Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-09-24T18:59:28Z No. of bitstreams: 1 MIchel Francisco Abanto Marin_Tese.pdf: 17075383 bytes, checksum: 82ec8815a4daba1b96b41d8a1b92b852 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-24T18:59:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MIchel Francisco Abanto Marin_Tese.pdf: 17075383 bytes, checksum: 82ec8815a4daba1b96b41d8a1b92b852 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Vice Direção de Ensino, Informação e Comunicação. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Vibrio cholerae é o agente causal da cólera, uma infecção ancestral, epidêmica e pandêmica, que é um dos principais problemas de saúde pública no mundo. A humanidade já passou por, pelo menos, seis pandemias de cólera e, atualmente, vive no contexto da sétima pandemia. V. cholerae é classificado em mais de 200 sorogrupos e alguns biotipos. Linhagens de V. cholerae O1 do biotipo clássico e do biotipo El Tor estão relacionadas à sexta (1899–1923) e à sétima (1960 -….) pandemias de cólera, respectivamente. A sétima pandemia chegou à América Latina em 1991 sendo que, inicialmente, sua origem foi relacionada ao Sudoeste Asiático, região endêmica e epidêmica de cólera. Uma segunda hipótese sugere uma origem ambiental local. A partir do início deste século, a epidemia se extinguiu, restando apenas eventuais relatos de casos isolados. Sob a ótica da genética e genômica do V. cholerae, estudamos a linhagem da epidemia da América Latina (AL). Nossos objetivos eram inferir sua origem e identificar marcadores genômicos que possibilitassem seu monitoramento. Utilizamos informações obtidas in vitro e in silico para estabelecer relações genéticas entre isolados de V. cholerae de antes, durante e depois da epidemia que atingiu a América Latina. Analisamos regiões do genoma core e do genoma acessório. Realizamos análises de genômica comparativa com informação de 355 V. cholerae, clínicos e ambientais, de diferentes anos e regiões geográficas. Com base em três genes do genoma core, nossos resultados mostram que a linhagem da epidemia da AL pertence ao clado El Tor, e por sua vez, os genótipos dos principais determinantes de virulência ctxB e tcpA, (genoma acessório), os agrupa com isolados do início da sétima pandemia, incluindo o canônico N16961. As análises genômicas e filogenéticas revelaram a presença de um profago (WASA1) e de uma variante exclusiva da ilha genômica VSP-II. A VSP-II da linhagem da AL é caracterizada por seu gene da integrase e uma inserção de 7 Kb, que contém três genes putativos. Curiosamente, os dois marcadores, que fazem parte do genoma acessório desta linhagem, WASA1 e VSP-II, apresentam relação de similaridade com elementos genéticos identificados em Vibrio vulnificus/Vibrio parahaemolyticus e Vibrio vulnificus/V. cholerae do ambiente, respectivamente. Estes marcadores seriam, portanto, uma fração do mobiloma que evoluiu e se fixou na linhagem de V. cholerae da epidemia da América Latina. / Vibrio cholerae is the causative agent of cholera, an ancestral, epidemic and pandemic infection, which is a major public health concern worldwide. Mankind has gone through at least six cholera pandemics and currently lives in the context of the seventh pandemic. V. cholerae is classified into more than 200 serogroups and some biotypes. V. cholerae O1 classical and El Tor biotype are related to the sixth (1899 to 1923) and seventh (1960 - ....) cholera pandemics, respectively. The seventh pandemic reached Latin America (LA) in 1991 and its origin was related, immediately, to Southwest Asia, where cholera is endemic and epidemic. A second hypothesis emerged suggesting a regional environmental origin. Since the beginning of this century, the LA epidemic ended, occurring only occasional case reports. Here, we studied, from the perspective of V. cholerae genetics and genomics, the lineage of the LA cholera epidemic. Our objectives were to infer their origin and identify genomic markers that would enable its monitoring. In order to establish the genetic relationships among V. cholerae strains isolated before, during and after the epidemic in Latin America, we used in vitro and in silico approaches. Comparative analyzes, targeting the core and accessory genome of 355 clinical and environmental V. cholerae strains, from different years and geographical regions, were performed. MLSA (multi locus sequence analysis), based on three genes of the core genome, revealed that the LA epidemic lineage belongs to the El Tor clade. Additionally, the genotypes of the major virulence determinants, ctxB and tcpA (accessory genome), show that the LA lineage is related with strains from the beginning of the seventh pandemic, including the canonical N16961. Considering this large set of genomes, we confirm the prophage WASA1 as a LA lineage marker. The LA lineage is also characterized by an unique VSP-II genomic island. The VSP-II AL harbors a particular integrase gene and a 7.0 kb insert which contains three putative genes. Interestingly, the two LA markers, WASA1 and VSP-II, which are part of its accessory genome, have similarity with genetic elements identified in Vibrio vulnificus / Vibrio parahaemolyticus and V. vulnificus / environmental V. cholerae, respectively. Therefore, these two elements are a fraction of the V. cholerae mobilome that evolved and fixed in the LA lineage.

Made available in DSpace on 2016-03-15T19:41:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Horacio Bernardo Rosario.pdf: 2513065 bytes, checksum: 21d7ec7d83235895e090241d837335a5 (MD5) Previous issue date: 2012-08-20 / The prevalence rate of live born and stillborn infant twins has been the target of many studies, including in Brazil. However, modifications in people s reproductive style and improvements in labor procedures and better healthcare for newborns show that the knowledge on twinning must be updated over time. To be able to evaluate these modifications better, historical records in hospitals that have regular medical service represent an important frame of reference. In this thesis the records of births of the Centro Obstétrico do Serviço de Ginecologia e de Obstetrícia of the Hospital do Servidor Público Estadual, São Paulo, Brazil, in the period of 1978 to 2009 has been researched, a total of 32 years. In this period, 65,258 labors of stillborn and live born children have been registered. Of this sample, 64,560 were labors of newborn only and 1,396 of double births. Between these, 257 belonged to the genre MM; 270 to FF and 171 to MF. The estimative of the zygosity using the Weinberg method defined that 339 were dizygotic (DZ) and 359 were monozygotic (MZ). The information gathered was stored in a data bank in a computer for future analysis. The SPSS statistical program V 11, 5 using statistical modules, such as correlation analysis, regression analysis, adjusting curves, and comparisons between two groups, analyzed the data. The program Curve Expert V 11,4 was also used for curve fitting. The study of prevalence, maternal age, weight and the Apgar Bulletin allowed the following conclusions: 1. the prevalence varied 0.71 to 1.47% in the 32 years considered. The tendency of prevalence rates for the total of twin births showed a decrease from 1979 to 1993 and an increase around 2005. This distribution is consistent with other Brazilian samples and it can be explained by the variation of maternal age and the use of treatments against infertility. In the last four years there was a decrease in the birth of twins, but this trend did not hold in the years of 2010 and 2011; 2. the prevalence was not evenly distributed between DZ and MZ. Among the first, the distribution was similar to the total twin births. Among the second, there was an increase from 1986 to 2002 in a way that it was higher than that of DZ. In the total sample there was a greater number of MZ. Although not statistically significant this result, 3. the average maternal age of twins was higher than that of the singletons (29,71 years and 28,44 years respectively). This difference is statistically significant according to the literature. The tendency of the distribution of maternal age between twins and singletons is not uniform: there is among the first consistent decrease ranging around 29 years in the first periods to 28 in the last. The variation of maternal age of the twins has a heterogeneous pattern; 4. the average weight of newborns twins was 2,335 g with a tendency to decrease throughout the period. The same trend was observed for singletons. There was also a decrease in gestational age among twins and singletons, it could explain the decline in weight. The trend descending gestational age does not seem to be related to the type of birth since the proportion of these is not changed; 5. the means of the Apgar scores for single births and twins were high in both the first and fifth minutes. The single births had a greater rate and were more stable. The twin births showed consistent increase. 6. the stillbirth among singletons was only less than 1% with a tendency to decrease in recent years and much lower than the national average. Among twins the prevalence is above 3% with increasing tendency. Further studies are needed to lead us to a better enlightenment of the results. / As taxas de prevalência em gêmeos nativivos e natimortos têm merecido muitos estudos, inclusive no Brasil. No entanto, mudanças no estilo reprodutivo das populações e melhorias na assistência ao parto e ao recém-nascido mostram que o conhecimento sobre as concepções gemelares devem ser atualizadas ao longo do tempo. Para melhor avaliar estas mudanças, séries históricas registradas em hospitais com atendimentos regulares \ representam importante referência. Neste trabalho foram levantados os registros dos nascimentos no Centro Obstétrico do Serviço de Ginecologia e de Obstetrícia do Hospital Servidor Público Estadual, São Paulo, Brasil, no período de 1978 a 2009, isto é, 32 anos. Num total de 65.258 partos, entre nativivos e natimortos, 64.560 referem-se a partos de recém-nascidos únicos e 1.396 a nascimentos duplos. Entre estes, 257 eram do gênero MM; 270 FF e 171 MF. A estimativa da zigosidade pelo método de Weinberg definiu que 342 eram Dizigóticos (DZ) e 356 Monozigóticos (MZ). As informações coletadas neste trabalho foram armazenadas em um banco de dados de um microcomputador para posterior análise. Os dados foram analisados pelo do programa estatístico SPSS V 11,5 utilizando-se módulos estatísticos, tais como: análise de correlação e de regressão, ajuste de curvas e comparações entre dois grupos. Foi utilizado também, o programa Curve Expert V 1,4 para o ajuste de curvas. O estudo da prevalência, da idade materna, do peso e do Boletim Apgar permitiu as seguintes conclusões: 1. a prevalência variou de 0,71 a 1,47% nos 32 anos considerados. A tendência das taxas de prevalência para o total dos nascimentos gemelares mostrou declínio entre 1979 e 1993 e logo após aumentando até 2005. Esta distribuição está de acordo com a de outras amostras brasileiras e pode ser explicada pela variação da idade materna e utilização de tratamentos contra infertilidade. No último quadriênio houve diminuição no nascimento de gêmeos, mas essa tendência não se manteve nos anos de 2010 e 2011; 2. a prevalência não se distribuiu uniformemente entre DZ e MZ. Entre os primeiros, a distribuição foi similar ao total dos nascimentos gemelares. Entre os MZ houve incremento entre 1986 a 2002 de maneira a ser maior do que a de DZ. Na amostra total o número de Mz foi maior. No entanto, esta diferença não foi estatisticamente significante, neste resultado. 3. a média da idade materna de gemelares foi maior do que dos únicos (29,71 anos e 28,44 anos, respectivamente). Esta diferença é estatisticamente significante e de acordo com os dados da literatura. A tendência da distribuição da idade materna entre gêmeos e únicos não é uniforme, entre os primeiros há queda consistente variando em torno de 29 anos nos primeiros períodos a 28 nos últimos. Entretanto, a variação da idade materna dos gêmeos tem padrão heterogêneo; 4. a média do peso dos recém-nascidos gemelares foi de 2 335 g com tendência a diminuição ao longo do período. A mesma tendência foi observada para os nascimentos únicos. Observou-se também diminuição da idade gestacional entre gêmeos e únicos, o que poderia explicar o declínio do peso. A tendência decrescente da idade gestacional não parece estar relacionada ao tipo de parto, uma vez que a proporção destes não se modificou; 5. as médias do Boletim Apgar para únicos e gêmeos foram elevadas. A média do Apgar 1 entre os recém-nascidos únicos foi de 7,97 e dos gêmeos foi de 7,00. Com relação ao Apgar 5, a média entre os únicos foi de 9,04 e dos gêmeos foi de 8,33. Entre os primeiros foram maiores e estáveis e entre os segundos demonstram. incremento consistente; 6. a natimortalidade entre únicos foi menor do que 1% com tendência a queda nos últimos anos e bem menor do que a média brasileira. Entre os gêmeos a prevalência fica acima de 3% com tendência crescente. Estudos posteriores serão necessários para compreender melhor alguns dos resultados alcançados.

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:39:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PRISCILLA SILVA ROSA DE ALMEIDA.pdf: 3720637 bytes, checksum: b39a9c071d90058d47a3a8c7aec2c7f3 (MD5) Previous issue date: 2008-07-21 / Soft tissue sarcomas (STS) are tumors with mesodermical origin, comprising about 1% of all adult neoplasms. Because of its effect on the p53 protein coding sequence, and its association with an increased risk for some cancer types, TP53 codon 72 polymorphism has been investigated in several studies. TP53 codon 72 codes for either Arginine (p53Arg), or Proline (p53Pro) at the p53 protein primary sequence. It was demonstrated that such amino acid change affects p53 biochemical and biological properties, and several studies have been developed in order to associate TP53 codon 72 polymorphisms as a risk, and as a prognostic factor for different cancer types. Any published study on the TP53 codon 72 polymorphism in adult soft tissue sarcomas was found in the literature. The present study aimed to investigate TP53Arg/Pro polymorphism as a potential prognostic factor in 100 adult subjects with STS. Patients were assisted at the Hospital Araújo Jorge of the Associação de Combate ao Câncer em Goiás in Goiânia, Brazil. DNA from patients was obtained from formaldehyde-fixed and paraffin-embedded tissue samples stored at the Pathology Department of the institution. Control group included 85 healthy donors randomly selected from Goiânia s population and, for this group, DNA extraction was performed from peripheral blood. Polymorphism genotyping was achieved by using polymerase chain reaction (PCR) with specific primer sets for each polymorphic variant. Statistical analysis was performed by using GenePop Ò web version 3.4 software. In this study, TP53 allelic and genotypic frequencies were investigated for subjects and controls, however, any statistical difference between the two groups was found. Our study supports the evidence that p53Arg is the most frequent allele in Latin American population, but worldwide genic and genetic frequency data are conflicting because of ethnical differences among the studied populations. According to the results, no significant association was demonstrated between TP53 codon 72 polymorphism and clinocopathological characteristics such as gender, age, tumor localization, histology, tumor size, stage, grade, node status, and distant metastasis. The five-year overall survival for the study group was 48.1%. Tumors with p53Pro/Pro genotype demonstrated a reduced survival rate (30%) when compared to p53Arg/Arg (45%), and p53Arg/Pro group (54.9%), but this association was not statistically significant (p = 0.444). In the present study, the p53Arg variant was not statistically associated with a more favorable prognosis in adult STS patients. / Os sarcomas de partes moles (SPM) são tumores de origem mesodérmica, representando cerca de 1% do total das neoplasias em adultos. O polimorfismo do códon 72 do gene TP53 é extensivamente estudado por causar impacto na seqüência codificadora do gene, além de estar associado ao maior risco para o desenvolvimento de alguns tipos de câncer. Este polimorfismo resulta na expressão de arginina (p53Arg) e/ou prolina (p53Pro) na posição 72 da proteína p53. As formas polimórficas de TP53, em relação ao polimorfismo do códon 72, apresentam propriedades bioquímicas e biológicas diferentes, e por esta razão, vários estudos foram conduzidos na tentativa de associar tais formas polimórficas como fator de risco e prognóstico para inúmeras neoplasias. Entretanto, a literatura não relata nenhum estudo que associe este polimorfismo aos sarcomas de partes moles do adulto. Neste contexto, o objetivo do presente estudo foi avaliar o polimorfismo p53Arg/Pro como potencial fator de risco e/ou prognóstico em 100 casos de SPMs em adultos atendidos no Hospital Araújo Jorge da Associação de Combate ao Câncer em Goiás. O grupo controle incluiu 85 indivíduos saudáveis selecionados aleatoriamente da população da cidade de Goiânia. As amostras dos casos constituíram de tecidos fixados em formol e incluídos em parafina e, para a extração de DNA, os tecidos foram previamente desparafinizados. A extração de DNA do grupo controle foi realizada a partir de sangue periférico. Para a genotipagem do polimorfismo, a reação em cadeia da polimerase (PCR) foi realizada utilizando conjuntos de primers específicos para cada variante polimórfica. Após a análise dos dados obtidos, verificou-se que as freqüências alélicas e genotípicas não apresentaram diferenças estatisticamente significativas entre os casos e os controles. Nosso estudo corrobora com as evidências de que o alelo p53Arg é o mais comum em populações latinoamericanas. Entretanto, os dados sobre as freqüências gênicas e genotípicas da literatura mundial são conflitantes, fato que pode ser atribuído às diferenças étnicas descritas entre as populações estudadas. Nenhuma relação estatisticamente significativa foi encontrada entre o polimorfismo do códon 72 de TP53 e as características clínico-patológicas estudadas, como sexo, idade agrupada, localização, histologia, tamanho e grau histológico tumoral, estadiamento e presença de mestástases. A sobrevida global em cinco anos para o grupo estudado foi de 48,1%. As análises de sobrevida em relação ao polimorfismo de TP53 revelaram que os pacientes cujos tumores apresentaram o genótipo p53Pro/Pro tiveram sobrevida inferior (30%), quando comparados ao grupo de pacientes com os genótipos p53Arg/Arg (45%) e p53Arg/Pro (54,9%). Entretanto, essa diferença não foi estatisticamente significativa (p = 0,444). Sabese que a isoforma p53Arg apresenta função apoptótica mais marcante. Esta característica pode conferir ao paciente um melhor prognóstico da doença. No presente trabalho, contudo, não pudemos verificar que esta variante esteve associada a um prognóstico mais favorável em pacientes adultos com SPMs.