Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2009. / Bibliogr.: f. [110]-120. Publié aussi en version électronique dans la Collection Mémoires et thèses électroniques.

Thèse (Ph.D.)--Université Laval, 2008. / Bibliogr.: f. [150]-162. Publié aussi en version électronique dans la Collection Mémoires et thèses électroniques.

L'objectif de cette thèse consistait à analyser la biodiversité des bactériophages infectant Lactococcus lactis. Les bactériophages sont l'une des principales causes d'inhibition de plusieurs procédés de fermentation. L'entrée continuelle de virions via le lait cru et l'absence d'une méthode efficace d'inactivation complète des phages dans l'industrie laitière empêche leur élimination. L'étude de la biodiversité des phages et de leur évolution permettra une action ciblée et une gestion plus intelligente des stratégies anti-phages actuellement disponibles. Depuis quelques années, la classification courante des phages de lactocoques fait l'objet de critiques. Ainsi, les bactériophages de référence représentant les espèces reconnues dans la littérature ainsi que des phages dont l'espèce n'avait pu être identifiée par diverses méthodes ont été étudiés. Une nouvelle proposition de classification contenant dix espèces de phages de L. lactis dont deux nouvelles jamais décrites auparavant a été soumise. De plus, des modifications ont été apportées à la méthode de détection par PCR multiplex des trois espèces prédominantes de phages de L. lactis. La seconde partie du projet porte sur la biodiversité des phages de L. lactis dans une usine québécoise fabriquant du fromage Cheddar. Ainsi, 25 bactériophages de L lactis ont été isolés, classés dans l'une des espèces connues de phages de L. lactis et comparés par leur profil RFLP et leur spectre lytique. Dans la troisième section, l'isolement de huit phages de l'espèce 936 infectant des souches de lactocoques productrices d'exopolysaccharides (EPS) a démontré que les EPS ne représentent pas une barrière efficace contre les phages de cette espèce. Des modifications ont également été proposées pour la méthode de classification des souches EPS+ de L. lactis par analyse du polymorphisme de la taille des fragments de restriction (RFLP). Finalement, bien que l'espèce 936 soit la plus fréquemment rencontrée, uniquement deux séquences génomiques complètes étaient disponibles au début de ce projet. L'analyse de la séquence nucléotidique de trois génomes additionnels apporte de l'information supplémentaire sur la biodiversité des phages à l'intérieur d'une même espèce.

Au cours de la dernière décennie, la tendance « clean label » ou naturalité a été considérée comme tendance prédominante parmi les consommateurs. Les additifs alimentaires dans les yogourts sont utilisés pour conserver et améliorer les propriétés souhaitables comme la texture, la viscosité, la rétention d'eau et la sensation en bouche. L'utilisation des bactéries lactiques productrices d'exopolysaccharides pendant la fermentation suscite un intérêt technologique, car elles pourraient remplacer l'utilisation des additifs alimentaires dans les yogourts. Les différentes caractéristiques des exopolysaccharides déterminent leur capacité d'interaction avec les protéines dans le yogourt, et donc, leur capacité d'agir comme agents viscosifiants et stabilisants. Jusqu'à présent, aucune étude n'a été réalisée sur l'utilisation de cultures d'appoint productrices d'exopolysaccharides, de l'espèce Weissella cibaria, ajoutés en combinaison avec des ferments dans la production des yogourts. Ce travail avait pour but d'évaluer les propriétés rhéologiques des laits fermentés en utilisant des cultures d'appoint productrices d'exopolysaccharides en coopération avec des ferments commerciaux utilisées dans le yogourt. Du lait écrémé reconstitué avec deux concentrations de sucrose (0% et 2%) a été utilisé pour la fermentation. Deux ferments commerciaux (Yo-Mix 433 et YoFlex Premium 3.0) en combinaison avec deux souches de Weissella cibaria (Hani-535 et Hani-536) productrices d'exopolysaccharides ont été utilisés. Les souches de W. cibaria ont été aussi évaluées dans un système laitier acidifié chimiquement avec du glucono-delta-lactone. La cinétique de la diminution du pH, la mesure de caractère filant, le dénombrement bactérien, la consistance, la thixotropie et la synérèse du produit ont été évalués. Les résultats ont démontré que l'utilisation de W. cibaria comme cultures d'appoint productrices d'exopolysaccharides, dans les conditions choisies, n'ont pas permis d'améliorer la consistance ni le caractère filant du yogourt. Néanmoins, la culture d'appoint et les cultures commerciales n'ont pas eu d'effet inhibiteur, car la croissance des souches et le taux d'acidification n'ont pas été affectés. En plus, l'évaluation de la thixotropie du produit a démontré une différence significative dans les yogourts avec la culture d'appoint. Ce comportement a expliqué une meilleure récupération de la structure gélifiée après le cisaillement et une meilleure stabilité au cisaillement en comparaison avec les yogourts contrôles (sans la culture d'appoint) grâce une possible production d'exopolysaccharides. / Over the past decade, the "clean label" trend has raised popularity among consumers. The food additives in yogurts are used to maintain and improve the desirable properties such as texture, viscosity, water retention and mouthfeel. There is a technological interest in the use of exopolysaccharide-producing lactic acid bacteria during fermentation that could replace the use of food additives in yogurt. The different characteristics of exopolysaccharide determine their ability to interact with proteins in yogurt, and therefore, their ability to act as viscosifying and stabilizing. To our knowledge, no studies have been carried out on the use of adjunct cultures exopolysaccharide-producers, from the species Weissella cibaria, added in combination with commercial cultures in the production of yogurt. The aim of this work was to evaluate the rheological properties of fermented milks using exopolysaccharide-producing adjunct cultures in cooperation with commercial cultures used in yogurt. Reconstituted skim milks with two concentrations of sucrose (0% and 2%) were used for fermentation. Two commercial cultures (Yo-Mix 433 and YoFlex Premium 3.0) in combination with two exopolysaccharide-producing strains of Weissella cibaria (Hani-535 and Hani-536) were used. The W. cibaria strains were also evaluated in a dairy system chemically acidified with glucono-delta-lactone (GDL). The kinetics of decreasing pH, the ropiness measurement, the bacterial count, the consistency, the thixotropy, and the measurement of syneresis of the product were evaluated. The results showed that the use of exopolysaccharide-producing adjuncts of W. cibaria, under the selected conditions, were not able to improve the consistency or the ropiness of the yogurt. Nevertheless, the adjuncts and the commercial cultures did not have an inhibitory effect because the growth of the strains and the acidification rate were not affected. In addition, the evaluation of the thixotropy of the product showed a significant difference in yogurts with the adjunct culture. This behavior explained a better recovery of the gel structure after shearing and a better shear stability compared to control yogurts (without the adjunct culture) due to a possible production of exopolysaccharides.

Au cours de la dernière décennie, la tendance « clean label » ou naturalité a été considérée comme tendance prédominante parmi les consommateurs. Les additifs alimentaires dans les yogourts sont utilisés pour conserver et améliorer les propriétés souhaitables comme la texture, la viscosité, la rétention d'eau et la sensation en bouche. L'utilisation des bactéries lactiques productrices d'exopolysaccharides pendant la fermentation suscite un intérêt technologique, car elles pourraient remplacer l'utilisation des additifs alimentaires dans les yogourts. Les différentes caractéristiques des exopolysaccharides déterminent leur capacité d'interaction avec les protéines dans le yogourt, et donc, leur capacité d'agir comme agents viscosifiants et stabilisants. Jusqu'à présent, aucune étude n'a été réalisée sur l'utilisation de cultures d'appoint productrices d'exopolysaccharides, de l'espèce Weissella cibaria, ajoutés en combinaison avec des ferments dans la production des yogourts. Ce travail avait pour but d'évaluer les propriétés rhéologiques des laits fermentés en utilisant des cultures d'appoint productrices d'exopolysaccharides en coopération avec des ferments commerciaux utilisées dans le yogourt. Du lait écrémé reconstitué avec deux concentrations de sucrose (0% et 2%) a été utilisé pour la fermentation. Deux ferments commerciaux (Yo-Mix 433 et YoFlex Premium 3.0) en combinaison avec deux souches de Weissella cibaria (Hani-535 et Hani-536) productrices d'exopolysaccharides ont été utilisés. Les souches de W. cibaria ont été aussi évaluées dans un système laitier acidifié chimiquement avec du glucono-delta-lactone. La cinétique de la diminution du pH, la mesure de caractère filant, le dénombrement bactérien, la consistance, la thixotropie et la synérèse du produit ont été évalués. Les résultats ont démontré que l'utilisation de W. cibaria comme cultures d'appoint productrices d'exopolysaccharides, dans les conditions choisies, n'ont pas permis d'améliorer la consistance ni le caractère filant du yogourt. Néanmoins, la culture d'appoint et les cultures commerciales n'ont pas eu d'effet inhibiteur, car la croissance des souches et le taux d'acidification n'ont pas été affectés. En plus, l'évaluation de la thixotropie du produit a démontré une différence significative dans les yogourts avec la culture d'appoint. Ce comportement a expliqué une meilleure récupération de la structure gélifiée après le cisaillement et une meilleure stabilité au cisaillement en comparaison avec les yogourts contrôles (sans la culture d'appoint) grâce une possible production d'exopolysaccharides. / Over the past decade, the "clean label" trend has raised popularity among consumers. The food additives in yogurts are used to maintain and improve the desirable properties such as texture, viscosity, water retention and mouthfeel. There is a technological interest in the use of exopolysaccharide-producing lactic acid bacteria during fermentation that could replace the use of food additives in yogurt. The different characteristics of exopolysaccharide determine their ability to interact with proteins in yogurt, and therefore, their ability to act as viscosifying and stabilizing. To our knowledge, no studies have been carried out on the use of adjunct cultures exopolysaccharide-producers, from the species Weissella cibaria, added in combination with commercial cultures in the production of yogurt. The aim of this work was to evaluate the rheological properties of fermented milks using exopolysaccharide-producing adjunct cultures in cooperation with commercial cultures used in yogurt. Reconstituted skim milks with two concentrations of sucrose (0% and 2%) were used for fermentation. Two commercial cultures (Yo-Mix 433 and YoFlex Premium 3.0) in combination with two exopolysaccharide-producing strains of Weissella cibaria (Hani-535 and Hani-536) were used. The W. cibaria strains were also evaluated in a dairy system chemically acidified with glucono-delta-lactone (GDL). The kinetics of decreasing pH, the ropiness measurement, the bacterial count, the consistency, the thixotropy, and the measurement of syneresis of the product were evaluated. The results showed that the use of exopolysaccharide-producing adjuncts of W. cibaria, under the selected conditions, were not able to improve the consistency or the ropiness of the yogurt. Nevertheless, the adjuncts and the commercial cultures did not have an inhibitory effect because the growth of the strains and the acidification rate were not affected. In addition, the evaluation of the thixotropy of the product showed a significant difference in yogurts with the adjunct culture. This behavior explained a better recovery of the gel structure after shearing and a better shear stability compared to control yogurts (without the adjunct culture) due to a possible production of exopolysaccharides.

Les aliments fonctionnels renfermant des souches probiotiques de bifidobactéries sont conçus et intégrés à l'alimentation humaine afin de nous faire profiter de leurs effets bénéfiques. Pour l'instant, peu d'aliments probiotiques sont réalisés avec des souches de Bifidobacterium longum, une espèce endogène au microbiote intestinal chez l'enfant et l'adulte. Dans cette étude, trois méthodes moléculaires, dont une ciblant le génome et les deux autres le transcriptome, ont été élaborées et appliquées à B. longum CRC 002. Deux aspects technologiques, soit les mécanismes de protection des protéines dans un environnement acide et les mécanismes impliqués dans la production d'exopolysaccharides (EPS) de la souche CRC 002, ont été étudiés. Il en découle, dans un premier temps, que l'augmentation de la transcription du gène dnaK serait nécessaire pour la protection de B. longum. Dans un deuxième temps, un niveau de transcription élevé de la phosphoglycosyltransférase et des gènes impliqués dans la voie de Leloir expliquerait l'augmentation de la production d'EPS chez CRC 002. D'une meilleure compréhension de ces mécanismes, nous l'espérons, résultera le développement et l'utilisation adéquate des souches de B. longum dans les produits alimentaires

Thèse ou mémoire avec insertion d'articles. / Au Canada, la production de yogourt a connu une croissance importante au cours des dix dernières années, tout comme la demande pour des yogourts faibles en gras. Par ailleurs, l'intérêt pour les produits clean-label stimule l'industrie à innover et à réduire l'utilisation des additifs alimentaires, dont les agents texturants (gélatine, amidon, etc.). Ces changements représentent des défis conséquents en termes de contrôle de la texture, de la synérèse et de la sensation en bouche. Ils sont cependant nécessaires, puisqu'il y aurait 42 % plus de chance de vendre un yogourt clean-label. Un levier technologique permettant de conserver la texture des yogourts, tout en évitant l'utilisation d'additifs, consiste à incorporer des bactéries lactiques (BL) produisant naturellement des exopolysaccharides (EPS) texturants. Les EPS sont des polymères de glucidiques qui, en fonction de leur composition et de leur structure, sont en mesure d'interagir avec les constituants de la matrice du yogourt pour en moduler la texture. À partir de 537 génomes de BL, il a été possible de développer des outils de bio-informatique permettant de détecter et d'identifier les régions des génomes responsables de la formation des EPS chez les BL. Les analyses réalisées ont permis de regrouper les souches ayant des capacités fonctionnelles texturales comparables, sur la base des séquences responsables de la synthèse des EPS présentes dans leur génome. De nouvelles approches de biologie moléculaire (PCR quantitative et métabarcoding) ont également été mises au point afin de déterminer la biocompatibilité des souches avec le ferment commercial et permettent de suivre l'activité des souches productrices d'EPS pendant la production du yogourt. À terme, des essais futurs permettront de mettre en relation les propriétés texturales observées lors de la fabrication de yogourt et les déterminants génétiques identifiés dans les souches de BL. L'approche génomique développée permet de grandement accélérer le processus de sélection de souches d'intérêt et possède une grande flexibilité quant à son utilisation. / In Canada, both the overall yogurt production and the market for low-fat yogurt have grown remarkably in the last ten years. Meanwhile the consumer demand for clean-label products keeps growing. These demands drive industries to innovate and to limit the use of texturizing food additives in yogurts (gelatin, starch, etc.). These changes translate into huge challenges in terms of texture control, syneresis and mouthfeel. It is now essential as there is 42% more chance to sell a clean-label yogurt than a regular one. One technological lever to preserve the texture of yogurts while avoiding the use of food additives is to add lactic acid bacteria (LAB) that naturally produce exopolysaccharides (EPS). These molecules are carbohydrate polymers that can interact with constituents of the yogurt matrix. Therefore, depending on their composition and structure, they can modify the yogurt texture. Using a database of 537 LAB genomes, the development of genomic tools allowed us to detect and define genomic regions responsible for the EPS formation. It was then possible to cluster bacterial strains with the same textural potential based on their genome. Novel molecular biology methods (quantitative PCR and metabarcoding) were optimized to assess the biocompatibility of the strains with yogurt starters and to monitor the activity of EPS producing strains during yogurt production. At terms, future experiments will validate the textural properties related to the genetic. This genomic approach has the potential to speed up the selection process of promising strains and has a flexible usage.

Les bactéries productrices d’exopolysaccharides (EPS) sont utilisées dans la fabrication du yogourt pour améliorer la viscosité, la texture et la rétention d’eau. Ces améliorations sont plutôt reliées aux propriétés intrinsèques des EPS et à leurs interactions avec les protéines qu'à leurs quantités. Dans plusieurs pays, les polysaccharides commerciaux (PS) sont autorisés comme agents stabilisants dans le yogourt. Les interactions EPS-PS peuvent aussi influencer positivement ou négativement les propriétés finales des yogourts. Malgré plusieurs études réalisées, la relation structure-fonction des EPS particulièrement dans les systèmes avec stabilisants a été peu étudiée et n’est pas entièrement comprise. Même les études portant sur le rôle de certaines propriétés intrinsèques des EPS ont été effectuées dans un système ne contenant que l'EPS. Les effets des EPS dans un système contenant des PS commerciaux sont encore non étudiés et donc inconnus. Ainsi, cette étude a été menée dans le but de mieux comprendre les effets de certaines propriétés intrinsèques des EPS produits in situ seuls ou en présence des PS commerciaux sur les propriétés rhéologiques, physiques et microstructurales du yogourt. Les résultats de cette étude ont montré que la charge négative de l'EPS ou PS contribue à l'amélioration de la fermeté et de la viscosité du yogourt mais augmente la synérèse. La rigidité, la linéarité et le poids moléculaire d'un EPS ou PS ont augmenté nettement la viscosité. Concernant la synérèse, les EPS ou PS neutres et rigides ont permis une très bonne amélioration de la capacité de rétention d'eau du yogourt par rapport au contrôle. Les résultats des PS utilisés avec la souche produisant un EPS anionique, rigide et linéaire n'ont pas montré d'effets majeurs sur la fermeté et la viscosité tandis qu’une diminution de la synérèse a été observée avec la pectine seulement. Une amélioration de la fermeté et de la viscosité a été observée lorsque les PS ont été utilisés avec les souches produisant des EPS neutres. L'amélioration de la viscosité était notamment plus importante avec les PS rigides. Les résultats de cette thèse ont rapporté, pour la première fois, des effets intéressants de certaines propriétés intrinsèques des EPS et/ou PS aussi bien dans la formation du gel laitier que sur les propriétés finales du yogourt. Ces résultats offrent aussi aux industriels et chercheurs laitiers des prémisses permettant de choisir les souches EPS+ et/ou PS afin de corriger ou améliorer une ou plusieurs propriétés spécifiques du yogourt. / Lactic acid bacteria (LAB) producing exopolysaccharides (EPS) are widely used in yogurt to improve viscosity, texture and water retention capacity. These improvements were shown to be related to the intrinsic properties of EPS and their interactions with proteins rather than to their concentration. Additionally, in many countries, commercial PS are used as stabilizers in yogurt. The co-presence of in situ-produced EPS and PS could also positively or negatively influence the properties of yogurt. Up to now, the structure-function relationship of EPS has not been widely studied and is still poorly understood. This context is more challenging since all studies on the role of some intrinsic properties of EPS have been carried out in systems containing only EPS. The effects of EPS in a system containing commercial PS are still unknown. In this context this study was performed to understand the effects of some intrinsic properties of EPS produced in situ by lactic acid bacteria used alone or in the presence of commercial PS on the rheological (gel formation, firmness and viscosity), physical (syneresis) and microstructural properties of yogurt. The results obtained in this study showed that the negative charge of the PS or EPS contributed to both yogurt firmness and viscosity improvements but increased syneresis. The backbone stiffness and linearity as well as the molecular weight of PS or EPS increased yogurt viscosity. Moreover, the neutral and stiff EPS or PS were able to improve yogurt water retention capacity as compared to control. The use of PS with an anionic, rigid and linear EPS producing strain, did not show major effects on both yogurt firmness and viscosity. However, only pectin was able to improve water retention capacity. The addition of PS to yogurt fermented by neutral EPS-producing strains improved viscosity and firmness. The highest viscosity values were obtained with stiff PS. Results of this thesis reported for the first time interesting effects of some EPS and/or PS intrinsic properties in both gel formation and final yogurt properties. Such results would also help dairy manufacturers and researchers to choose the suitable EPS+ strain/PS combination to correct or improve specific properties of yogurt.

Les souches Lactobacillus rhamnosus RW-9595M et ATCC 9595 possèdent 17 cadres de lecture ouverts (ORF) identiques à 99 % identifiés comme gènes de biosynthèse putatifs des EPS. Par contre, les quantités produites diffèrent avec 543 mg l-1 pour RW-9595M et 108 mg l-1 pour ATCC 9595. La phosphorylation réversible a été proposée comme mécanisme pour réguler la polymérisation des EPS chez les bactéries lactiques. Parmi les protéines participant à la polymérisation, on propose la tyrosine kinase, la tyrosine phosphatase et la co-polymérase. Cette étude cherche à démontrer l’impact de la phosphorylation de ces protéines, surtout la co-polymérase (Wzd), sur le complexe de ces protéines chez L. rhamnosus. Afin de tester l’effet de la phosphorylation sur leurs interactions, Wzd (co-polymérase) et Wze (kinase) ont été exprimées chez L. lactis ou chez E. coli. Chez L. lactis ssp. cremoris, certaines combinaisons de gènes peuvent être associées à la production d'EPS in vivo. Chez E. coli, l'expression des gènes peut être contrôlée, permettant d'exprimer et de purifier des protéines dans le but d'effectuer l'étude de leurs interactions in vitro. Les clones de la souche L. lactis ssp. cremoris MG1363 (naturellement non productrice d’EPS) transformée avec l’opéron EPS de RW-9595M ou ATCC 9595 produisent respectivement 326 et 302 mg l-1, mais avec des rendements inférieurs à la production chez la souche d'origine RW-9595M. Lors des essais in vitro, Wzd et Wze ne s’autophosphorylent pas lorsqu'elles sont seules, mais ensemble elles forment un complexe. Le complexe entre ces deux protéines non phosphorylées permet la phosphorylation de Wzd par Wze en présence d’ATP. Wze est libérée par la déstabilisation de cette interaction suivant la phosphorylation. L’existence de Wzd phosphorylée et de l’ATP conduit à l’auto-phosphorylation de Wze par une interaction transitoire. De plus, l’activité de Wzd est modulée par la phosphorylation des tyrosines en permettant l’autophosphorylation de Wze. Or, la phosphorylation de Wzd peut être une étape de phosphorylation réversible pour la polymérisation des EPS. Cette étude contribue à la compréhension de la relation entre les caractéristiques et les fonctions biologiques des polymères d'EPS. / Lactobacillus rhamnosus RW-9595M and ATCC 9595 have 99 % identical 17 open reading frames (ORFs) identified as putative genes coding for EPS biosynthesis and both strains produce very different EPS amounts: 543 mg l-1 (RW-9595M) and 108 mg l-1 (ATCC 9595). Reversible phosphorylation has been proposed as a mechanism to regulate the polymerization of EPS in lactic acid bacteria and three proteins, tyrosine kinase, tyrosine phosphatase and co-polymerase are proposed to be responsible for this regulation. The aim of this project was to demonstrate the impact of the phosphorylation of these proteins, especially the co-polymerase (Wzd), on the protein complex for EPS polymerization in L. rhamnosus. To test the effect of phosphorylation on their interactions, Wzd and Wze were expressed in L. lactis subsp. cremoris and E. coli. In L. lactis subsp. cremoris, the presence of certain combinations of genes can be associated with EPS production yields. In E. coli, gene expression can be controled and the proteins purified in order to study their interactions and phosphorylation state in vitro. Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363, a non EPS-producing strain, was transformed with two recombinant plasmids coding for the genes required for EPS synthesis. These transformants with operons from either RW-9595M or ATCC 9595 produce 326 and 302 mg l-1 respectively, with lower yields than RW-9595M. The proteins encoded by wzd and wze are respectively the co-polymerase and the kinase which theoretically participate in determining the chain length of the EPS. These two proteins do not autophosphorylate when they are alone, but together form a complex. The non-phosphorylated complex of two proteins allows the phosphorylation of Wzd by Wze, in the presence of ATP. This phosphorylation destabilizes the protein interaction with Wze. The transient interaction with phosphorylated Wzd leads to autophosphorylation of Wze in the presence of ATP. In addition, the activity of Wzd is modulated by tyrosine phosphorylation allowing autophosphorylation of Wze. Thus, the phosphorylation of Wzd may be an additional step of reversible phosphorylation for polymerization of EPS. This study may help advance our understanding of the relationship between the characteristics and biological functions of these polymers.

Les EPS bactériens peuvent servir d' agents texturants dans l' industrie alimentaire et certaines propriétés santé leur sont proposées. Les séquences des gènes des opérons responsables de la biosynthèse des EPS de Lactobacillus rhamnosus RW-9595M, ATCC 9595, R et RW-6541M montrent très peu de différences, bien que la quantité d'EPS produite par ces souches soit différente (543, 108, 212 et 179 mg d'EPS/l, respectivement). Le but de ce projet est d'établir des liens entre la production d'EPS de ces souches et l'expression de différents gènes, lors de la croissance sur glucose. La technique de rétrotranscriptase-PCR quantitative (qR T -PCR) a été utilisée pour mesurer l'expression de gènes connus et impliqués dans la biosynthèse des EPS. Les 12 gènes ciblés sont associés à la synthèse des sucres précurseurs, à la polymérisation des unités répétitives ou sont des régulateurs de la transcription. La souche RW-9595M montre une surexpression de la des 12 gènes cibles en phase exponentielle de croissance, par rapport à la phase stationnaire, comparativement à la surexpression de seulement trois ou quatre gènes, dans les mêmes conditions, pour les souches ATCC 9595, R et RW-6541M. Ces résultats suggèrent que la quantité totale d'EPS produite par la souche RW-9595M (la plus productrice) est le reflet d'une plus grande activité trancriptionnelle de cette souche lors de la croissance logarithmique, ayant des effets potentiels sur l'activité métabolique durant cette phase. Les souches R et RW-6541M (productions d'EPS moyennes) ne montrent aucune différence d'expression significative des gènes ciblés entre elles. Aussi, dans les conditions utilisées, la souche ATCC 9595 semble moins efficace dans la production de biomasse, ce qui est réflété par sa faible production d'EPS. Afin de découvrir si d'autres différences transcriptionnelles entre les souches sont à l'origine de leurs productions d'EPS différentes, une méthode d'affichage différentiel (cDNA-AFLP), visant la comparaison de l'ensemble des transcriptomes, a également été explorée. Sur trois gènes ainsi ciblés, un seul a montré une différence réelle d'expression entre les souches RW-6541M et RW-9595M. En somme, il apparaît que les différences de production d'EPS entre les souches de L. rhamnosus seraient plutôt causées par des différences globales de transcription, et ainsi peut-être par d'autres différences de métabolisme, que par des différences d'expression des gènes des opérons EPS spécifiquement.