Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 2001. / Vita. Includes bibliographical references (leaves 103-117).

Thesis (Ph.D.)--Columbia University, 2005 / Printed on demand. Includes bibliographical references (p. 114-127).

Retrovírus endógenos (ERVs) são vírus que infectaram células germinativas e proliferaram no genoma do hospedeiro. A família K está integrada apenas no genoma de primatas do Velho Mundo. Os ERVs promovem alterações estruturais nos genomas hospedeiros, sendo fundamentais para a sua evolução. Esse trabalho teve como objetivo realizar uma investigação da distribuição e dinâmica evolutiva de ERV-K nos diferentes hospedeiros. Foram identificados 58 ERV-K em humanos, 38 em chimpanzés, 35 em orangotangos e 19 em macaco rhesus. Análises filogenéticas evidenciaram dois grupos principais, Grupo O/N, que compreende os provirus mais antigos e os mais recentes, e Grupo I, com provirus com tempo de integração intermediário. A dinâmica de espalhamento de ERV-K diferiu entre os hospedeiros. A fixação e eliminação dos ERV-K é resultado de fatores demográficos e populacionais, como gargalos de garrafa e expansões sofridas ao longo da evolução. Análises de quais provírus são ativos em pacientes com HIV e com cancer demonstrou que distintos ERVs são transativados, sugerindo alguma consequencia biológica para o hospedeiro. Além disso, a atividade dos ERVs não depende exclusivamente do tempo de integração, mas sim da integridade de regiões específicas contidas na LTR. / Endogenous retroviruses (ERVs) are remains of ancient viral infection in the germ line cells and subsequent vertical transmission. The K family are integrated only in humans and the Old World monkeys. ERVs play a fundamental role on genome evolution and foster variability. The aim of this work was to investigate their distribution and evolutionary dynamics in primate hosts. We found 55 ERV-K genomes in the human genome, 38 in chimpanzee, 35 in orangutan and 19 in Rhesus monkey. Two main groups were recovered by phylogenetic inference, Group O/N, comprising the newest and the oldest proviruses and, Group I, enclosing those with intermediate integration time. Although the primary integration took place in the ancestral lineage of all primates investigated, their evolutionary dynamic was different among them. I propose that ERV-K dynamics depends on the host demography experienced throughout their evolution. This work also investigated the putative source of proviral transcripts detected in HIV carries and cancer patients. The differential expression found under these conditions suggested a biological role of the ERV-K overexpression. Finally, the results showed that the ERV-K overexpression depends on the integrity of specific promoters in their LTR.

Introdução: A esclerose múltipla (EM) é uma doença inflamatória autoimune desmielinizante. Diversos estudos evidenciaram a forte associação entre a EM e a expressão do retrovírus endógeno da família W (HERV-W) e do Epstein Barr Vírus (EBV), sem definir seu real papel no desenvolvimento da doença. Objetivo: Investigar a presença de anticorpos anti EBV e a expressão de HERV-W em pacientes com EM e avaliar a correlação entre a atividade clínica e imagiológica da EM com a avaliação quantitativa do HERV-W e EBV. Métodos: Realizamos avaliações clínicas e de ressonância magnética (RM) por 36 meses de 36 pacientes com EM e a comparamos com a análise quantitativa longitudinal do PCR em tempo real do RNA do HERV-W em PBMC e uma análise transversal por ELISA do anti VCA IgG e IgM de EBV. Foram utilizados dois grupos controles sendo o primeiro com 30 indíviduos saudáveis e o segundo com 26 pacientes com outras doenças neurológicas (ODN) para comparação com os títulos de HERV-W e anti- EBV. Resultados: A dosagem do IgG EBV foi estatisticamente maior no grupo EM quando comparado ao grupo controle saudável (p = 0,024) e a expressão de HERV-W foi estatisticamente maior tanto no grupo EM (p = 0,001) como no grupo ODN (p = 0,022) quando comparados com os controles saudáveis nos grupos de pacientes. Nenhuma sorologia IgM do EBV foi positiva. A avaliação longitudinal da expressão relativa do HERV-W não apresentou correlação com nenhum dos parâmetros clínicos ou imagiológicos de avaliação da EM sendo eles: tipo de EM; medicamento em uso; EDSS; taxa anualizada de surtos; novas lesões em T2/FLAIR pela RM; lesões captando gadolíneo pela RM. Conclusão: Existe uma expressão relativa de HERV-W aumentada em pacientes com EM e em ODN quando comparados com controles saudáveis. Os pacientes com EM apresentam valores superiores de anticorpos IgG anti- EBV. Não encontramos nenhuma correlação na avaliação longitudinal entre a atividade clínica e imagiológica de pacientes com EM e a avaliação quantitativa do HERV-W e do anticorpo anti-EBV. / Introduction: Multiple sclerosis (MS) is a demyelinating autoimmune inflammatory disease. Several studies have demonstrated the strong association between MS and the expression of endogenous retrovirus W (HERV-W) and Epstein Barr Virus (EBV), without defining its true role in the development of the disease. Objective: To investigate the presence of anti-EBV antibodies and HERV-W expression in MS patients and to evaluate the correlation between the clinical and imaging activity of MS with the quantitative evaluation of HERV-W and EBV. Method: We performed clinical and magnetic resonance imaging (MRI) evaluations for 36 months of 36 MS patients and compared it with the longitudinal quantitative real-time PCR analysis of HERV-W RNA in PBMC and a cross-sectional analysis by anti-VCA IgG and EBV IgM ELISA. Two control groups were used, the first with 30 healthy subjects and the second with 26 patients with other neurological diseases (OND) for comparison with HERV-W and anti-EBV titers. Results: IgG EBV was statistically higher in the MS group when compared to the healthy control group (p = 0.024). HERV-W expression was statistically higher in the MS group (p = 0.001) and the OND group (p = 0.022) when compared to healthy controls. No IgM EBV serology was positive. The longitudinal evaluation of the relative expression of HERV-W did not present any correlation with the clinical or MRI of the MS group following parameters: type of MS; medication in use; EDSS; annualized rate of relapses; new MRI T2/FLAIR lesions; MRI gadolinium enhancing lesions. Conclusion: There is a relative increased HERV-W expression in patients with MS and in OND when compared with healthy controls. Patients with MS have higher values of anti-EBV IgG antibodies. We found no correlation in the longitudinal evaluation between the clinical and imaging.

Introdução: A esclerose múltipla (EM) é uma doença inflamatória autoimune desmielinizante. Diversos estudos evidenciaram a forte associação entre a EM e a expressão do retrovírus endógeno da família W (HERV-W) e do Epstein Barr Vírus (EBV), sem definir seu real papel no desenvolvimento da doença. Objetivo: Investigar a presença de anticorpos anti EBV e a expressão de HERV-W em pacientes com EM e avaliar a correlação entre a atividade clínica e imagiológica da EM com a avaliação quantitativa do HERV-W e EBV. Métodos: Realizamos avaliações clínicas e de ressonância magnética (RM) por 36 meses de 36 pacientes com EM e a comparamos com a análise quantitativa longitudinal do PCR em tempo real do RNA do HERV-W em PBMC e uma análise transversal por ELISA do anti VCA IgG e IgM de EBV. Foram utilizados dois grupos controles sendo o primeiro com 30 indíviduos saudáveis e o segundo com 26 pacientes com outras doenças neurológicas (ODN) para comparação com os títulos de HERV-W e anti- EBV. Resultados: A dosagem do IgG EBV foi estatisticamente maior no grupo EM quando comparado ao grupo controle saudável (p = 0,024) e a expressão de HERV-W foi estatisticamente maior tanto no grupo EM (p = 0,001) como no grupo ODN (p = 0,022) quando comparados com os controles saudáveis nos grupos de pacientes. Nenhuma sorologia IgM do EBV foi positiva. A avaliação longitudinal da expressão relativa do HERV-W não apresentou correlação com nenhum dos parâmetros clínicos ou imagiológicos de avaliação da EM sendo eles: tipo de EM; medicamento em uso; EDSS; taxa anualizada de surtos; novas lesões em T2/FLAIR pela RM; lesões captando gadolíneo pela RM. Conclusão: Existe uma expressão relativa de HERV-W aumentada em pacientes com EM e em ODN quando comparados com controles saudáveis. Os pacientes com EM apresentam valores superiores de anticorpos IgG anti- EBV. Não encontramos nenhuma correlação na avaliação longitudinal entre a atividade clínica e imagiológica de pacientes com EM e a avaliação quantitativa do HERV-W e do anticorpo anti-EBV. / Introduction: Multiple sclerosis (MS) is a demyelinating autoimmune inflammatory disease. Several studies have demonstrated the strong association between MS and the expression of endogenous retrovirus W (HERV-W) and Epstein Barr Virus (EBV), without defining its true role in the development of the disease. Objective: To investigate the presence of anti-EBV antibodies and HERV-W expression in MS patients and to evaluate the correlation between the clinical and imaging activity of MS with the quantitative evaluation of HERV-W and EBV. Method: We performed clinical and magnetic resonance imaging (MRI) evaluations for 36 months of 36 MS patients and compared it with the longitudinal quantitative real-time PCR analysis of HERV-W RNA in PBMC and a cross-sectional analysis by anti-VCA IgG and EBV IgM ELISA. Two control groups were used, the first with 30 healthy subjects and the second with 26 patients with other neurological diseases (OND) for comparison with HERV-W and anti-EBV titers. Results: IgG EBV was statistically higher in the MS group when compared to the healthy control group (p = 0.024). HERV-W expression was statistically higher in the MS group (p = 0.001) and the OND group (p = 0.022) when compared to healthy controls. No IgM EBV serology was positive. The longitudinal evaluation of the relative expression of HERV-W did not present any correlation with the clinical or MRI of the MS group following parameters: type of MS; medication in use; EDSS; annualized rate of relapses; new MRI T2/FLAIR lesions; MRI gadolinium enhancing lesions. Conclusion: There is a relative increased HERV-W expression in patients with MS and in OND when compared with healthy controls. Patients with MS have higher values of anti-EBV IgG antibodies. We found no correlation in the longitudinal evaluation between the clinical and imaging.

Retrovírus endógenos (ERVs) são vírus que infectaram células germinativas e proliferaram no genoma do hospedeiro. A família K está integrada apenas no genoma de primatas do Velho Mundo. Os ERVs promovem alterações estruturais nos genomas hospedeiros, sendo fundamentais para a sua evolução. Esse trabalho teve como objetivo realizar uma investigação da distribuição e dinâmica evolutiva de ERV-K nos diferentes hospedeiros. Foram identificados 58 ERV-K em humanos, 38 em chimpanzés, 35 em orangotangos e 19 em macaco rhesus. Análises filogenéticas evidenciaram dois grupos principais, Grupo O/N, que compreende os provirus mais antigos e os mais recentes, e Grupo I, com provirus com tempo de integração intermediário. A dinâmica de espalhamento de ERV-K diferiu entre os hospedeiros. A fixação e eliminação dos ERV-K é resultado de fatores demográficos e populacionais, como gargalos de garrafa e expansões sofridas ao longo da evolução. Análises de quais provírus são ativos em pacientes com HIV e com cancer demonstrou que distintos ERVs são transativados, sugerindo alguma consequencia biológica para o hospedeiro. Além disso, a atividade dos ERVs não depende exclusivamente do tempo de integração, mas sim da integridade de regiões específicas contidas na LTR. / Endogenous retroviruses (ERVs) are remains of ancient viral infection in the germ line cells and subsequent vertical transmission. The K family are integrated only in humans and the Old World monkeys. ERVs play a fundamental role on genome evolution and foster variability. The aim of this work was to investigate their distribution and evolutionary dynamics in primate hosts. We found 55 ERV-K genomes in the human genome, 38 in chimpanzee, 35 in orangutan and 19 in Rhesus monkey. Two main groups were recovered by phylogenetic inference, Group O/N, comprising the newest and the oldest proviruses and, Group I, enclosing those with intermediate integration time. Although the primary integration took place in the ancestral lineage of all primates investigated, their evolutionary dynamic was different among them. I propose that ERV-K dynamics depends on the host demography experienced throughout their evolution. This work also investigated the putative source of proviral transcripts detected in HIV carries and cancer patients. The differential expression found under these conditions suggested a biological role of the ERV-K overexpression. Finally, the results showed that the ERV-K overexpression depends on the integrity of specific promoters in their LTR.

Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 1996. / Vita. Includes bibliographical references (leaves [92]-111).

No description available.

Thesis (M.Public Health) -- University of the Western Cape, 2008. / Includes bibliographic references (leaves 47-67).

Thesis (doctoral)--Lund University, 1996. / Added t.p. with thesis statement inserted.