La fièvre de la Vallée du Rift (FVR) est une zoonose due à un virus transmissible par une large variété de vecteurs. Au cours des quinze dernières années, elle a rendu malades des dizaines de milliers de personnes, entrainé des centaines de décès humains et provoqué la mort de plus de 100 000 ruminants domestiques en Afrique et dans la péninsule arabique. Suite à la découverte de la présence du virus à Mayotte, les autorités sanitaires, le Cirad (Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement) et les éleveurs ont créé en 2009 un système de surveillance en santé animale, le SESAM. L‘objectif de cette thèse était de faire un état des lieux de la situation épidémiologique de la FVR chez les ruminants à Mayotte en 2012-2013, d’évaluer les perspectives de persistance de la maladie et d’étudier les perceptions et les priorités des éleveurs vis-à-vis de cette maladie. En 2012, le fonctionnement du dispositif de surveillance de la FVR a été révisé avec un renouvellement partiel du groupe d’éleveurs sentinelles et un renforcement de la surveillance événementielle basée sur la recherche systématique de la FVR en cas d’avortement ou de mortalité anormale. Une baisse continue de la séroprévalence de 2010 à 2013 a été observée. En 2012-2013, le taux d’incidence est resté stable avec environ deux séroconversions pour 100 animaux-ans. Ce taux est très inférieur au taux d’incidence de 18% observé en 2011. Le virus de la FVR n’a été détecté dans aucun des prélèvements réalisés dans le cadre de la déclaration officielle des avortements chez les ruminants (n=41). Des critères d’évaluation de la performance du dispositif de surveillance ont été proposés et ont mis en évidence une amélioration de la qualité des données entre 2010 et 2013. Un modèle dynamique de type SIR a permis d’estimer le niveau de transmission hôte-vecteur attendu qui expliquerait au mieux la séroprévalence observée de 2008 à 2013 à Mayotte. La probabilité de transmission hôte-vecteur estimée par ce modèle est cinq fois plus faible qu’attendue. Dans ces conditions, la probabilité de persistance de la FVR, en l’absence de nouvelle introduction d’animaux virémiques reste inférieure à 10%, cinq ans après l’arrivée du virus. Enfin, la priorisation des problèmes sanitaires à Mayotte par une démarche d’épidémiologie participative et des réunions d’éleveurs a mis en évidence que les cinq problèmes spontanément rapportés comme les plus importants chez les bovins sont dans l’ordre le charbon symptomatique, les tiques, le syndrome « bavite-fièvre-grippe», le syndrome « dermatophilose-boutons » et la diarrhée. La FVR est absente de ce classement mais les avortements arrivent en 9ème position et à la première selon le critère de « risque ». La surveillance, et les approches interdisciplinaires de modélisation et de sciences humaines doivent être poursuivies pour évaluer plus précisément le risque de réémergence de la FVR à Mayotte et anticiper les réponses à y apporter. La surveillance doit aussi s’adapter aux attentes des éleveurs et développer l’approche syndromique ainsi que s’intégrer pleinement aux dispositifs régionaux et nationaux. / Rift Valley fever (RVF) is a vector-borne zoonosis, with a wide variety of potential competent vectors. During the last fifteen years, RVF caused tens of thousands of human cases, hundreds of human deaths and more than 100,000 domestic ruminant deaths in Africa and in the Arabic peninsula. After the first detection of RVF in Mayotte, an animal health surveillance network has been created in 2009, namely the SESAM. The aim of this PhD was to assess the epidemiological situation of Mayotte toward RVF in 2012-2013, to assess the persistence probability of RVF in the territory and to document farmers’ perceptions and health priorities. In 2012, RVF surveillance has been revised in order to partially renew the pool of the sentinel herds. The passive surveillance with systematic RVF detection assay on abortion and abnormal mortality was enforced. A continuous decrease in the seroprevalence was observed based on 2010-2013 data. During 2012-2013, a steady incidence rate of about 2 seroconversions per 100 animal-year was observed. This rate is much lower than the previous assessment of 18% during 2011. RVF virus was not detected in any of the 41 declared abortion cases. Surveillance performance criteria were discussed and assessed showing mainly an increase in data quality between 2010 and 2013. A SIR dynamic model was built based on vector knowledge and observed seroprevalence in Mayotte from 2008 to 2013. Estimated host-vector transmission rate was fivefold lower than expected according to current literature. Persistence probability, without reintroduction of viremic animals, was predicted to be 10% five years after virus introduction. Finally, health problem prioritization in Mayotte was studied through focus groups, gathering 164 farmers. The five main issues stated were: blackleg, ticks, a respiratory « fever/flu-like» syndrome, a dermatologic syndrome and diarrhoea. RVF was absent from the priority problems list in which abortions were ranked 9th. However abortions came first when « risk » criteria was taken into account, raising issues of cultural risk perceptions. Further surveillance and research using transdisciplinary approaches that mix mathematical modelling and the humanities should be continued with the view to assess more precisely reemergence probability in Mayotte and anticipate mitigating measures. Surveillance and research should also align with farmers’ expectations. The development of syndromic surveillance (abortion, death, etc.) requires strengthening surveillance network and identification data quality. Mayotte surveillance components should also be fully integrated within the regional and national schemes.

Les trypanosomoses animales africaines transmises par les glossines sont une des principales contraintes pathologiques au développement et à l’intensification de l’élevage en Afrique sub-saharienne. Leur contrôle repose sur deux grandes stratégies : la lutte autonome par les éleveurs qui vise à contrôler la maladie de manière à permettre une production rentable, et l’intervention étatique centralisée qui vise dans la plupart des cas l’éradication du vecteur et de la maladie. Cette seconde stratégie s’est amplifiée récemment dans le cadre de la campagne pan-africaine d’éradication des glossines et des trypanosomoses (PATTEC), coordonnée par l’Union Africaine. Je me suis attachée à caractériser les capacités d’innovation des éleveurs face au risque de santé animale et réciproquement à l’effet du contrôle du risque sur les trajectoires d’innovation des éleveurs. Le terrain d’étude a concerné deux pays d’Afrique de l’Ouest: le Burkina Faso et le Sénégal. Au Sénégal, nous avons développé une approche coûts-bénéfices originale d’un projet d’éradication, et montré que les bénéfices attendus dépendent essentiellement de l’innovation, grâce aux gains de productivité dus à la transition des systèmes d’élevage utilisant la race Djakoré trypanotolérante vers des systèmes d’élevage améliorés utilisant des races plus productives trypanosensibles. Au Burkina Faso (bassin du Mouhoun), les objectifs étaient de caractériser la perception du risque par les éleveurs, les stratégies autonomes de lutte et leurs capacités à adopter une nouvelle méthode de lutte contre les glossines, le pédiluve insecticide. Enfin, pour comprendre et anticiper l’impact de l’évolution du risque trypanosomien sur les trajectoires d’innovation des éleveurs et améliorer l’évaluation économique de la campagne d’éradication au Sénégal, une analyse croisée de 10 études de cas a permis d’identifier puis de caractériser les dynamiques locales d’innovation, les logiques d’action et les indicateurs de capacités d’innovation des différents groupes d’éleveurs. Dans les deux sites d’étude, le dynamisme des réseaux socio-techniques auxquels appartiennent les éleveurs et leurs manières de le mobiliser permettent de comprendre l’impact de ce risque sanitaire sur les capacités d’innovation des éleveurs. Ces processus ont été étudiés en mobilisant une théorie de l’innovation, la SAR (sociologie de l’Acteur-Réseau) et en combinant des méthodes d’enquêtes par questionnaire, d’épidémiologie participative et une analyse compréhensive socio-technique inspirée de la méthode du GERDAL (Groupe d’Expérimentation et de Recherche, Développement et Actions Localisées). En perspective, les avancées liées à ce travail dans le domaine de l’hybridation des sciences vétérinaires et sociales sont discutées, et des pistes d’amélioration possibles sont proposées. Un des principaux enseignements de cette thèse est d’ordre méthodologique : une piste est proposée pour l’hybridation de méthodes d’épidémiologie participative et d’une analyse compréhensive socio-technique basée sur les apports de la SAR et du GERDAL. / African animal trypanosomosis, transmitted by tsetse flies, are among the main animal health constraints to the development and intensification of cattle production in sub-Saharan Africa. Their control relies on two major strategies: the farmer-based control aiming at controlling the disease in order to allow a cost-effective production, and the centralized state intervention mostly targeting the eradication of the vector and the disease. This second strategy recently spread in the framework of the Pan African Tsetse and Trypanosomosis Eradication Campaign (PATTEC), coordinated by the African Union. I aimed to characterize the innovation capacities of livestock producers facing this animal health risk and vice versa the effect of risk control on innovation trajectories of livestock farmers. The study area concerned two west african countries: Burkina Faso and Senegal. In Senegal, we developed an original cost-benefit approach of the eradication program, and showed that the expected benefits mainly relie on innovation, thanks to the productivity benefits resulting from the shift from livestock breeding systems using the trypanotolerant Djakoré breed toward improved livestock breeding systems using more productive trypanosensible cattle breeds. In Burkina Faso (Mouhoun basin), the goals were to characterize the risk assessment by livestock producers, farmer-based control strategies and their capacities to adopt a new control method against tsetse flies, the insecticide footbath. At last, in order to understand and predict the impact of the evolution of the trypanosomosis risk on innovation trajectories of livestock producers and to improve the economic analysis of the eradication campaign in Senegal, a cross-sectional analysis of 10 case studies allowed identifying and characterizing the local dynamics of innovation, the rationales for action and the indicators of innovation capacities of the different groups of livestock producers. In the two study areas, the dynamism of socio-technical networks which livestock farmers belonged to and the ways they were mobilized allowed to understand the impact of this animal health risk on innovation capacities of the livestock producers. These processes were studied by mobilizing an innovation theory, the ANT (Actor Network Theory) and combining inquiry methods by questionnaires, methods of participatory epidemiology and a comprehensive socio-technical analysis inspired from the GERDAL’s method (Groupe d’Expérimentation et de Recherche, Développement et Actions Localisées). In perspective, advances linked to this work in the field of the hybridization between veterinary and social sciences are discussed, and few potential ways of improvement are proposed. One of the mains learning of this thesis is about methods: a pathway is proposed for hybridization of methods of participatory epidemiology and a comprehensive socio-technical analysis based on the inputs of SAR and GERDAL methods.

La surveillance de la santé se définit comme la production et le traitement de données destinées à informer les programmes de mitigation des risques sanitaires. La surveillance des maladies infectieuses animales est généralement considérée comme un bien public, impliquant la responsabilité de l’Etat. La surveillance des maladies émergentes transfrontalières, dont l’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP), est même perçue comme un bien public mondial, justifiant un partage d’informations entre Etats. La forme la plus répandue de la surveillance, dite passive ou réactive, repose sur la communication d’acteurs privés ou publics d’informations qu’ils détiennent sur l’état sanitaire des populations animales qu’ils observent aux autorités en charge de la surveillance. La surveillance se trouve donc confrontée à la problématique des biens publics dont la gestion est dépendante de la décision décentralisée d’acteurs privés. Deux questions se posent alors : quels sont les facteurs qui influencent la décision de transmettre une information aux systèmes de surveillance publics ? Ces facteurs sont-ils purement financiers ou impliquent-ils d’autres types d’enjeux, qui font intervenir l’environnement social de l’individu, le territoire dans lequel il s’insère et ses rapports de pouvoirs ? Une autre question est celle de l’existence de réseaux d’information, établis entre acteurs privés et publics permettant d’alerter un maximum d’acteurs de l’apparition d’un risque sanitaire. Comment ces réseaux de constituent-ils ? Dans quelle mesure sont-ils liés aux systèmes de surveillance publics ? Quelles formes de gestion du risque, sous contrôle privé ou public, permettent-ils ? Le cas étudié est celui de l’IAHP due à H5N1 chez les volailles domestiques en Asie du Sud-Est. Une étude a été menée dans quatre zones d’échelle spatiale réduite réparties sur les deux pays, trois au Viet Nam et une en Thaïlande. La théorie des graphs a été appliquée à la diffusion de l’information sur les suspicions d’IAHP entre acteurs privés et publics des territoires avicoles. La structure de ces réseaux d’information est conditionnée par l’organisation politique des territoires ruraux, sous forme de villages, et par les filières dans lesquels s’insèrent les élevages présents dans les territoires. Dans les zones d’étude du Viet Nam présentant un grand nombre d’élevage commerciaux privés, les acteurs amont de la filière avicole commerciale, qui fournissent aliments et produits vétérinaires aux éleveurs, ont un accès privilégié à l’information issue du secteur avicole commercial et villageois. Dans la zone d’étude de Thaïlande, les acteurs impliqués dans les combats de coqs ont un accès privilégié à l’information issue des éleveurs villageois. Ces acteurs centraux dans les réseaux facilitent la diffusion spatiale des informations et l’accès de l’ensemble des éleveurs à ces informations. Les autorités vétérinaires sont présentes dans les réseaux mais la priorité qui leur est accordée est faible en comparaison aux acteurs privés de la filière. En parallèle, des entretiens qualitatifs ou semi-quantitatifs utilisant les outils de l’épidémiologie participative ont été menés afin d’identifier les enjeux associés à la déclaration des suspicions aux autorités vétérinaire. Les enjeux diffèrent selon les territoires et les types de production avicoles qui les composent. Ces enjeux vont au-delà des problématiques purement financières : risques sanitaires et nuisances environnementales pour le voisinage, responsabilité dans les pertes économiques des autres éleveurs et des partenaires commerciaux, et valeur affective et sociale de l’animal sont autant de composantes potentielles de la décision de l’éleveur de déclarer une suspicion aux autorités. Une partie de ces enjeux est liée aux mesures de contrôle mise en place par l’Etat face au risque sanitaire. Cependant, d’autres sont strictement associés à la diffusion de l’information. / Health surveillance is defined as the production and processing of data aimed at informing health risk mitigation programs. Surveillance of infectious animal diseases is usually considered as a public good, involving the responsibility of the state. Surveillance of transboundary emerging diseases, like HPAI, is even perceived as an international public good, justifying information sharing between countries. The most common type of surveillance, i.e. passive or reactive surveillance, is based on communications from private or public actors of the information they hold about the health status of animal populations they observe to authorities in charge of health surveillance. Animal health is therefore confronted with the problematic of public goods whose production depends on decentralized private decision. Two questions may be raised: what are the factors influencing the decision to transmit information to public surveillance systems? Are these factors solely of monetary nature or are they linked with other types of issues, among which the social environment of individuals, the place where they live and their power relationships? Another question relates to the existence of information networks established between private and public actors which enable to a part of the population of sanitary threats. How these are networks constituted? To which extent are they linked with public surveillance systems? Which type of risk management do they allow? The studied case is H5N1 HPAI in domestic poultry in Southeast Asia. A study was conducted in four areas of limited spatial scale distributed in two countries, three in Viet Nam and one in Thailand. Graph theory was applied to the diffusion of information related to HPAI suspicions between actors, private or public. The structure of these networks is shaped by the political organization of rural places, the villages, and by the value chains to which poultry farms belong. In study areas of Viet Nam with widespread commercial poultry farming, upstream actors of the value chain, supplying feed and veterinary products to farmers have better access to information from the commercial and backyard poultry farms. In the Thailand study area, actors participating in cock fighting games have a better access to information from backyard farms. These actors who are central in information networks facilitate the spatial spread of information and access of farmers to information from distant locations. Veterinary authorities are included in the information networks but their attributed priority is week in comparison with private actors of value chains. Besides, qualitative and semi-quantitative interviews were conducted, using tools of participatory epidemiology, in order to identify issues linked with suspicion reporting to veterinary authorities. Those issues differ according to places and types of poultry production. They go beyond purely monetary concerns: sanitary risks and environmental nuisances to the neighborhood, responsibility in economic losses of other farmers and commercial partners and social and affective value of animals are potential components of the decision of farmers to report a suspicion to veterinary authorities. A part of these issues are linked with disease control measures implemented by the state in response to sanitary risks. However, others are strictly associated with information spread. It is the case, for example, of impacts of information on poultry market prices.