Au cours des dernières anneés, la taxonomie bactérienne a subi de profonds changements mais peu de consensus existent quant à la description précise des procaryotes. La diversité des procaryotes a été estimeé à 107 espèces, et la classification actuelle contient plus de 12 900 espèces officiellement reconnues. Ceci souligne l'absence d'un répertoire des procaryotes isolés chez l'homme. Nous avons constitué ce répertoire qui contient 2 156 espèces différentes réparties en 12 phyla,Notre second travail est la caractérisation du microbiote digestif par 5 approches varieés (cytométrie de flux, coloration de gram, TEM, qPCR, pyroséquençage). Nous avons analysé 16 selles de patients en comparant le taux de procaryotes de type gram positif/négatif. La moitié des procaryotes de type gram négatif n'est pas détecté par le pyroséquençage,alors qu'ils sont décrits comme les constituants majeurs de ce microbiote d'après les 1ères études réaliseés utilisant la culture.Dans notre 3ème travail, nous avons voulu montrer que l'utilisation de la culture bactérienne n'est pas inférieure aux techniques de séquençage pour étudier la diversité du microbiote digestif. Au total, depuis 4 ans, 685 échantillons ont été analysés et plus de 500 000 colonies ont été identifieés par MALDI-TOF. Ce travail a permis d'augmenter de 77,5 % le nombre d'espèces identifieés dans le tube digestif. Les nouvelles espèces sont décrites suivant le concept « taxonogenomics » incluant des donneés phénotypiques et le séquençage du génome. / Bacterial taxonomy has undergone tremendous changes over time, with little historical consensus regarding specific descriptions of prokaryotes. The prokaryotes have been estimated about 107 species, and the current classification contained more than 12,900 species. This highlights the absence of an exhaustive and specific database listing all prokaryotes associated with humans. We found than the human prokaryotic repertoire contained 2,156 species, divided among 12 different phyla.The second aim of our work was to characterize the human gut microbiota using 5 different techniques, including morphologic and molecular approaches (flow cytometry, gram staining, electron microscopy, qPCR and pyrosequencing). We analyzed 16 stools samples of patient and we copared the rate of gram-positive and gram-negative prokaryotes obtained with each technique. We found than by pyrosequencing only a half of gram-negative prokaryotes was detected.Our third goal was to demonstrate that bacterial culture was not inferior to pyrosequencing to describe the gut diversity. Culturomics concept created during the pioneer study has revolutionized the approach of the microbiota exploration. Since 4 years, we have performed the analyze of 685 different samples and identified more than 500,000 colonies using the MALDI-TOF mass spectrometry. We have increased by 77.5% the number of species isolated in the gut. Each new species will be described following our new concept named "taxonogenomics", including phenotypic data and genome sequencing.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:theses.fr/2014AIXM5040 |
| Date | 31 October 2014 |
| Creators | Hugon, Perrine |
| Contributors | Aix-Marseille, Raoult, Didier |
| Source Sets | Dépôt national des thèses électroniques françaises |
| Language | French |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation, Text |
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