Submitted by Priscila Nascimento (pnascimento@icict.fiocruz.br) on 2013-03-22T18:57:42Z
No. of bitstreams: 1
Bruno_Gabriel_N_Andrade.pdf: 1653673 bytes, checksum: 187a641b69c50d36212eb943747940e5 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-03-22T18:57:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1
Bruno_Gabriel_N_Andrade.pdf: 1653673 bytes, checksum: 187a641b69c50d36212eb943747940e5 (MD5)
Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / As Metallo-β-Lactamases (Mβls) são uma família de enzimas cuja importância clínica reside
na sua capacidade de hidrolisar praticamente todos os antibióticos da classe dos β-Lactâmicos,
incluindo as carbapenemas, que são os compostos mais poderosos utilizados atualmente, a única
exceção são os monobactâmicos. Estas enzimas são classificadas em três subclasses, B1, B2 e B3,
com base nas suas identidades em nível de sequência e perfil de atividade. As enzimas das
subclasses B1 e B3, caracterizam-se por ter amplo espectro de ação enquanto que, as da subclasse
B2, são carbapenemases estritas. O conjunto de genes associados à resistência das bactérias aos
antimicrobianos, presentes em um determinado ambiente, é conhecido como “Resistoma”.
Evidências caracterizam a microbiota de ambientes naturais como fonte e/ou reservatório destes
genes e o resistoma ambiental como reservatório original das Mβls. Nosso estudo tem como
objetivo buscar em projetos de metagenomas marinhos públicos evidências da existência de um
resistoma neste bioma. Buscamos, in silico, por Mβls putativas similares àquelas encontradas em
bactérias presentes em ambientes clínicos. Os projetos de metagenomas marinhos públicos foram
obtidos no banco de armazenamento do Cyberinfrastructure for Advanced Microbial Research
(CAMERA), buscas por Metallo-β-Lactamases foram feitas com o software HMMer V3,
empregando um limiar de similaridade baseado em um e-value de 10-20, utilizando os alelos de
Metallo-β-Lactamases conhecidos para a construção de perfis HMM, empregados como sondas.
Para determinar a relação com as Metallo-β-Lactamases clínicas, uma segunda busca foi feita com
os resultados do HMMer contra o banco de dados de proteínas não redundantes (NR) utilizando o
programa Blastp do pacote Blast+. Motivos conservados característicos das Mβls foram
identificados visualmente para a eliminação de falsos positivos, análises filogenéticas foram feitas
utilizando o programa MEGA v5. Identificamos, em sítios de vários oceanos e mares, sequências
apresentando Mβls putativas, apresentando similaridade de sequência estatisticamente relevante
com Mβls clínicas, como: VIM, CFIA, BLAB, SPM, CPHA, GOB, L1, FEZ1 e CAU-1. Algumas
destas Mβls putativas apresentaram identidade de sequência com suas similares clínicas, as Mβls
VIM e SPM. Nossa análise mostrou que a Mβl GOB apresenta uma grande abundância e dispersão.
Assim, apresentamos as primeiras evidências da existência de um resistoma marinho, caracterizado
pela presença de sequências das três subclasses de Mβls e com ampla distribuição pelo meio
marinho. / The Metallo-β-lactamases (Mβls) are a family of enzymes with high impact in the clinic due
to their ability to hydrolyze virtually all antibiotics belonging to the β-lactams group, excluding the
monobactams. These enzymes are classified into three subclasses, B1, B2 and B3, based on their
sequence similarity and the activity profile. The enzymes from subclass B1 and B3 present a broad
spectrum of activity and the subclass B2 are strict carbapenemases. The set of genes associated with
bacteria antimicrobial resistance present in an environment is known as “Resistome”. Studies have
presented evidences characterizing the microbiota of natural environments as the source and/or
reservoir of resistance genes and the environmental resistome as the original reservoir of Mβls. Our
study aims to search publicly available marine metagenome projects for evidences of a marine
resistome. We performed an in silico analysis to reveal putative Mβls that are similar to those found
in the clinical setting. The marine metagenomic were downloaded from the Cyberinfrastructure for
Advanced Microbial Research (CAMERA), and screened for Metallo-β-lactamases with the
HMMer V3 software, with similarity threshold of an e-value of 10-20, using the known Metallo-β-
lactamases alleles to build HMM profiles, and used them as queries. In order to determine the
relationship between these two groups, the results were queried against the NCBI non-redundant
protein database using the Blastp software with the same e-value cutoff. The Mβl motifs were
visually identified to eliminate false positives, and phylogenetic analysis were made using the
MEGA v5 software. Putative sequences showing identity with clinical Mβls, such as: VIM, CFIA,
BLAB, SPM, CPHA, GOB, L1, FEZ1 and CAU-1 were found in samples from distinct oceans. Our
analysis showed that the Mβl GOB is variable and dispersed in various sites of the oceans. Thus, we
could map and bring evidences of the marine resistome based on the presence of the three
subclasses of Mβls distributed in the ocean.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:www.arca.fiocruz.br:icict/6403 |
| Date | January 2012 |
| Creators | Andrade, Bruno Gabriel Nascimento |
| Contributors | Dávila, Alberto M. R., Catanho, Marcos, Cury, Juliano C., Thompson, Cristiane C., Bruce, Thiago, Vicente, Ana Carolina Paulo |
| Publisher | Instituto Oswaldo Cruz. |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ, instname:Fundação Oswaldo Cruz, instacron:FIOCRUZ |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
Page generated in 0.0034 seconds