La végétation terrestre et aquatique est soumise à une interaction forte avec l'écoulement du fluide environnant. Afin de surmonter les efforts fluides, les plantes se reconfigurent : l'écoulement provoque un changement de géométrie qui induit une réduction des efforts. Cette thèse présente un cadre théorique simple pour modéliser et comprendre les stratégies de reconfiguration par rupture et déformation. Il est montré dans ce travail que les arbres vont subir un élagage induit par le vent, ce qui constitue une stratégie de survie efficace face à des écoulements importants. Dans le cas général impliquant des déformations et de la rupture, on montre que la reconfiguration est un processus en deux temps, d'abord par reconfiguration élastique, puis par reconfiguration fragile. On obtient ainsi une caractérisation globale des stratégies de reconfiguration de plantes en fonction de leurs paramètres physiques. Un modèle homogénéisé est ensuite développé afin de généraliser le calcul de la reconfiguration de systèmes ramifiés sous écoulement. Avec ce modèle, un système ramifié est représenté par un ensemble de fibres. La formulation volumique du problème permet ainsi un couplage avec les équations du fluide, et ouvre des perspectives nouvelles pour l'étude des systèmes ramifiés en général.