Η αντιγραφή του DNA αποτελεί μια θεμελιώδη διαδικασία για κάθε μορφή ζωής. Στους ευκαρυωτικούς οργανισμούς, εξαιτίας του μεγάλου μεγέθους του γονιδιώματός τους, η αντιγραφή του DNA εκκινά από πολλαπλά σημεία
προκειμένου να ολοκληρωθεί σε εύλογο χρονικό διάστημα. Οι περιοχές αυτές ονομάζονται αφετηρίες αντιγραφής και η μελέτη τους είναι σημαντική αφού είναι άρρηκτα συνδεδεμένες με την ακριβή ολοκλήρωση της αντιγραφής του DNA, διαδικασία ζωτικής σημασίας για το κύτταρο. Ενώ η λειτουργία των αφετηριών αντιγραφής είναι λίγο πολύ γνωστή, οι ακριβείς γονιδιωματικές δομές που συντελούν στο μηχανισμό επιλογής τους παραμένουν άγνωστες. Σκοπός αυτής της διπλωματικής εργασίας είναι η μελέτη, σε επίπεδο ολόκληρου του γονιδιώματος, των γονιδιωματικών περιοχών που αποτελούν αφετηρίες αντιγραφής του DNA και η εξαγωγή των χαρακτηριστικών που καθορίζουν την ιδιότητά τους να
λειτουργούν ως αφετηρίες αντιγραφής του DNA. Ο ζυμομύκητας
Schizosachharomyces pombe αποτελεί ιδανικό οργανισμό για τη μελέτη της διαδικασίας αντιγραφής του DNA, κυρίως εξαιτίας της ομοιότητας που διαθέτει με τους ανώτερους ευκαρυωτικούς οργανισμούς. Η παρούσα βιοπληροφορική ανάλυση εκτελεί επεξεργασία ολόκληρου του γονιδιώματος του S. pombe.
Βασίζεται σε δύο πολύ πρόσφατα, αλλά διαφορετικών ερευνητικών ομάδων,
πειράματα μικροσυστοιχειών στα οποία αναγνωρίστηκαν οι αφετηρίες
αντιγραφής σε όλο το γονιδίωμα του ζυμομύκητα (Heichinger et al, 2006 και Hayashi et al, 2007). Συνδυάζοντας τα πειράματα αυτά, καταφέραμε να διαχωρίσουμε το σύνολο των διαγονιδιακών περιοχών του S. pombe σε
κατηγορίες ανάλογα με την ικανότητα τους να εκκινούν την αντιγραφή του DNA. Έπειτα, ορίσαμε 3 νέα γονιδιωματικά παραμετρικά χαρακτηριστικά και μαζί με τη δημιουργία ενός συστήματος βελτιστοποίησης παραμέτρων, εξετάσαμε πώς πρέπει να διαμορφωθούν οι διάφορες παράμετροί τους ώστε να δημιουργούνται δομές που παρατηρούνται μονάχα στις αφετηρίες αντιγραφής. Για συγκεκριμένους συνδυασμούς παραμέτρων, η ταξινόμηση των διαγονιδιακών περιοχών με βάση τα καινούρια χαρακτηριστικά αγγίζει το 90% σε ευαισθησία,
και το 77% σε θετικό προγνωστικό δείκτη. Επομένως, τα νέα γονιδιωματικά χαρακτηριστικά αφορούν δομές που παρατηρούνται σχεδόν εξολοκλήρου στις αφετηρίες αντιγραφής και σπάνια στις υπόλοιπες διαγονιδιακές περιοχές, παρέχοντας έτσι τον κύριο μηχανισμό επιλογής των αφετηριών αντιγραφής του DNA στο γονιδίωμα του S. pombe. / DNA replication constitutes an essential process for every life form. In eukaryotic organisms which are characterized by large genome size, DNA replication initiates from multiple points along the genome, so that it is completed within the allocated time. These genomic sites are called replication origins and their study is important as their selection and timely activation is pivotal for the maintenance of genomic integrity.
Despite extensive studies from several laboratories, the features that specify an origin remain elusive, especially in higher eukaryotes. The purpose of this thesis is a genome-wide study of the genomic areas that function as replication origins and the extraction of the genomic features that determine this activity. Schizosachharomyces pombe (S. pombe, fission yeast) is an ideal organism for the study of the DNA replication procedure as it shares several common features with higher eukaryotic organisms. In this bioinformatics study, a genome-wide analysis of the S. pombe genome is performed. It is based on two very recent reports from different teams using microarray experiments, in which genome-wide identification of the S. pombe replication origins took place (Heichinger et al, 2006 and Hayashi et al, 2007). Combining these two experiments we managed to separate the fission yeast inter-genic regions in categories depending on their ability to function as replication origins. We then defined 3 new parametric genomic features, created a framework for solving the parameter estimation problem and analyzed how these parameters should be defined so that the specified structures are solely observed in genomic sites that function as replication origins. We observed that for certain parametric combinations, the classification of the intergenic regions as replication origins and as intergenic regions showing no origin activity reached 90% in sensitivity and 77% in positive predictive value. Therefore, the new genomic features identified through this study represent structures that are almost always and solely observed in intergenic regions showing replication activity, and are likely to provide the main genomic mechanism of origin selection in the fission yeast genome.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:upatras.gr/oai:nemertes:10889/697 |
| Date | 12 February 2008 |
| Creators | Δημόπουλος, Σωτήριος |
| Contributors | Κωστόπουλος, Γεώργιος, Dimopoulos, Sotirios, Κωστόπουλος, Γεώργιοs, Λυγερού, Ζωή, Παλληκαράκης, Νίκος |
| Source Sets | University of Patras |
| Language | gr |
| Detected Language | Greek |
| Type | Thesis |
| Relation | Η ΒΥΠ διαθέτει αντίτυπο της διατριβής σε έντυπη μορφή στο βιβλιοστάσιο διδακτορικών διατριβών που βρίσκεται στο ισόγειο του κτιρίου της. |
Page generated in 0.0041 seconds