Made available in DSpace on 2015-03-04T18:51:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 thesis_final.pdf: 4015702 bytes, checksum: 1b7693d9609ca8f10eac248354ba512e (MD5) Previous issue date: 2008-06-06 / In Brazil, since 1996, the antiretroviral therapy - HAART, also known as ARV - has been gratuitously distributed and granted by law. Therefore, anyone who takes the therapy, can desenvolve resistance acording to the amount of adherence they had. Drug resistance is known to have mutations increases linearly with elevated adherence in viremic patients, and some might say that resistance was more common in the most adherent patients with dectable viremia. Likewise, mathematical models are used to adresss some questions regarding the ARV, as to focus the epidemiological consequences of HAART interaction with behavioural changes or interventions, and the likely course of drug resistance evolution within the individual and also between individuals. In this study, we designed a host-parasit HIV model, that put together the intra and inter-host viral dynamics to test the adherence impact and the ARV access on the amount of resistant virus presents in the population. The basic model, model I, describes the interaction between cells susceptible to infection, target cells (T), wild infected cells (Is) and resistant infected cells (Ir), wild virus (Vs) and resistent virus (Vr). The target cells are created at rate λ, die at rate d per cell, and are infected with rate Ks and Kr. Infected cells, die at rate constant δ per cell and produce virus at rate fs e and fr per cell. We set the model I with literature, from the two patients data experimentaly colected, the grafics gerated by Model-Builder program were similar to the literature. After this, equations from previous model, model I, were modified to analyse the effects of giving an antiretroviral drug. Reverse transcriptase (RT) inhibitors are used to block the ability of the virus to infect a cell, while protease inhibitors (IP) cause the liberation of non-infectious viral particles. Based on that, model II, describes the interaction between susceptible cells to infection (T), four types of infected cells - the double wild RT and IP inhibitors (Iss), the wild for RT and resistant for IP (Isr), the resistant for RT and wild for IP (Irs) and the double resistant one (Irr), and four types of free virus, Vss, Vsr, Vrs, Vrr, according to the previous denomination.The target cells also are created at rate λ, die at rate d per cell, and are infected with rate k. Infected cells, die at rate constant δ per cell and produce virus at rate fss, frs, fsr and frr per cell, and free virus are cleared at rate c per virion, where εrt and εip are the efficacies of RT and PI, regarding the antiretroviral treatment (ε= 1 being a perfect drug). Model III was designed to combine the efficacy parameters and the resistance and suscetible virus, and to fit the intra-host dinamic in the inter-host populacional model, created in python. The inter-host model was designed to demonstrate the virus behavior in a 200 suscetible persons fictional sexual network, in 100 days of infection. First of all one randomic person was inoculated with a mixed infection, with the model III intra-host, and after that this person transmited the HIV infection to the rest of population in the network. It's known that the simulation of viral dynamics in social networks tries to identify the resistant possibilities of virus spreading over the population. Therefore our inter-host model suggest that in a mixed infection, with wild and resistant type of HIV, wild type virus can win the competition in intermediate and low adhesion cenarios, but with high adhesion in a populacion, resistant and wild type virus can coexist even in ARV presence. Hence, with this epidemiological model, we can rearange the strategies and politics of the HAART use for a better result in prolonging the HIV-1 infected ones. / Conhecido como vírus da imunodeficiencia humana, o HIV é o causador da AIDS, a sindrome de imunodeficiencia adquirida. O vírus, ao infectar o hospedeiro, ataca células T CD4 do sistema imune. Existem drogas da terapia anti-retroviral para o tratamento da AIDS, um regime complexo de drogas prontas para atacar o HIV em certos estágios do seu ciclo de vida. O HIV, em média, demora dez anos para passar de infecção primária para AIDS propriamente dita. Anteriormente, sabia-se que a taxa de replicação do HIV era muito baixa, mas juntamente com a terapia, percebeu-se que essa taxa poderia crescer rapidamente. A modelagem dessas taxas indicou que o vírus poderia se tornar resistente a qualquer droga, principalmente daquelas que precisavam de uma mutação para gerar resistência. Neste trabalho foram gerados três modelos intra - hospedeiro, que tentam retratar a dinâmica viral no interior de um indivíduo, abordando certas questões de interesse, tal como resistência, tratamento ARV e adesão ao tratamento, com EDOs, resolvidas através do Programa Model-Builder. O modelo I descreve a interação entre células T CD4 suscetíveis (T), células infectadas por vírus selvagem (Is), por células infectadas por vírus resistentes (Ir), vírus selvagens (Vs) e vírus resistentes (Vr). As células T CD4 são geradas a uma taxa λ, morrem a uma taxa d por célula, e são infectadas a uma taxa Ks e Kr. Células infectadas a constante δ e produzem vírus uma taxa fs e fr por célula. O modelo I foi testado através de dados da literatura de dois pacientes com dados experimentais coletados. Os gráficos gerados pelo programa Model-Builder foram similares aos da literatura.Inibidores de transcriptase reversa são usados para bloquear a habilidade do vírus de infectar a célula, enquanto que inibidores de protease provocam a liberação de partículas virais não infecciosas. Sendo assim, o modelo II descreve a interação entre as células T CD4 suscetíveis (T), quatro tipos de células infectadas, as duplamente sensíveis aos inibidores de RT e IP (Iss), as sensíveis a RT e resistentes a IP (Isr), as resistentes a RT e sensíveis a IP (Irs) e as duplamente resistentes (Irr), e os quatro tipos de vírus livres, que estão de acordo com a descrição anterior, Vss, Vsr, Vrs, Vrr. As células T CD4 são geradas a uma taxa λ e morrem a uma taxa d por célula e são infectadas a uma taxa k específica para cada tipo viral. Células infectadas morrem a uma taxa constante δ por célula e produzem novos vírus a taxas fss, frs, fsr e frr, respectivamente e novos vírus são liberados no sistema a uma taxa c por vírus, onde εrt e εip são as eficácias para IRT e IP, ao se abordar o tratamento ARV, no qual ε = 1 significa uma droga perfeita. Sabe-se que a simulação da dinâmica viral em redes sociais/sexuais tenta identificar quais as possibilidades de cepas virais resistentes serem transmitidas para a população. Assim, um modelo populaciona dinâmico, inter-hospedeiro foi desenvolvido para demonstrar como o vírus se espalha através das redes de contato da população através de uma redes sexual fictícia de 200 pessoas suscetíveis, com um tempo de 100 dias, no qual primariamente um indivíduo era inoculado com uma infecção mista, sendo rodado o modelo III no mesmo e depois, este indivíduo índice transmitia a infecção para o resto da rede. Os resultados desta dinâmica indicaram que em uma infecção mista, com tipos virais selvagens e resistentes, o tipo selvagem pode vencer a competição em cenários de baixa e intermidiária adesão, mas em cenários de alta adesão na população, o tipo resistente e o selvagem podem coexistir na presença de várias combinações de ARV. Logo, através deste modelo epidemiológico, novas propostas de políticas e estratégias para o uso da terapia ARV e revisão do uso da HAART podem ser propostas, com a finalidade de um melhor resultado, na presença de ambos os tipos de vírus, na sobrevida das pessoas que vivem com HIV/AIDS hoje, no mundo

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-03-04T22:47:40Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_PrevalenciaAssociacaoInfeccao.pdf: 2255998 bytes, checksum: 85c21936601cf37e19d262c93f44422c (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-03-07T12:30:51Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_PrevalenciaAssociacaoInfeccao.pdf: 2255998 bytes, checksum: 85c21936601cf37e19d262c93f44422c (MD5) / Made available in DSpace on 2013-03-07T12:30:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_PrevalenciaAssociacaoInfeccao.pdf: 2255998 bytes, checksum: 85c21936601cf37e19d262c93f44422c (MD5) Previous issue date: 2012 / As neoplasias gástricas são a segunda maior causa de morte por câncer e apesar das descobertas sobre a fisiopatologia das células tumorais, o câncer é considerado como, no melhor das hipóteses, minimamente controlado pela medicina moderna. O carcinoma gástrico é uma das poucas neoplasias malignas nas quais os agentes infecciosos tem um importante papel etiológico. O objetivo do presente trabalho foi pesquisar a prevalência e o grau de associação da infecção por Helicobacter pylori e do vírus de Epstein-Barr em adenocarcinoma gástrico, em uma população do norte do Brasil. Foram analisadas 125 amostras de adenocarcinoma gástrico que foram submetidas à técnica de PCR para detecção de H. pylori e da cepa cagA de H. pylori, à técnica de hibridização in situ para detecção do EBV e à análise histopatológica para determinação de características clínico-patológicas e epidemiológicas. Observou-se o maior acometimento de pacientes do sexo masculino (68%) e de faixa etária acima de 50 anos (78%). A prevalência encontrada para H. pylori foi de 88%, e foi considerada alta quando comparada a estudos anteriores na região norte. A prevalência encontrada para o EBV foi de 9,6%. Os pacientes positivos para H. pylori-cagA+ apresentaram um risco relativo aumentado para adenocarcinoma do tipo intestinal. A frequência para os estádios III e IV foi de 82,4%, evidenciando que o diagnóstico desta neoplasia é geralmente realizado tardiamente. Os casos positivos para urease apresentaram um fator de risco relativo (OR=4,231) maior que quatro vezes, para H. pylori-cagA+, que é a cepa mais virulenta de H. pylori. Não houve significância estatística para a associação entre H. pylori e EBV na população estudada, porém os casos positivos para EBV apresentaram 100% de positividade para H. pylori, sugerindo uma possível atuação sinérgica destes agentes na carcinogênese gástrica. / Gastric neoplasias are the second leading cause of cancer-related deaths and although discoveries over physio-pathology of tumour cells, cancer is considered, to the best of our knowledge, minimally controlled by modern medicine. Gastric carcinoma is among the few malignant neoplasms in which infectious agents play an important role. The aim of the present work was to research the prevalence and the association of Helicobacter pylori and Epstein-Barr virus infection in gastric adenocarcinoma in a northern population of Brazil. A hundred twenty-five samples of gastric adenocarcinoma were analyzed by PCR to detect H. pylori and pathogenic genotype H. pylori-cagA+, by in situ hybridization to detect EBV, and by histopathological analysis to determine epidemiologic and clinico-pathological data. It was observed a higher frequency in male patients (68%) as much as older patients (78%). Prevalence to H. pylori was 88%, and it was considered high when compared to early studies in northern region of Brasil. To EBV the prevalence was 9,6%. Patients H. pylori-cagA+ showed increased relative risk to intestinal type adenocarcinoma. The case’s frequency to III and IV stages of the disease was 82,4%, demonstrating that the diagnostic to this neoplasia has been done late. The urease positive cases presented a higher than four-fold relative risk (OR=4,231) to H. pylori-cagA+, the more pathogenic genotype. There wasn’t statistical significance to the association between H. pylori and EBV in the studied population; however the EBV positive cases showed 100% positivity to H. pylori suggesting a possible synergistic relation of these agents in gastric carcinogenesis.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-04-23T18:02:31Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_PrevalenciaHelicobacterPylori.pdf: 934699 bytes, checksum: b0ff88938ac2eac1e23b4faf11e82eb3 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-04-24T14:45:38Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_PrevalenciaHelicobacterPylori.pdf: 934699 bytes, checksum: b0ff88938ac2eac1e23b4faf11e82eb3 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-04-24T14:45:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_PrevalenciaHelicobacterPylori.pdf: 934699 bytes, checksum: b0ff88938ac2eac1e23b4faf11e82eb3 (MD5) Previous issue date: 2013 / Introdução: Infecções por Helicobacterpylori(HP) e vírusEpstein-Barr (VEB) são comuns no mundo todo, embora o HP seja o maior fator em doenças gastroduodenais, seu percentual de associação com VEB é incerto. Tanto o VEB quanto o HP são classificados como carcinógenos classe 1 pela Organização Mundial de Saúde, e uma substancial fração de indivíduos se tornam co-infectados na adultice. Esses dois patógenos podem potencializar sinergicamente para causar gastrite crônica perpetua. O objetivo deste trabalho foi verificar a prevalência de HP e do vírus Epstein-Barr em crianças e adolescentes. Material e Método: Estudo descritivo, do tipo transversal. Foram analisadas amostras de mucosa gástrica de 64 crianças e adolescentes através do Teste da Urease para diagnóstico do HP, da técnica de PCR para detecção da cepa cagA de H. pylori, da técnica de hibridização in situ para detecção do EBV e da análise patológica para determinação de características histopatológicas. Resultados: A prevalência de HP nas crianças e adolescentes em estudo foi de 53,1% enquanto a prevalência de VEB foi 3,1%. Entre os pacientes infectados por HP, a maioria (94,3%) apresentava gastrite a endoscopia digestiva alta, sendo gastrite enantemática a mais comumente encontrada. Na análise histopatológica, também a maioria (97,1%) dos pacientes apresentava algum grau de gastrite, com 80% classificados com gastrite crônica moderada. Cepas cagA positivas foram encontradas em 64,7% dos infectados com HP e entre estes todos tinham gastrite, com predomínio de gastrite crônica moderada (54%), no entanto não se observou correlação com significância estatística entre esses achados. Em adição, também não houve significância estatística para a associação entre infecção por HP e por VEB na população estudada, a baixa prevalência de VEB nesta análise sugere que esse vírus não é um agente etiológico das lesões da mucosa gástrica. No nosso conhecimento, este é o primeiro estudo que relaciona estes dois agentes infecciosos na mucosa gástrica de crianças e adolescentes do norte do Brasil. Conclusão: A maioria dos achados deste estudo se assemelha aos relatos da literatura, contudo evidenciou-se a necessidade de estudos com maior casuística, envolvendo a população pediátrica imunocompetente afim de melhor esclarecer se há ou não correlação entre a infecção por HP e VEB em nossa região. / Introduction: Infections by Helicobacter pylori (HP) and Epstein-Barr virus (EBV) are common worldwide, although HP is the highest factor in gastroduodenal diseases, its percentage of association with EBV is uncertain. Both EBV and HP are classified are class 1 carcinogens by the World Health Organization, and a substantial number of individuals become co-infected in adulthood. These two pathogens may have synergic potential to cause perpetual chronic gastritis. The purpose of this paper was to verify the prevalence of HP and Epstein-Barr virus in children and adolescents. Material and Methods: Transversal descriptive study. The gastric mucosa of 64 children and adolescents was analyzed through the Urease Test to diagnose HP and the PCR technique to detect H. pylori’s cagA strain, the in situ hybridization technique to detect EBV and the pathological analysis to determine the histopathological characteristics. Results: The prevalence of HP and EBV found by this study was 53.1% and 3.1, respectively. Most of the patients infected by HP (94.3%) presented gastritis in the upper gastrointestinal endoscopy, with enanthemathous gastritis being the most commonly found type. In the histopathological analysis, most patients (97.1%) presented some level of gastritis, 80% of which classified as moderate chronic gastritis. Positive cagA strains were found in 64.7% of the patients infected with HP and all of them had gastritis, with predominance of moderate chronic gastritis (54%); however, there was no statistically significant correlation between these findings. There was also no statistically significant association between infection by HP and EBV in the studied population. The low prevalence of EBV in this analysis suggests that this virus is not an etiological agent in gastric mucosa lesions. To our knowledge, this is the first study that relates these two infectious agents in the gastric mucosa of children and adolescents in northern Brazil. Conclusion: Most of the findings in this study are in line with the literature; however, it is necessary to conduct larger studies, involving aimmunocompetent pediatric population in order to determine whether there is a correlation between infection by HP and EBV in our region.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-12-06T18:21:21Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_ResistenciaBioacumulacaoArsenio.pdf: 658991 bytes, checksum: a40d3444f6b9f083c08c6db338495936 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-12-16T13:00:19Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_ResistenciaBioacumulacaoArsenio.pdf: 658991 bytes, checksum: a40d3444f6b9f083c08c6db338495936 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-12-16T13:00:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_ResistenciaBioacumulacaoArsenio.pdf: 658991 bytes, checksum: a40d3444f6b9f083c08c6db338495936 (MD5) Previous issue date: 2012 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / UFPA - Universidade Federal do Pará / A contaminação ambiental por arsênio vem aumentando nos últimos anos, seja através de fontes naturais ou antropogênicas, o que pode ocasionar uma maior exposição do homem a este composto tóxico. Vários estudos vêm analisando o potencial de espécies cianobacterianas como possíveis biorremediadoras na busca de soluções para diminuir os impactos causados por este metaloide. A cianobactéria filamentosa Phormidium sp. se destaca por apresentar mecanismos bem desenvolvidos de adaptação às diversas condições ambientais. O presente estudo objetivou analisar o perfil de resistência da Phormidium sp. em diferentes concentrações de arsenato de sódio. A cianobactéria foi inoculada em tubos contendo 4 mL de meio BG-11 líquido e diferentes concentrações de arsenato (5, 10, 30, 50, 100, 130, 150, 200 e 250 mM) e sem a presença do metaloide (controle) e cultivadas durante 20 dias a 25ºC, sem agitação e com fotoperíodo de 12/12 horas de luz/escuro. A toxicidade do arsenato para Phormidium sp. foi caracterizada pela inibição do crescimento, sendo este determinado pela concentração de clorofila a. Todas as condições foram realizadas em triplicatas. A determinação do arsênio total presente nas amostras foi obtida através da técnica de espectrometria de emissão óptica com plasma induzido, do Instituto Evandro Chagas. A resistência de Phormidium sp. ao arsenato foi observada em até 50 mM do composto (p>0,05). À partir de 100 mM de arsenato foi observada inibição do crescimento cianobacteriano (p<0,05). As análises da dosagem de arsênio total no meio de cultura mostram que, durante os primeiros dias de experimento, a concentração de arsênio no meio de cultura foi reduzido, seguido de um aumento gradativo na concentração deste metaloide. Provavelmente, esta cianobacteria pode acumular o arsênio e posteriormente excretar este metaloide para o meio extracelular. Os resultados obtidos indicam a capacidade que a cianobactéria Phormidium sp. possui de crescer em meio contendo altas concentrações de arsênio. No entanto, outras análises se tornam fundamental para elucidar as vias metabólicas envolvidas durante o processo de resistência a este metaloide. / Environmental contamination by arsenic has been increasing in recent years, either through natural or anthropogenic sources, which can cause greater exposure of humans to this toxic compound. Several studies have been developed to analyze the capacity of cyanobacterial species in bioremediation. The filamentous cyanobacterium Phormidium sp. excels due to well developed mechanisms to adapt to different environmental conditions. The present study aimed to analyze the resistance profile of Phormidium sp. at different concentrations of sodium arsenate. The cyanobacterium was inoculated in tubes containing 4 ml of BG-11 liquid medium and different concentrations of arsenate (5, 10, 30, 50, 100, 130, 150, 200 and 250 mM) without the presence of metalloid (control) and cultured for 20 days at 25 ° C without agitation and with a photoperiod of 12/12 h light / dark. The toxicity of arsenate to Phormidium sp. has been characterized by growth inhibition being determined by the concentration of chlorophyll a. All conditions were performed in triplicate. The determination of total arsenic in the samples was obtained using the technique of optical emission spectrometry with inductively coupled plasma, the Instituto Evandro Chagas. The resistance of Phormidium sp. to arsenate was observed up to 50 mM of compound (p>0.05). Growth inhibition was observed above 100mM of arsenate (p<0.05). The analyzes of the total dose of arsenic in the culture medium showed that during the first day of experiment, the concentration of arsenic in the culture medium was lowered, followed by a gradual increase in the concentration of this metalloid. Probably, this cyanobacteria can accumulate arsenic and later excrete this metalloid to the extracellular medium. The results indicate the ability of the cyanobacterium Phormidium sp. has to grow in medium containing high concentrations of arsenic. However, other analyzes become fundamental for elucidating the metabolic pathways involved in the process of resistance to this metalloid.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-12-06T18:22:25Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseCrescimentoPerfil.pdf: 950043 bytes, checksum: 957110d7532999cebe823348eca5c684 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-12-16T13:55:37Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseCrescimentoPerfil.pdf: 950043 bytes, checksum: 957110d7532999cebe823348eca5c684 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-12-16T13:55:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseCrescimentoPerfil.pdf: 950043 bytes, checksum: 957110d7532999cebe823348eca5c684 (MD5) Previous issue date: 2012 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / O arsênio é um metalóide tóxico que se tornou um problema de saúde pública em todo o mundo. Como forma de reduzir a contaminação ambiental por este metalóide, a qual é proveniente de atividades antropogênicas e naturais, a utilização de microorganismos em processos de biorremediação se tem mostrado uma estratégia promissora. A cianobactéria filamentosa homocitada, Geitlerinema unigranulatum UFV-E01, pertencente à ordem Pseudanabaenales, foi isolada de um ambiente contaminado por arsênio, sugerindo uma habilidade em lidar com o efeito tóxico deste metalóide. Com vista nisso, o presente trabalho objetivou caracterizar a resistência ao arsenato de sódio e quantificar o arsênio total extracelular da cianobactéria G. unigranulatum UFV-E01. As análises de resistência ao arsenato de sódio revelaram que a cianobactéria foi capaz de crescer em até 50 mM por 20 dias. Além disso, a cianobactéria G. unigranulatum UFV-E01 acumulou arsenato de sódio por 10 dias, reduzindo em até 67% o arsênio extracelular. Pelos dados obtidos neste estudo, a cianobactéria G. unigranulatum UFV-E01 foi capaz de resistir a altas concentrações de arsenato de sódio, no entanto outras análises, como a caracterização das vias metabólicas envolvidas no processo de resistência, devem ser realizadas para considerar sua aplicação em ambientes impactados por arsênio. / Arsenic is a toxic metalloid that has become a public health problem worldwide. In order to reduce the environmental contamination by this metalloid, which is derived from natural and anthropogenic activities, the use of micro-organisms in bioremediation process has shown to be a promising strategy. A filamentous homocitada cyanobacterium belonging to the order Pseudanabaenales, Geitlerinema unigranulatum UFV-E01, was isolated from an environment contaminated by arsenic, suggesting an ability to deal with the toxic effect of this metalloid. In view of this, this study aimed to characterize the resistance to sodium arsenate and quantify the total arsenic extracellular cyanobacterium G. unigranulatum UFV-E01. Analyses of sodium arsenate resistance showed that the cyanobacterium was able to grow in 50 mM for 20 days. Furthermore, the cyanobacterium G. unigranulatum UFV-E01 accumulated sodium arsenate for 10 days, reducing up to 67% arsenic extracellular. From the data obtained in this study, the cyanobacterium G. unigranulatum UFV-E01 was able to withstand high concentrations of sodium arsenate, although other analysis, the characterization of the metabolic pathways involved in the resistance must be taken to consider their use in environments impacted by arsenic.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-07T13:21:34Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_EstudoParacoccidioidesBrasiliensis.pdf: 3428553 bytes, checksum: 1b04b3595eca1da764d4fab1ea70087e (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-02-07T14:55:05Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_EstudoParacoccidioidesBrasiliensis.pdf: 3428553 bytes, checksum: 1b04b3595eca1da764d4fab1ea70087e (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-07T14:55:05Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_EstudoParacoccidioidesBrasiliensis.pdf: 3428553 bytes, checksum: 1b04b3595eca1da764d4fab1ea70087e (MD5) Previous issue date: 2010 / O objetivo deste trabalho foi o de verificar a presença do Paracoccidioides brasiliensis no município de Buriticupu, localizado na Amazônia Maranhense. Foram realizados testes intradérmicos com paracoccidioidina em 491 indivíduos, havendo 60 intradermorreações positivas ao antígeno. Observou-se não haver diferença estatística significante na amostra em relação à positividade ao teste e as variáveis sexo, hábitos sócio-culturais e nível de escolaridade, embora, descritivamente, o sexo feminino tenha sido o mais freqüente, totalizando 33 pacientes, e que positivo-reagentes possuíam hábitos que propiciavam o contato com o patógeno e, ainda, constatou-se serem os níveis de escolaridade predominantes o analfabetismo (18 testados) e o 1º grau incompleto (26 testados). Cinqüenta e um pacientes positivos aos testes intradérmicos à paracoccidoidina (85%) eram naturais do Estado do Maranhão. Ao analisarem-se os dados clínicos e laboratoriais gerais nos prontuários dos seis pacientes diagnosticados com a doença paracoccidioidomicose, constatou-se que todos eram lavradores com mais de 10 anos de residência em Buriticupu, possuindo a presença do fungo em raspado de mucosa bucal à coloração do PAS e Gomori-Groccot, com exceção de dois pacientes: um com 36 meses de tratamento e outro com 12 meses de terapêutica, e sem lesão bucal inicial ou posterior, ambos sem relatos de abandono de tratamento. Verificou-se, portanto, que a citologia esfoliativa é um método fácil e de baixo custo no auxílio do controle terapêutico dos pacientes. / The objective of this study was to verify the presence of Paracoccidioides brasiliensis in the municipality of Buriticupu, located in the Amazon Maranhense. Intradermics tests were conducted with paracoccidioidine in 491 individuals, with 60 intradermics positive to the antigen. There was no statistically significant difference in the sample in relation to the positive test and the variables gender, socio culturals habits and level of education, although describe, the female has been the most frequent, totaling 33 patients, and that positive - reagents have habits that provide contact with the pathogen, and it was found to be the prevailing levels of schooling illiteracy (18 tested) and 1 st degree incomplete (26 tested). Fifty-one patients testing positive for intradermics to paracoccidoidine (85%) were the natural state of Maranhão. In reviewing the clinical data and laboratory records in general of the six patients diagnosed with the disease paracoccidioidomycosis, found that all were farmers with more than 10 years of residence in Buriticupu, with the presence of the fungus in the oral mucosa scraped the colouring of PAS and Gomori - Groccot, except for two patients: one with 36 months of treatment and another with 12 months of therapy, and without injury initial oral or later, both without reports of abandonment of treatment. We, therefore, that the exfoliative cytology is an easy way and low cost in aid of therapeutic control of patients.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-07T14:19:40Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_InqueritoParacoccidiodinaCinco.pdf: 1133779 bytes, checksum: 9199e67b1a7eb4a05373218168c984ce (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-02-11T12:11:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_InqueritoParacoccidiodinaCinco.pdf: 1133779 bytes, checksum: 9199e67b1a7eb4a05373218168c984ce (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-11T12:11:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_InqueritoParacoccidiodinaCinco.pdf: 1133779 bytes, checksum: 9199e67b1a7eb4a05373218168c984ce (MD5) Previous issue date: 2011 / A paracoccidioidomicose constitui um importante problema de saúde pública na América Latina. No Brasil, essa doença é menos freqüente nas regiões Norte e Nordeste, predominando as áreas endêmicas na região Sudeste. Apesar das condições fisiográficas da região Norte favorecerem o desenvolvimento do Paracoccidioides brasiliensis, mesmo assim, os relatos de casos são escassos. Talvez, isto deva-se ao fato da pouca consideração sobre as micoses profundas entre os diagnósticos diferenciais das condições clínicas crônicas, justificadas no fato de que a região não é considerada endêmica. Com o objetivo de descrever a prevalência da paracoccidioidomicose em cinco cidades do Estado do Acre, foi realizado estudo transversal em base populacional, por meio de inquérito com a intradermorreação à paracoccidioidina. A leitura do teste intradérmico foi realizada com 24 e 48 horas, sendo considerados reatores as pessoas com endurações de 5 ou mais milímetros de diâmetro. Foram estudadas 439 pessoas e os índices de paracoccidioidomicose-infecção na leitura de 48 horas foi de 41,2%. Os achados deste estudo indicam que o P. brasiliensis causa infecção em considerável número de pessoas na área estudada e, portanto, futuros estudos clínico-epidemiológicos e micológicos devem melhor esclarecer a história natural da micose nessa região. / Paracoccidioidomycosis constitutes an important public health problem in Latin America. In Brazil, this disease is less frequent in North and Northeast regions, predominating the endemic areas in the Southeast. Despite the physiographic conditions of the North region favoring the development of Paracoccidioides brasiliensis, even so, the case reports are scarce. Perhaps this is due to the little consideration of deep mycoses about the differential diagnosis of chronic medical conditions, justified by the fact that the region is not considered endemic. With the objective of describing the prevalence of paracoccidioidomycosis in five cities of Acre, a cross-sectional population-based study was conducted, through a survey with the paracoccidioidin intradermal. The reading of the intradermal test was performed within 24 and 48 hours, being considered reactors the people with hardened areas of 5mm or more in diameter. Four hundred thirty-nine (439) people were studied and paracoccidiodomycosis-infection in the 48-hour reading was 41.2%. The findings of this study indicate that P. brasiliensis infection causes a considerable number of people in the study area to get infected, and therefore future clinical-epidemiological and mycological studies should better clarify the natural history of mycosis in this region.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-10T16:23:32Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_DoadoresSanguePositivos.pdf: 647927 bytes, checksum: 7b2ce52c87dd5a9dab1a4a092bf1b080 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-02-13T13:38:16Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_DoadoresSanguePositivos.pdf: 647927 bytes, checksum: 7b2ce52c87dd5a9dab1a4a092bf1b080 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-13T13:38:16Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_DoadoresSanguePositivos.pdf: 647927 bytes, checksum: 7b2ce52c87dd5a9dab1a4a092bf1b080 (MD5) Previous issue date: 2011 / O presente estudo, de que participaram 77.893 doadores de sangue que compareceram por primeira vez ao Hemocentro do Acre, de janeiro de 1997 a dezembro de 2008, teve por objetivos: 1) identificar indivíduos com sorologia positiva para doença de Chagas; 2) caracterizar, clinicamente, os indivíduos com sorologia positiva para doença de Chagas e 3) orientar adequadamente indivíduos com sorologia positiva quanto à terapêutica preconizada. A amostra se constituiu de 91,6% de pacientes do sexo masculino, com uma média de idade em torno de 47 anos, todos residentes do Estado do Acre. A triagem sorológica foi realizada com a aplicação do teste ELISA, com 102 resultados positivos; destes, doze foram incluídos no estudo e submetidos a testes confirmatórios, dos quais onze tiveram o resultado positivo confirmado. Segundo a avaliação de exames complementares realizados (ECG, ecocardiograma e endoscopia digestiva alta), um doador apresentava a forma cardíaca instalada e os demais a forma indeterminada da doença. É preciso oferecer o exame confirmatório da doença de Chagas na rotina dos bancos de sangue como forma de garantir o encaminhamento oportuno a uma assistência médica qualificada àquele doador de sangue que se tornou paciente chagásico. / This study, which involved 77,893 blood donors who attended for the first time the Blood Center of Acre, from January 1997 to December 2008, aimed to: 1) to identify individuals with positive serology for Chagas disease, 2) characterize clinically, individuals with positive serology for Chagas' disease and 3) properly orient individuals serologically positive for therapy advocated. The sample consisted of 91.6% of male patients, with an average age around 47, all residents of the state of Acre. Serological screening was performed with the application of the ELISA positive results with 102 of these, 12 were included and subjected to confirmatory testing, of whom 11 had confirmed the positive result. According to the evaluation of complementary exams (ECG, echocardiography and endoscopy), a donor had installed the cardiac and the other an indeterminate form of the disease. You must provide the confirmatory test for Chagas disease in the routine of blood banks in order to ensure timely referral to a qualified medical assistance to that blood donor who became Chagas’ patients.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-07T16:20:40Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoTesteAglutinacao.pdf: 1885858 bytes, checksum: cb62c37788b948803bf5e0ecbafe06ea (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-01T16:51:41Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_AvaliacaoTesteAglutinacao.pdf: 1885858 bytes, checksum: cb62c37788b948803bf5e0ecbafe06ea (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-01T16:51:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_AvaliacaoTesteAglutinacao.pdf: 1885858 bytes, checksum: cb62c37788b948803bf5e0ecbafe06ea (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2009 / Paracoccidioidomicose (PCM), uma micose sistêmica granulomatosa causada pelo fungo dimórfico Paracoccidioides brasiliensis, é endêmica na América do Sul. Conídios provavelmente agem como propágulos infectantes e são inalados para os pulmões, onde ocorre a transformação à forma leveduriforme patogênica. Duas principais formas clínicas são consideradas: a forma aguda ou subaguda (tipo juvenil) e a forma crônica (tipo adulto). O diagnóstico definitivo da PCM inclui a observação direta da levedura multibrotante característica em fluidos biológicos e secções teciduais ou isolamento do fungo de materiais clínicos. Na PCM, testes sorológicos, além de auxílio diagnóstico, têm a função de acompanhamento durante e pós-tratamento. Portanto, a técnica utilizada precisa aliar sensibilidade e especificidade, para que o valor preditivo seja máximo e reprodutível. O propósito deste estudo foi avaliar um teste de aglutinação com látex (LA) para detectar anticorpos anti-P.brasiliensis contra antígeno bruto do fungo. Cinqüenta e uma (51) amostras de soro de pacientes com PCM foram testadas. Positividade foi observada em 84,31% (43/51), cujos padrões de aglutinação variaram de 1+ a 4+. Reatividade dessas amostras foi verificada em títulos variando entre 1:2 e 1:64. Reatividade cruzada foi observada com outras doenças fúngicas (aspergilose e histoplasmose), e com doenças não fúngicas. Amostras de soro humano normal não foram reativas. A sensibilidade, especificidade e valores preditivos, positivo e negativo, produzidos pelo teste LA foram 84,31%, 81,05%, 70,49% e 90,59%, respectivamente. Em conclusão, estes resultados mostram que o teste LA é instrumento útil no sorodiagnóstico da PCM, além de vantagens como baixo custo e rápida execução, a despeito de outros testes, tais como ID e Western blotting. / Paracoccidioidomycosis (PCM), a granulomatous sistemic mycosis caused by dimorphic fungus Paracoccidioides brasiliensis, is endemic in South America. Conidia probably act as the infectious propagules and are inhaled into the lungs where transformation to the pathogenic yeast form occurs. Two main clinical forms are considered: the acute or subacute form (juvenile type) and the chronic form (adult type). A definitive diagnosis of PCM includes direct observation of the characteristic multiple budding yeast in biological fluids and tissue sections or isolation of the fungus from clinical materials. In PCM, serologic tests beside aiding the diagnosis has a monitoring function during and after treatment. Therefore, the technique used needs to ally sensitivity and specificity, in order that the predictive value is maximized and reproducible. The purpose of this study was the evaluation of a latex agglutination (LA) test for detecting anti-P. brasiliensis antibodies by the using of crude antigen from fungus. Fifty-one (51) samples of serum of patients with PCM were tested. Positivity was observed in 84,31% (43/51), whose standards of agglutination varied from 1+ to 4+. Reactivity of these samples was checked in titles varying between 1:2 and 1:64. Crossed reactivity was observed by other fungal diseases (aspergillosis and histoplasmosis), and by diseases not caused by fungi. Samples of human normal serum were not reactive. Use of the LA test permitted the detection of more than 80% of 51 proven PCM cases. The sensitivity, specificity, and positive and negative predictives values were 84,31%, 81,05%, 70,49% and 90,59%, respectively. In conclusion, this results showed that the LA test is a useful tool in serodiagnosis for PCM, beyond of advantages as lower cost and performance when compared to other tests such as ID and Western blotting.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-11T16:43:01Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_InvestigacaoPolimorfismosGenes.pdf: 2189382 bytes, checksum: c2c98617b43c03be9d1706ad6571449a (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-03T15:40:43Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_InvestigacaoPolimorfismosGenes.pdf: 2189382 bytes, checksum: c2c98617b43c03be9d1706ad6571449a (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-03T15:40:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_InvestigacaoPolimorfismosGenes.pdf: 2189382 bytes, checksum: c2c98617b43c03be9d1706ad6571449a (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2009 / No presente estudo foram investigadas as freqüências dos polimorfismos nos genes FAS e FASL em um grupo de 198 indivíduos soropositivos para o HIV-1 e 191 indivíduos controles soronegativos, com o objetivo de avaliar a ocorrência de uma possível associação entre os polimorfismos nestes genes e a infecção pelo HIV-1. A identificação dos alelos A e G do polimorfismo -670 FAS foi realizada por meio da técnica de PCR, utilizando seqüências de iniciadores específicos e posterior digestão enzimática (RFLP) com a enzima MvaI. A identificação dos alelos A e G do polimorfismo -124 FASL, bem como T e delT do polimorfismo -169 FASL foi realizada através da técnica de ACRS, seguido de RFLP com as endonucleases de restrição FokI e HincII, respectivamente. As análises das freqüências alélicas e genotípicas dos polimorfismos analisados não mostraram qualquer diferença significativa entre soropositivos e soronegativos. A análise da quantificação dos linfócitos T CD4⁺ entre os portadores dos diferentes genótipos do polimorfismo -670 FAS revelou uma associação significativa, sugerindo que o estado de portador do alelo G, em homo ou heterozigose, nos indivíduos infectados pelo HIV-1 pode ser um fator de proteção à depleção destas células no curso da infecção pelo HIV-1. As associações entre o número de linfócitos TCD8⁺, a carga viral plasmática e os polimorfismos analisados não foram estatisticamente significantes. Desse modo, pode-se sugerir, que o polimorfismo -670 do gene FAS, influencie na apoptose dos linfócitos T CD4⁺ no curso da infecção pelo HIV-1, assim, faz-se necessário estudos adicionais visando confirmar ou não esta associação, uma vez que a identificação desse polimorfismo pode ser, no futuro, uma importante ferramenta a ser utilizada no acompanhamento da infecção. / The present study investigated the frequency of the polymorphisms in the FAS and FASL gene in a sample of 198 HIV-1 seropositives individuals and 191 healthy control individuals, in order to evaluate the occurrence of a possible association between the polymorphisms and HIV-1 infection. The A and G alleles identification of the -670 FAS polymorphism was performed through a PCR followed by restriction endonucleases analyses (RFLP), with the enzyme MvaI. The identification of A and G alleles of -124 FASL polymorphism, T and delT of the -169 FASL polymorphism was performed using ACRS assay, followed by RFLP with the restriction endonucleases FokI and HincII, respectively. The analysis of allele and genotype frequencies of polymorphisms examined did not show any differences between seropositives and seronegatives individuals. The analysis of the quantification of CD4⁺ T lymphocytes from individuals with different genotypes of -670 FAS polymorphism showed a significant association, suggesting that the state of carrier of the G allele in homo or heterozygosity in HIV-1 individuals infected may be a protection factor from depletion of these cells in the course of HIV-1 infection. Associations between the FAS and FASL genes polymorphisms and the number of CD8⁺ T-cells and plasma viral load were not statistically significant. These findings suggest that the -670 FAS gene polymorphism, influences the apoptosis of CD4⁺ T lymphocytes in the course of HIV-1 infection, thus it is necessary further studies to confirm or not this association since that the identification of this polymorphism may be in the future, an important tool to be used in monitoring the infection.