El objetivo general del presente trabajo de título es determinar el efecto de la
distribución de la hidrofobicidad en la superficie de las proteínas, en su comportamiento
en sistemas de dos fases acuosas (ATPS), mediante el uso de modelos matemáticos
para la descripción de esta distribución.
Para hacer esta descripción se utilizaron dos tipos de modelos matemáticos. El
primer tipo de modelos corresponde a estadísticas obtenidas a partir de mediciones
locales de la hidrofobicidad en la superficie de las proteínas. Estas mediciones se hicieron
definiendo vecindarios alrededor de cada aminoácido expuesto en la superficie. El
segundo tipo de modelos se define a partir del vector de desbalance hidrofóbico,
correspondiente a la desviación del centro geométrico de la superficie de las proteínas por
efecto de la hidrofobicidad.
Para estudiar la calidad de estos modelos, en términos de la predicción del
comportamiento de proteínas en ATPS, se correlacionaron los valores obtenidos en un set
de 8 proteínas con sus coeficientes de partición, en 12 sistemas distintos. Estos sistemas
corresponden a 3 sistemas del tipo polímero/sal: PEG4/Fosfato, PEG/Sulfato y
PEG/Citrato y un sistema PEG/Dextrano. Cada uno de ellos con concentraciones nula,
baja y alta de NaCl. La predicción de K se midió utilizando el error cuadrático medio de
Jack-Knife. Para estudiar la calidad de estas predicciones, los resultados generados se
compararon con los obtenidos utilizando la hidrofobicidad superficial promedio y con los
correspondientes a un modelo desarrollado previamente por Andrews et al., en el que se
correlacionó la hidrofobicidad de las proteínas, medida experimentalmente, con el
coeficiente K.
Las correlaciones obtenidas utilizando los distintos modelos fueron de muy buena
calidad. Los mejores resultados se obtuvieron con los modelos estadísticos donde en
promedio la correlación fue de 0,88. Además las predicciones, en su mayoría, fueron
superiores a las asociadas a los modelos de comparación.
Entre todos los modelos utilizados se seleccionó el correspondiente al descriptor
ASPavg como el más apto para la predicción de K, en términos de la influencia que tiene
la hidrofobicidad de las proteínas sobre este parámetro. ASPavg es un promedio de la
hidrofobicidad superficial local de las proteínas. La selección se hizo debido a la
preferencia del modelo por escalas de hidrofobicidad y al hecho que la resolución
hidrofóbica mantiene características reportadas anteriormente.
Se concluye que, mediante la metodología seguida en este trabajo, es posible
obtener una descripción de la distribución de la hidrofobicidad en la superficie de las
proteínas, que sea de utilidad para modelar su comportamiento en ATPS.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UCHILE/oai:repositorio.uchile.cl:2250/103095 |
| Date | January 2008 |
| Creators | Cortés Burgos, María Paz |
| Contributors | Salgado Herrera, José Cristián, Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas, Departamento de Ingeniería Química y Biotecnología, Andrews Farrow, Bárbara, Lienqueo Contreras, María Elena |
| Publisher | Universidad de Chile |
| Source Sets | Universidad de Chile |
| Language | Spanish |
| Detected Language | Spanish |
| Type | Tesis |
| Rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Chile, http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/cl/ |
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