Στην εργασία αυτή μελετήθηκε η γενετική δομή και οι φυλογενετικές σχέσεις μεταξύ έξι πληθυσμών της Atherina boyeri που προέρχονταν από τις περιοχές της Μυτιλήνης, της Νισύρου, της Κάσου, της Κύμης, και των λιμνών της Βιστωνίδας και Iznik (στην Τουρκία). Συγκεκριμένα, έγινε μελέτη των περιοριστικών θραυσμάτων ποικίλου μήκους (RFLP analysis) των τμημάτων 12S rRNA, 16S rRNA και του βρόγχου εκτόπισης (D-loop) του μιτοχονδριακού DNA. Τα αποτελέσματα αυτά συνδυάστηκαν με τα αποτελέσματα άλλων μελετών που αφορούσαν εννέα διαφορετικές περιοχές της Ελλάδας (Κάλυμνο, Κεφαλλονιά, Αμβρακικός, Κως, Λήμνος, Εύβοια, Ζάκυνθος, Λευκάδα και Κουρνά-Κρήτη) και είχαν γίνει στο εργαστήριο. Από την RFLP ανάλυση αποκαλύφθηκαν 23 διαφορετικοί σύνθετοι απλότυποι. Βάσει των αποτελεσμάτων γίνεται σαφής διαχωρισμός μεταξύ «λιμναίου» και «θαλάσσιου» τύπου πληθυσμών. Οι πληθυσμοί από τις λίμνες/λιμνοθάλασσες (Βιστωνίδα, Κουρνά, Κούταβος/Κεφαλλονιά, Αμβρακικός, Iznik/Τουρκία ), καθώς και από περιοχές που επικρατούν παρόμοιες συνθήκες (Κύμη, Βαθύ Καλύμνου), έχουν τους απλότυπους 1-6, ενώ οι «θαλάσσιου» τύπου πληθυσμοί (Κως, Λήμνος, Εύβοια, Μυτιλήνη, Νίσυρος, Κάσος, Ζάκυνθος, Λευκάδα) έχουν τους απλότυπους 7-23. Διαπιστώθηκε επίσης η ύπαρξη πέντε διαγνωστικών προτύπων μεταξύ «λιμναίων» και «θαλάσσιων» πληθυσμών. Επιπλέον, παρατηρήθηκε η ύπαρξη ενός διαγνωστικού προτύπου για τους πληθυσμούς από την Κω, τη Λήμνο και τη Νίσυρο, βάσει του οποίου μπορούμε να διαχωρίσουμε τους πληθυσμούς αυτούς από τους υπόλοιπους θαλάσσιους πληθυσμούς που μελετήθηκαν, καθώς και ένα διαγνωστικό πρότυπο βάσει του οποίου μπορούμε να διακρίνουμε τον πληθυσμό της Νισύρου από τους υπόλοιπους επτά πληθυσμούς «θαλάσσιου» τύπου. Με βάση τα δεδομένα αυτά υπολογίστηκε η καθαρή νουκλεοτιδική απόκλιση μεταξύ των πληθυσμών και βρέθηκε να είναι αρκετά υψηλή σε ορισμένες περιπτώσεις. Τα παραπάνω αποτελέσματα επιβεβαιώνονται και από τα δύο φυλογενετικά δένδρα που κατασκευάστηκαν με τις μεθόδους UPGMA και Μέγιστης Φειδωλότητας. Βάσει της τιμής του Nst (50%) που υπολογίστηκε μόνο η μισή από την ολική γενετική ποικιλότητα που παρατηρήθηκε οφείλεται σε διαφορές ανάμεσα στους πληθυσμούς, ενώ η υπόλοιπη οφείλεται σε ενδοπληθυσμιακές διαφορές. / Τhe genetic differentiation and the phylogenetic relationships of six greek populations of Atherina boyeri were investigated at the mitochondrial level. The samples originated from the marine sites of Lesvos, Nisyros, Kasos, Kymi and the lakes Vistonida and Iznik (Turkey). RFLP analysis of three mtDNA segments (12S rRNA, 16S rRNA and D-loop) amplified by PCR were used. These results were combined with others available in the laboratory, concerning nine more greek populations (Kalymnos, Kefallonia, Amvrakikos, Kos, Limnos, Evvoia, Zakynthos, Leukada, Kourna/Crete). Twenty-three composite haplotypes where revealed from the RFLP analysis. There is a clear distinction between “marine” and “lagoon” type populations. In particular, the populations from the lakes/lagoons (Vistonida, Kourna, Kefallonia, Amvrakikos, Iznik), as well as the populations from sites with similar environmental conditions to the lakes/lagoons (Kymi, Kalymnos) have the haplotypes 1-6, while the “marine” type populations (Kos, Limnos, Evvoia, Lesvos, Nisyros, Kasos, Zakynthos, Leukada) have the haplotypes 7-23. Five specific restriction patterns were also revealed, which can be used to distinguish the “marine” from the “lagoon” type populations. Moreover, one diagnostic pattern, with which we can distinguish the populations from Kos, Limnos and Nisyros from the rest “marine” type populations studied, was revealed, as well as it was revealed one diagnostic pattern, with which we can distinguish the population of Nisyros from the rest “marine” type populations. The genetic divergence values estimated among “lagoon” and “marine” type populations were high, with the populations from Evvoia and Kourna to show the greatest divergence (10.450%) and the populations from Amvrakikos and Nisyros the lowest (5.549%). The above results were also confirmed and by the two phylogenetic trees that were conducted using the UPGMA and the Maximum Parsimony methods. The trees consist of two main clades, which contain the “marine” and “lagoon” populations respectively. Our results show that distinct “lagoon” populations (such as from Vistonida and Kourna) have similar genetic structure, a situation that is not true for the “marine” populations, since there are populations with completely different genetic structure. Finally, the Nst value (50%) indicates that half of the overall genetic diversity detected was between populations.

Τα ισόποδα αποτελούν τα πιο ποικίλα σε δομή και τα πλουσιότερα σε είδη Καρκινοειδή της υπέρταξης των Περακαρίδων. Πρόκειται για κοινούς κατοίκους όλων σχεδόν των οικοσυστημάτων. Η οικογένεια Sphaeromatidae (Latreille, 1825) ανήκει στην υπόταξη Flabellifera (μια από τις 10 υποτάξεις των ισοπόδων). Δύο εκπρόσωποι της οικογένειας αυτής είναι τα είδη Sphaeroma serratum (Fabricius, 1787) και Lekanesphaera hookeri (Leach, 1814), που είναι κοσμοπολιτικά, εντοπίζονται σε πολλές περιοχές της Ελλάδας και αποτέλεσαν τα πειραματόζωα στην παρούσα μελέτη. Οι φυλογενετικές μελέτες στον ελλαδικό χώρο περιορίζονται κυρίως στη μελέτη ειδών χερσαίων ισοπόδων, κυρίως λόγω των πολλών ενδημικών ειδών. Ωστόσο εντοπίζονται και άλλα είδη, τα οποία διαβιούν τόσο στη θάλασσα όσο και σε περιοχές με γλυκά και υφάλμυρα νερά, τα οποία δεν έχουν μελετηθεί ακόμη, αν και θα μπορούσαν να δώσουν απαντήσεις σε ερωτήματα σχετικά με τους μηχανισμούς απομόνωσης των πληθυσμών αλλά και την οικολογία, καθώς και την παλαιογεωγραφία της περιοχής. Η παρούσα εργασία αποτελεί την πρώτη απόπειρα μελέτης των φυλογενετικών σχέσεων των δύο αυτών ειδών τόσο στον ελλαδικό όσο και στον ευρωπαϊκό χώρο γενικότερα. Ο σκοπός της παρούσας εργασίας ήταν ο προσδιορισμός της γενετικής δομής και των φυλογενετικών σχέσεων ειδών της οικογένειας Sphaeromatidae. Για τη μελέτη χρησιμοποιήθηκαν μοριακοί δείκτες από 18 πληθυσμούς του είδους Sphaeroma serratum και 2 πληθυσμούς του είδους Lekanesphaera hookeri (ως εξωομάδα). Η πειραματική προσέγγιση περιελάμβανε τον πολλαπλασιασμό αλληλουχιών των μιτοχονδριακών γονιδιακών τόπων 16S rDNA και COI (δείκτες που χρησιμοποιούνται ευρέως για μελέτες σε επίπεδο πληθυσμών και ειδών) με τη μέθοδο της PCR, τον προσδιορισμό των αλληλουχιών αυτών και, ακολούθως, τη στατιστική και φυλογενετική τους ανάλυση με τις μεθόδους της Σύνδεσης Γειτόνων (Neighbor Joining), της Μέγιστης Φειδωλότητας (Maximum Parsimony) και της Μπεϊεσιανής Συμπερασματολογίας (Bayesian Inference). Το τελικό μήκος των αλληλουχιών μετά την επεξεργασία ήταν 396 θέσεις για το γενετικό τόπο 16S και 500 θέσεις για το γενετικό τόπο COI. Τα δεδομένα από τους δύο γενετικούς τόπους ήταν δυνατό να συνδυαστούν, επομένως πραγματοποιήθηκε τόσο ανεξάρτητη όσο και συνδυασμένη ανάλυση. Τα αποτελέσματα που προέκυψαν από τη χρήση των μιτοχονδριακών μοριακών δεικτών και την εφαρμογή των φυλογενετικών μεθόδων που προαναφέρθηκαν, τόσο όσον αφορά τις νουκλεοτιδικές αποκλίσεις όσο και τα φυλογενετικά δέντρα που προέκυψαν, επιβεβαιώνουν τη μεγάλη γενετική διαφοροποίηση μεταξύ των δύο ειδών και αναγνωρίζουν επίσης μεγάλη γενετική διαφοροποίηση μεταξύ των πληθυσμών του είδους Sphaeroma serratum. Η διαφοροποίηση αυτή δεν ακολουθεί κάποιο σαφές γεωγραφικό πρότυπο, ωστόσο φαίνεται να συνδέεται με τα διαφορετικά επίπεδα αλατότητας που παρατηρούνται στις διάφορες περιοχές συλλογής. Οδηγούμαστε συνεπώς στην υπόθεση ότι είναι πιθανή η ύπαρξη κρυπτικών ειδών μέσα στους πληθυσμούς του είδους. / Isopods, the most diverse in form and the most species-rich crustaceans of the superorder Peracarida, have successfully settled all possible habitats. The family Sphaeromatidae (Latreille, 1825) is classified in the suborder Flabellifera (one of the 10 suborders of isopods). Two representatives of this family are the species Sphaeroma serratum (Fabricius, 1787) and Lekanesphaera hookeri (Leach, 1814). They are both cosmopolitan species and have colonized widely the Greek marine shorelines and lagoons. The phylogenetic relations studies in Greece regard only terrestrial isopods, due to the large variety of endemic species. However, there are also non terrestrial species that haven’t been studied yet. This type of studies could give answers to questions about the isolation mechanisms of the populations, about ecological factors and the palaeogeography of Greece. The present study is the first attempt to resolve the phylogenetic relations of the two species mentioned above, in Greece and generally in Europe. In order to resolve those relations, we used two mitochondrial markers (16S rDNA and COI) from 18 populations of Sphaeroma serratum and 2 populations of Lekanesphaera hookeri (outgroup). Our experimental approach included PCR amplification, sequencing and computational statistic and phylogenetic analyses using Neighbor Joining, Maximum Parsimony and Bayesian Inference methods. Regardless of the method used, the results verify the great genetic divergence between the two species and also indicate great divergence among the populations of Sphaeroma serratum. Divergence patterns do not show any clear geographic structure, although they seam to be related somehow with the different salinity levels observed in the sampling regions, implicating the existence of cryptic species.