Le génome est très organisé au sein du noyau cellulaire. Cette organisation et plus spécifiquement la localisation et la dynamique des gènes et chromosomes contribuent à l'expression génétique et la différenciation des cellules que ce soit dans le cas de pathologies ou non. L'exploration de cette organisation pourrait dans le futur aider à diagnostiquer et identifier de nouvelles cibles thérapeutiques. La conformation des chromosomes peut être analysée grâce au marquage ADN sur plusieurs sites et aux mesures de distances entre ces différents marquages fluorescents. Dans ce contexte, l'organisation spatiale du chromosome III de levure a montré que les deux types de cellules, MATa et MATalpha, sont différents. Par contre, les données issues de l'imagerie electronique sont bruitées à cause de la résolution des systèmes de microscope et du fait du caractère vivant des cellules observées. Dans cette thèse, nous nous intéressons au développement de méthodes de classification pour différencier les types de cellules sur la base de mesures de distances entre 3 loci du chromosome III et d'une estimation du bruit. Dans un premier temps, nous nous intéressons de façon générale aux problèmes de classification binaire à l'aide de SVM de grandes tailles et passons en revue les algorithmes d'optimisation stochastiques du premier ordre. Afin de prendre en compte les incertudes, nous proposons un modèle d'apprentissage qui ajuste sa robustesse en fonction du bruit. La méthode évite les situations où le modèle est trop conservatif et que l'on rencontre parfois avec les formulations SVM robustes. L'amplitude des pertubations liées au bruit qui sont incorporées dans le modèle est controllée par l'optimisation d'une erreur de généralisation. Aucune hypothèse n'est faite sur la distribution de probabilité du bruit. Seule une borne estimée des pertubations est nécessaire. Le problème peut s'écrire sous la forme d'un programme biniveaux de grande taille. Afin de le résoudre, nous proposons un algorithme biniveau qui réalise des déplacements stochastiques très peu coûteux et donc adapté aux problèmes de grandes tailles. La convergence de l'algorithme est prouvée pour une classe générale de problèmes. Nous présentons des résultats numériques très encourageants qui confirment que la technique est meilleure que l'approche SOCP (Second Order Cone Programming) pour plusieurs bases de données publiques. Les expériences numériques montrent également que la nonlinéarité additionnelle générée par l'incertitude sur les données pénalise la classification des chromosomes et motivent des recherches futures sur une version nonlinéaire de la technique proposée. Enfin, nous présentons également des résultats numériques de l'algorithme biniveau stochastique pour la sélection automatique de l'hyperparamètre de pénalité dans les SVM. L'approche évite les coûteux calculs que l'on doit inévitablement réaliser lorsque l'on effectue une validation croisée sur des problèmes de grandes tailles. / The genome is highly organized within the cell nucleus. This organization, in particular the localization and dynamics of genes and chromosomes, is known to contribute to gene expression and cell differentiation in normal and pathological contexts. The exploration of this organization may help to diagnose disease and to identify new therapeutic targets. Conformation of chromosomes can be analyzed by distance measurements of distinct fluorescently labeled DNA sites. In this context, the spatial organization of yeast chromosome III was shown to differ between two cell types, MATa and MATa. However, imaging data are subject to noise, due to microscope resolution and the living state of yeast cells. In this thesis, the aim is to develop new classification methods to discriminate two mating types of yeast cells based on distance measurements between three loci on chromosome III aided by estimation the bound of the perturbations. We first address the issue of solving large scale SVM binary classification problems and review state of the art first order optimization stochastic algorithms. To deal with uncertainty, we propose a learning model that adjusts its robustness to noise. The method avoids over conservative situations that can be encountered with worst case robust support vector machine formulations. The magnitude of the noise perturbations that is incorporated in the model is controlled by optimizing a generalization error. No assumption on the distribution of noise is taken. Only rough estimates of perturbations bounds are required. The resulting problem is a large scale bi-level program. To solve it, we propose a bi-level algorithm that performs very cheap stochastic gradient moves and is therefore well suited to large datasets. The convergence is proven for a class of general problems. We present encouraging experimental results confirming that the technique outperforms robust second order cone programming formulations on public datasets. The experiments also show that the extra nonlinearity generated by the uncertainty in the data penalizes the classification of chromosome data and advocates for further research on nonlinear robust models. Additionally, we provide the experimenting results of the bilevel stochastic algorithm used to perform automatic selection of the penalty parameter in linear and non-linear support vector machines. This approach avoids expensive computations that usually arise in k-fold cross validation.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:theses.fr/2016TOU30111 |
| Date | 16 September 2016 |
| Creators | Wang, Wenjuan |
| Contributors | Toulouse 3, Garivier, Aurélien, Bystricky, Kerstin |
| Source Sets | Dépôt national des thèses électroniques françaises |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation, Text |
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