Orientador: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Coorientador: Daniela Andressa Lino Lourenço / Coorientador: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Nedênia Bonvino Stafuzza / Banca: Rusbel Raul Aspilcueta Borquis / Resumo: A disponibilidade de painéis de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) a baixo custo tem viabilizado estudos genômicos em espécies de interesse econômico. Os objetivos do presente estudo foram conduzir análises de estruturação da população e assinaturas de seleção em duas populações de bovinos Gir selecionadas para diferentes critérios de seleção (corte ou leite); e investigar se a estimativa do efeito materno para característica medida na progênie apresenta maior acurácia com uso de "pool" de sêmen e informação genômica em diferentes cenários simulados de suínos. Análise de componentes principais (PCA) e Análise Discriminante de Componentes Principais (DAPC) foram utilizadas para verificar a estrutura da população nas populações Gir analisadas, e três métodos diferentes foram utilizados na detecção de assinaturas de seleção: índice de fixação (Fst), Escore de Integração dos Haplótipos (iHS) e Homozigose do Haplótipo Estendido Entre Populações (XP-EHH). Diferenciação genética entre as duas populações de bovinos foi observada nos resultados de PCA e DAPC. Um total de 282 genes foram identificados sob seleção, com base nos testes Fst, iHS e XP-EHH, dos quais 35 genes estão associados com QTL previamente descritos em bovinos. Os padrões de variação genética nos bovinos Gir foram consistentes com a presença de pressões seletivas em algum momento na história das populações de corte e leite. Estes resultados fornecem informações complementares sobre regiões genômicas de intere... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The availability of commercial SNP panels at a low cost has made it possible the application of genomic studies in domestic species. The aim of this study was to conduct population structure and signatures of selection analyzes in two populations of Gir cattle selected for different criteria (beef or dairy); and to investigate whether maternal direct effect for litter birth weight can be improved when pooled semen and genomic information are used in different simulated scenarios in pigs. Principal Component Analysis (PCA) and Discriminant Analysis of Principal Components (DAPC) were used to verify population structure in the studied Gir cattle populations, and three different methods were used to detect signatures of selection: fixation index (Fst), Integrated Haplotype Score (iHS), and Cross-Population Extend Haplotype Homozygosity (XP-EHH). Genetic differentiation between the two cattle populations was observed in the PCA and DAPC results. A total of 282 genes were identified under selection based on the Fst, iHS and XP-EHH tests, of which 35 genes are associated with QTL previously described in cattle. The patterns of genotypic variation in Gir cattle were consistent with the presence of selective pressures at some point in the history of the beef and dairy populations. These findings can provide complementary information on genomic regions of interest for functional genomic studies, genome-wide associations, and the implementation of breeding schemes aiming genetic improv... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UNESP/oai:www.athena.biblioteca.unesp.br:UEP01-000912672 |
| Date | January 2019 |
| Creators | Maiorano, Amanda Marchi. |
| Contributors | Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias. |
| Publisher | Jaboticabal, |
| Source Sets | Universidade Estadual Paulista |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | text |
| Format | 77 p. |
| Relation | Sistema requerido: Adobe Acrobat Reader |
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