• Refine Query
  • Source
  • Publication year
  • to
  • Language
  • 1
  • Tagged with
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • About
  • The Global ETD Search service is a free service for researchers to find electronic theses and dissertations. This service is provided by the Networked Digital Library of Theses and Dissertations.
    Our metadata is collected from universities around the world. If you manage a university/consortium/country archive and want to be added, details can be found on the NDLTD website.
1

Ανάπτυξη εργαλείων βιοπληροφορικής για πρόβλεψη της πιθανότητας έναρξης της αντιγραφής του DNA σαν συνάρτηση της γονιδιωματικής περιοχής / Development of bioinformatics tools towards the prediction of DNA replication initiation as a function of the genomic region.

Λέγουρας, Ιωάννης 22 November 2011 (has links)
Η χρήση της βιοπληροφορικής σε βιολογικά δεδομένα υψηλής απόδοσης είναι μια πολλά υποσχόμενη προσέγγιση για τη δημιουργία νέα γνώσης. Στην παρούσα εργασία αναλύεται ένα σύνολο δεδομένων που αφορά στα σημεία έναρξης της αντιγραφής (αφετηρίες) στο ζυμομύκητα Schizosaccharomyces pombe, όπως αναγνωρίστηκαν από πειράματα μικροσυστοιχιών που κάλυπταν όλο το μήκος του γονιδιώματος του οργανισμού (full genome). Οι αντιγραφή ξεκινάει από μεγάλο αριθμό αφετηριών οι οποίες βρίσκονται διάσπαρτες σε όλο το γονιδίωμα και μέχρι τώρα οι περισσότερες μελέτες των χαρακτηριστικών των αφετηρίων είχαν πραγματοποιηθεί για περιορισμένο αριθμό αυτών. Στην εργασία αυτή αναλύονται για πρώτη φορά τα χαρακτηριστικά του συνόλου των αφετηριών του S. pombe με σκοπό να διαπιστωθεί ποια χαρακτηριστικά καθορίζουν πότε μια περιοχή του γονιδιώματος μπορεί να δράσει ως αφετηρία αντιγραφής. Από την ανάλυση αυτή προκύπτει ότι: 1. Οι αφετηρίες έχουν υψηλότερο μέγιστο περιεχόμενο ΑΤ από άλλες γονιδιωματικές περιοχές. 2. Οι αφετηρίες εντοπίζονται κατά προτίμηση σε μεγάλες διαγονιδιακές περιοχές ανάμεσα σε αποκλίνουσες μεταγραφικές μονάδες. 3. Η ασυμμετρία κατανομής Α και Τ ενδέχεται να αποτελεί δείκτη των αφετηριών. 4. Η απόδοση έχει συσχέτιση με το περιεχόμενο ΑΤ. / Use of Bioinformatics in high-throughput biological data is a promising approach for creation of new knowledge. In this work we analyze a dataset that concerns origins of DNA replication initiation in the yeast Schizosaccharomyces pombe, that were identified through full genome microarray experiments. DNA replication starts from a large number of origins that span the entire genome and until recently most studies of origins of replication have been carried out only for a limited number of them. Here we analyze for the first time the properties of the entire dataset of origins of replication in S. pombe in order to find out which specific properties define which genomic location can function as an origin of replication. From this analysis we found that: 1. Origins of replication have higher maximum AT (adenine-thymine) content than other genomic locations. 2. Origins of replication are found preferentially in large genomic locations between divergent transcriptional units. 3. AT asymmetry might be a marker of origins of replication. 4. The origin of replication firing efficiency is correlated with AT content.

Page generated in 0.0252 seconds