present in poultry feed samples, obtained from three factories in the region of S?o Jos? do Vale do Rio Preto, RJ, Brazil; 2) to evaluate the natural occurrence of aflatoxin B1 (AFB1), fumonisin B1 (FB1) and zearalenone using the method enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) competitive, commercial kits of Beacon Analytical Systems Inc, USA and 3) to verify the data results by the ELISA to AFB1 and FB1 comparing them with the high precision liquid chromatography methodology (HPLC) Fungal counts were similar between all culture media tested (103 CFU.g-1). Penicillium spp. (41,26%) was the most prevalent genus followed by Aspergillus spp. (33,33%) and Fusarium spp. (20,63%). Aflatoxin B1 was found in 66,27% samples examined by ELISA kits and values ranged between 2 and 21&#956;g.kg-1. Fumonisin B1 was found in 97,87% and levels ranged between 0,3 and 9,1&#956;g.g-1, cooccurring with aflatoxin B1 in 66,7% of the samples. Low concentrations of zearalenone were found (<1 &#956;g.g-1) in 77,1% poultry feed samples. Correlation between the ELISA kits (AFB1 and FB1) and the HPLC analysis was obtained. Values were r2= 0,9922 and r2=0,9823, respectively. In general, the highest mycotoxin levels were found during the hottest month of sampling. The present study shows the simultaneous occurrence of two carcinogenic mycotoxins, aflatoxin B1 and fumonisin B1 together with another Fusarium mycotoxin (zearalenone) in feed intended for poultry consumption. Many samples contained AFB1 levels near the maximum permissible and it could affect young animals. A synergistic toxic response is possible in animals under simultaneous exposure. / A ingest?o de ra??es contaminadas por micotoxinas pode acarretar perdas no seu valor nutritivo e causar efeitos adversos ? sa?de animal e ? produtividade. Os objetivos desse estudo foram: 1)estabelecer a freq??ncia e a preval?ncia da micobiota presente em amostras de ra??es de frangos de corte provenientes de tr?s f?bricas em S?o Jos? do Vale do Rio Preto-RJ, 2)verificar a ocorr?ncia natural de aflatoxina B1 (AFB1), fumonisina B1 (FB1) e zearalenona (ZEA), utilizando a t?cnica biol?gica de imunoensaios-ELISA competitivo, com kits comerciais (Beacon Analytical Systems Inc, USA) e 3)verificar os resultados obtidos pelo m?todo de ELISA, comparando-os com a t?cnica de Cromatografia L?quida de Alta Efici?ncia (CLAE) para AFB1 e FB1. A contagem dos prop?gulos f?ngicos foi similar entre todos os meios de cultura testados (103 UFC g-1). Penicillium spp (41,26%) foi o g?nero de maior preval?ncia seguido por Aspergillus spp (33,33%) e Fusarium spp. (20,63%). Aflatoxina B1 foi encontrada em 66,27% das amostras analisadas pelos kits de ELISA,com valores variando entre 2 e 21&#956;g.kg-1. Fumonisina B1 foi encontrada em 97,87% e os valores variaram entre 0,3 e 9,1&#956;g.g-1, co-ocorrendo com aflatoxinaB1 em 66,7% das amostras. Baixas concentra??es de zearalenona foram encontradas (< 1&#956;g.g-1)em 77,1% das amostras de ra??o. Foi obtida correla??o entre os kits de ELISA (AFB1 e FB1) e as an?lises em CLAE, com valores de r2= 0,9922 e 0,9823, respectivamente. Em geral, os maiores n?veis de micotoxinas foram encontrados durante os meses mais quentes do ano. O presente estudo mostra a ocorr?ncia simult?nea de duas micotoxinas carcinog?nicas, AFB1 e FB1, juntamente com outra Fusarium micotoxina (zearalenona) em ra??es destinadas ao consumo de frangos. Algumas amostras apresentaram n?veis de AFB1 pr?ximos ao m?ximo permitido, o que poderia afetar aves jovens. Uma resposta t?xica sin?rgica ? poss?vel em animais sob exposi??o simult?nea.

Made available in DSpace on 2016-04-28T20:17:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006-Felipe Lopes Campos.pdf: 553352 bytes, checksum: e4d71e5d911a1305af8111fa2c150966 (MD5) Previous issue date: 2006-03-16 / The aim of this survey was the isolation of the Cryptococcus neoformans yeast from cats and dogs central nervous system in Rio de Janeiro City. Periodic collections were made from brain samples from April 2004 to July 2005 at the rabies diagnosis laboratory in the Jorge Vaitsman Veterinary Medicine Municipal Institute in Mangueira, RJ. According to the results, of the 201 clinical samples, we found four positives samples; one of these was positive for C. laurentii, three were positive for Cryptococcus neoformans; of which two were neoformans variety and one was gattii variety. Secondarily we compared with strains from the ICB-USP, previously isolated and identified as for urease and fenol-oxidase production in qualitative character, in the same way that the potential of virulence demonstrated to fosfolipase and protease production. Killer biotyping used in all isolates showed a predominance of biotype II to neoformans variety and biotype VIII to gattii variety. All isolates showed protease and fosfolipase production in varied degrees. lipase / Objetivando o isolamento da levedura Cryptococcus neoformans do sistema nervoso central de c?es e gatos no Munic?pio do Rio de Janeiro, procedeu-se ?s coletas peri?dicas, no per?odo de abril de 2004 a julho de 2005, de amostras de c?rebro, no Laborat?rio de Diagn?stico de Raiva do Instituto Municipal de Medicina Veterin?ria Jorge Vaitsman no bairro da Mangueira, Rio de Janeiro. Das 201 amostras obteve-se um total de quatro positivas para o g?nero; sendo uma de Cryptococcus laurentii e tr?s de C. neoformans, das quais duas revelaram-se pertencentes ? variedade neoformans e uma ? variedade gattii. Secundariamente, confrontamos estas com amostras obtidas junto ao ICB-USP, previamente isoladas e identificadas, quanto ao potencial de virul?ncia espelhado pela produ??o de fosfolipase e de protease. A biotipagem Killer empregada em todos os isolados demonstrou uma predomin?ncia do biotipo II para a variedade neoformans e biotipo VIII para a variedade gattii. Todos os isolados apresentaram-se produtores de protease e de fosfolipase, em diferentes graus.

Made available in DSpace on 2016-04-28T20:17:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008 - Ana Claudia da Silva Vila Nova.pdf: 3100692 bytes, checksum: fceb0ab719732f64ea3e29199427d13f (MD5) Previous issue date: 2008-04-16 / Many areas are involved in the search for new substances from plants. The new global trends of a concern for biodiversity and the ideas of sustainable development have brought new air to studies of Brazilian medicinal plants. New lines of research were established in Brazilian universities, some of them seeking solid basis for the validation of the use of medicinal plants, thus justifying this work, using aqueous extracts of plants place of occurrence, such as Cinnamomum spp., Mentha piperita and Passiflora foetida, inhibition of growth of some species of the genus Aspergillus tox?genas, previously studied in the literature and identified as antifungal and encouraging the use of plants to replace chemicals. Using the method of minimum inhibitory concentration in agar, with the technique of dilution plate (Pour-Plate), being held dilutions of different extracts, from a solution of 5% and resulting in the dilution of 2.5% and 1.25%. Batteries tests were incubated at the 36oC. It was held also test for sensitivity to antifungal commercial - Ketoconazole. It was observed that the aqueous extract of Cinnamomum spp. was able to inhibit the mycelial growth of A. flavus and A. carbonarius at concentrations of 2.5% and 5% in readings of 48 hours. The other aqueous extracts, used in this work, showed no inhibitory effect of mycelial growth of fungi tested. / Muitas ?reas est?o envolvidas na pesquisa de novas subst?ncias oriundas de plantas. As novas tend?ncias globais de uma preocupa??o com a biodiversidade e as id?ias de desenvolvimento sustent?vel trouxeram novos ares aos estudos das plantas medicinais brasileiras. Novas linhas de pesquisa foram estabelecidas em universidades brasileiras, algumas delas buscando bases s?lidas para a valida??o do uso de plantas medicinais, justificando, assim, a realiza??o deste trabalho, utilizando extratos aquosos de plantas de ocorr?ncia local, como a Cinnamomum spp., Mentha piperita e Passiflora foetida, na inibi??o do crescimento de algumas esp?cies tox?genas do g?nero Aspergillus, previamente pesquisadas na literatura e apontadas como antif?ngicas e favorecendo a utiliza??o de plantas em substitui??o de produtos qu?micos. Utilizando o m?todo da concentra??o m?nima inibit?ria em agar, com a t?cnica de dilui??o em placa (Pour-Plate), sendo realizadas dilui??es dos diferentes extratos, partindo de uma solu??o de 5% e obtendo-se as dilui??es de 2,5% e 1,25%. As baterias testes foram incubadas a 36o C. Foi realizado, tamb?m, teste de sensibilidade ao antif?ngico comercial Cetoconazol. Observou-se que o extrato aquoso de Cinnamomum spp. mostrou-se capaz de inibir o crescimento micelial de A. flavus e A. carbonarius nas concentra??es de 2,5% e 5%, nas leituras de 48 horas. Os demais extratos aquosos, utilizados neste trabalho, n?o apresentaram efeito inibit?rio do crescimento micelial dos fungos testados.

Made available in DSpace on 2016-04-28T20:17:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008 - Cleia Maria Monteiro da Cunha.pdf: 485275 bytes, checksum: a4db2d06d84a6f336975955e4fb1bd45 (MD5) Previous issue date: 2008-10-09 / Streptococcus agalactiae, also referred as group B streptococci (GBS) are commensals microorganisms adapted to asymptomatic colonization of the mammalians gut and genitourinary tract. Initially, this specie was recognized as a major etiologic agent for bovine mastitis but has becoming a leading cause of invasive infections in human neonates. The reasons behind the prompt and persistent emergence of GBS neonatal disease have not been completely elucidated, once human and bovine GBS populations are assumed be distinct and unrelated by divergence on their own physiological characters. Aiming to contribute for the characterization of the two S. agalactiae sub-populations that are in a proximal coexistence in the Rio de Janeiro state, this study evaluated phenotypic and genotypic diversity aspects of regional groups of GBS. The first made up of 50 isolates obtained from human specimens whilst the other group was constituted of 36 isolates from milk of dairy cows presenting clinical or sub clinical mastitis. Phenotypic characterization was based on physiological and serological tests, antimicrobial susceptibility assays were carried out by the disk standard procedure and microdilution method. The genetic aspect was assessed by PCR for detection of genes associated with resistance to tetracycline. According to the results of physiologic tests, &#946;-hemolysis was a faculty shared by about 28% of bovine isolates and 100% of human isolates. GBS bovine isolates also shows different profile of sensitivity to bacitracin, only 33% of them were susceptive to the antibiotic, regardless of the whole human isolates set had demonstrated a 100% susceptive pattern to this substance. A 100% sensitivity percentual to penicillin was shared by all isolates assayed in this study corroborating the general procedure for antibiotic therapy of GBS infection. Otherwise, and in an overall view, bovine isolates showed higher resistance rates to a set of antibiotics, including cephoxitin, erytromicin, clyndamicin, sulphamethoxazole, azithromycin and ciprofloxacin than in their human counterparts. In a similar sense, it was observed in this study that 13,9% of the animal GBS isolates expressed cMLSB and 2,8 % M phenotypes. The M phenotype was expressed in 6% of the human related isolates as the unique MLSB parameter. Genetical assays performed detected 13,8% (5/36) and 14% (7/50) for tet (M), and 30,5% (11/36) and 10% (5/50) for de tet (O), respectively, in bovine and human isolates. These genes are implicated in tetracycline resistance by ribosome protection mechanism through enzymatic structural modification. / Os Streptococcus agalactiae, tamb?m designados como estreptococos do grupo B (EGB), s?o microrganismos comensais adaptados para fazer a coloniza??o assintom?tica do tubo digestivo, e do trato geniturin?rio de mam?feros. Inicialmente, reconhecida como um dos mais importantes agentes etiol?gicos da mastite bovina, esta esp?cie foi tamb?m implicada como uma das principais causas de infec??es invasivas em rec?m-nascidos humanos. As raz?es para a r?pida e consistente evolu??o do EGB como importante agente causal de infec??es neonatais ainda n?o foram completamente elucidadas, uma vez que as subpopula??es de EGB nos isolados de humanos e bovinos s?o independentes e distintas com base no reconhecimento da diversidade de suas caracter?sticas fisiol?gicas. Com o objetivo de contribuir para a caracteriza??o das duas subpopula??es de S. agalactiae que coexistem no Estado do Rio de Janeiro, este estudo avaliou aspectos da diversidade gen?tica e fenot?pica de dois grupos de EGB regionais, sendo o primeiro composto por 50 isolados obtidos a partir de esp?cimes cl?nicos humanos, e o segundo constitu?do por 36 isolados a partir de leite de vacas leiteiras com ind?cios de mastite cl?nica ou subcl?nica. A caracteriza??o fenot?pica dos isolados foi baseada em testes sorol?gicos e fisiol?gicos, testes de suscetibilidade antimicrobiana realizados com t?cnica padronizada para utiliza??o de disco de difus?o e pelo m?todo de microdilui??o. O aspecto gen?tico foi avaliado pela aplica??o de PCR para detec??o de genes associados ? resist?ncia ? tetraciclina. Os testes fisiol?gicos demonstraram que a capacidade de promover &#946;-hem?lise era uma caracter?stica partilhada por cerca de 28% dos isolados a partir do material de natureza bovina, mas que manifestava-se em todos os isolados de origem humana. Os isolados de EGB bovinos tamb?m mostraram um perfil diferente quanto ? sensibilidade ? bacitracina, uma vez que apenas 33% delas se revelaram suscet?veis a esse antibi?tico contra 100% de sensibilidade para os isolados de origem humana. O percentual de 100% de sensibilidade ? penicilina demonstrado por todos os isolados analisados neste estudo, tamb?m corrobora a import?ncia do uso desse antibi?tico como procedimento geral na terapia de infec??es por EGB. De uma forma geral, neste estudo foi observado que os isolados originados de material bovino demonstraram percentuais de resist?ncia ao conjunto de antibi?ticos analisados (cefoxitina, eritromicina, clindamicina, sulfametoxazol, azitromicina e ciprofloxacina) superiores aos observados em isolados de material humano. Foi tamb?m observado que 13,9% dos isolados de EGB animais examinados expressaram o fen?tipo cMLSB e 2,8% o fen?tipo M. O fen?tipo M foi o ?nico par?metro MLSB expresso entre os isolados de S. agalactiae humanos, com um percentual de 6%. Quanto ? presen?a de genes de resist?ncia a tetraciclina entre as subpopula??es de EGB, detectou-se percentuais de 13,8% (5/36) e 14% (7/50) para tet(M), e 30,5% (11/36) e 10% (5/50) para tet(O), respectivamente, nos isolados bovinos e humanos avaliados. Estes genes est?o implicados na resist?ncia ? tetraciclina por um mecanismo prote??o ribossomal, pela altera??o estrutural mediada por a??o enzim?tica. Palavras-chave: Streptococcus agalactiae, caracteriza??o fenot?pica, gene tet