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Approches génomiques pour optimiser la sélection et l'utilisation de souches bactériennes texturantes dans le yogourt

Thèse ou mémoire avec insertion d'articles. / Au Canada, la production de yogourt a connu une croissance importante au cours des dix dernières années, tout comme la demande pour des yogourts faibles en gras. Par ailleurs, l'intérêt pour les produits clean-label stimule l'industrie à innover et à réduire l'utilisation des additifs alimentaires, dont les agents texturants (gélatine, amidon, etc.). Ces changements représentent des défis conséquents en termes de contrôle de la texture, de la synérèse et de la sensation en bouche. Ils sont cependant nécessaires, puisqu'il y aurait 42 % plus de chance de vendre un yogourt clean-label. Un levier technologique permettant de conserver la texture des yogourts, tout en évitant l'utilisation d'additifs, consiste à incorporer des bactéries lactiques (BL) produisant naturellement des exopolysaccharides (EPS) texturants. Les EPS sont des polymères de glucidiques qui, en fonction de leur composition et de leur structure, sont en mesure d'interagir avec les constituants de la matrice du yogourt pour en moduler la texture. À partir de 537 génomes de BL, il a été possible de développer des outils de bio-informatique permettant de détecter et d'identifier les régions des génomes responsables de la formation des EPS chez les BL. Les analyses réalisées ont permis de regrouper les souches ayant des capacités fonctionnelles texturales comparables, sur la base des séquences responsables de la synthèse des EPS présentes dans leur génome. De nouvelles approches de biologie moléculaire (PCR quantitative et métabarcoding) ont également été mises au point afin de déterminer la biocompatibilité des souches avec le ferment commercial et permettent de suivre l'activité des souches productrices d'EPS pendant la production du yogourt. À terme, des essais futurs permettront de mettre en relation les propriétés texturales observées lors de la fabrication de yogourt et les déterminants génétiques identifiés dans les souches de BL. L'approche génomique développée permet de grandement accélérer le processus de sélection de souches d'intérêt et possède une grande flexibilité quant à son utilisation. / In Canada, both the overall yogurt production and the market for low-fat yogurt have grown remarkably in the last ten years. Meanwhile the consumer demand for clean-label products keeps growing. These demands drive industries to innovate and to limit the use of texturizing food additives in yogurts (gelatin, starch, etc.). These changes translate into huge challenges in terms of texture control, syneresis and mouthfeel. It is now essential as there is 42% more chance to sell a clean-label yogurt than a regular one. One technological lever to preserve the texture of yogurts while avoiding the use of food additives is to add lactic acid bacteria (LAB) that naturally produce exopolysaccharides (EPS). These molecules are carbohydrate polymers that can interact with constituents of the yogurt matrix. Therefore, depending on their composition and structure, they can modify the yogurt texture. Using a database of 537 LAB genomes, the development of genomic tools allowed us to detect and define genomic regions responsible for the EPS formation. It was then possible to cluster bacterial strains with the same textural potential based on their genome. Novel molecular biology methods (quantitative PCR and metabarcoding) were optimized to assess the biocompatibility of the strains with yogurt starters and to monitor the activity of EPS producing strains during yogurt production. At terms, future experiments will validate the textural properties related to the genetic. This genomic approach has the potential to speed up the selection process of promising strains and has a flexible usage.

Identiferoai:union.ndltd.org:LAVAL/oai:corpus.ulaval.ca:20.500.11794/127723
Date26 October 2023
CreatorsMessier, Thomas
ContributorsLabrie, Steve, Turgeon, Sylvie
Source SetsUniversité Laval
LanguageFrench
Detected LanguageFrench
TypeCOAR1_1::Texte::Thèse::Mémoire de maîtrise
Format1 ressource en ligne (xii, 91 pages), application/pdf

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