La chèvre (Capra hircus) est l'un des premiers ongulés domestiqués il y a plus de 10 000 ans dans le croissant fertile. L'histoire de la domestication a été abordée par l'analyse comparée de la diversité génétique des chèvres domestiques et de celle de son ancêtre sauvage (Capra aegagrus). Nous avons tout d'abord mis au point une méthode standard permettant d'établir une nomenclature claire des haplogroupes mitochondriaux, et aussi de définir de nouveaux haplogroupes lorsque cela s'avère pertinent. Cette méthode a été utilisée pour analyser 2430 séquences d'ADN mitochondrial (fragment HV1 de la région de contrôle), incluant 946 nouveaux échantillons issus de régions très peu étudiées jusqu'ici (notamment le Croissant Fertile). Les haplogroupes mitochondriaux présentent une forte diversité génétique qui est essentiellement distribuée entre haplogroupes au sein des régions géographiques. Même avec un jeu de donnée aussi important que celui-ci, il est très difficile de comprendre l'histoire de la domestication en se basant uniquement sur l'analyse des animaux domestiques. L'étude conjointe de la diversité des chèvres et de leurs ancêtres sauvages (les aegagres) ont apporté les informations permettant de reconstituer l'histoire de la domestication. Ces données ont été acquises à partir de 487 aegagres issus de 43 localités recouvrant l'ensemble de l'aire de répartition de l'espèce. Chez les 308 aegagres génétiquement proches des chèvres, nous avons trouvé la signature d'une croissance démographique plus forte que chez les autres aegagres. Cela suggère un nouveau scénario de domestication de la chèvre en deux étapes. La domestication sensu stricto aurait été précédée d'une phase de gestion des troupeaux sauvages par l'homme (la pré-domestication). Ces processus se sont déroulés sur une vaste zone comprenant l'Est de l'Anatolie, l'ensemble du Zagros, le Plateau Iranien Central et le Nord Est de l'Iran, où les aegagres génétiquement proches des chèvres sont toujours présents. L'analyse comparée de la diversité nucléaire et mitochondriale chez les chèvres et les aegagres démontre qu'une grande partie de la diversité génétique sauvage a été capturée par les domestiques. Il n'y a donc pas eu de goulot d'étranglement au moment de la domestication de la chèvre. Ce scénario est très différent des modèles précédents qui mettaient en avant des processus à échelle réduite, avec des centres de domestication très localisés et une forte réduction de diversité génétique.

Ce travail concerne l'étude de molécules d'ADN avec un microscope à force atomique utilisé<br />en « contact intermittent ». L'objectif poursuivi est de réaliser des mesures locales d'interaction et de<br />mécanique sur une chaîne d'ADN. Le microscope est sensible aux forces d'interaction entre une pointe<br />de dimension nanométrique et l'objet ou la surface à analyser. En mode dynamique, la pointe oscille au<br />voisinage de la surface à des fréquences de quelques centaines de kilohertz et des amplitudes de l'ordre<br />de la dizaine de nanomètres. Ce comportement peut devenir non-linéaire selon l'intensité de<br />l'interaction et des conditions d'oscillation. Varier ces conditions en termes d'amplitude ou de<br />fréquence constitue une opportunité de contrôler cette interaction. Nous mettons ainsi en évidence la<br />possibilité d'imager une seule molécule d'ADN selon différents modes d'interaction : pur attractif, pur<br />répulsif et un mélange des deux. Par ailleurs, le microscope de force dynamique n'est pleinement<br />efficace que dans le cadre de la maîtrise de l'interaction de la pointe avec l'objet. La qualité de<br />l'échantillon et celle de la pointe doivent être contrôlées à l'échelle des mesures. Des expériences<br />préliminaires ont amené à retenir des substrats de silice greffés avec des molécules de silanes.<br />Concernant les molécules d'ADN, trois types de séquences ont été étudiés. Une longue chaîne de 2500<br />paires de bases (pb) comportant une succession de séquences non périodique, une séquence de 450pb<br />constituée d'Adénine sur un mono-brin et de Thymine sur le brin complémentaire et une chaîne de<br />même longueur, mais constituée d'une alternance d'Adénine et de Thymine sur chaque mono-brin. Ces<br />échantillons sont intéressants par la diversité des caractéristiques mécaniques attendues. L'exploitation<br />expérimentale des différents régimes permet de révéler des informations géométriques, mécaniques et<br />physico-chimiques sur les conformations des molécules.