Στην εργασία αυτή μελετήθηκε η γενετική δομή και οι φυλογενετικές σχέσεις μεταξύ έξι πληθυσμών της Atherina boyeri που προέρχονταν από τις περιοχές της Μυτιλήνης, της Νισύρου, της Κάσου, της Κύμης, και των λιμνών της Βιστωνίδας και Iznik (στην Τουρκία). Συγκεκριμένα, έγινε μελέτη των περιοριστικών θραυσμάτων ποικίλου μήκους (RFLP analysis) των τμημάτων 12S rRNA, 16S rRNA και του βρόγχου εκτόπισης (D-loop) του μιτοχονδριακού DNA. Τα αποτελέσματα αυτά συνδυάστηκαν με τα αποτελέσματα άλλων μελετών που αφορούσαν εννέα διαφορετικές περιοχές της Ελλάδας (Κάλυμνο, Κεφαλλονιά, Αμβρακικός, Κως, Λήμνος, Εύβοια, Ζάκυνθος, Λευκάδα και Κουρνά-Κρήτη) και είχαν γίνει στο εργαστήριο. Από την RFLP ανάλυση αποκαλύφθηκαν 23 διαφορετικοί σύνθετοι απλότυποι. Βάσει των αποτελεσμάτων γίνεται σαφής διαχωρισμός μεταξύ «λιμναίου» και «θαλάσσιου» τύπου πληθυσμών. Οι πληθυσμοί από τις λίμνες/λιμνοθάλασσες (Βιστωνίδα, Κουρνά, Κούταβος/Κεφαλλονιά, Αμβρακικός, Iznik/Τουρκία ), καθώς και από περιοχές που επικρατούν παρόμοιες συνθήκες (Κύμη, Βαθύ Καλύμνου), έχουν τους απλότυπους 1-6, ενώ οι «θαλάσσιου» τύπου πληθυσμοί (Κως, Λήμνος, Εύβοια, Μυτιλήνη, Νίσυρος, Κάσος, Ζάκυνθος, Λευκάδα) έχουν τους απλότυπους 7-23. Διαπιστώθηκε επίσης η ύπαρξη πέντε διαγνωστικών προτύπων μεταξύ «λιμναίων» και «θαλάσσιων» πληθυσμών. Επιπλέον, παρατηρήθηκε η ύπαρξη ενός διαγνωστικού προτύπου για τους πληθυσμούς από την Κω, τη Λήμνο και τη Νίσυρο, βάσει του οποίου μπορούμε να διαχωρίσουμε τους πληθυσμούς αυτούς από τους υπόλοιπους θαλάσσιους πληθυσμούς που μελετήθηκαν, καθώς και ένα διαγνωστικό πρότυπο βάσει του οποίου μπορούμε να διακρίνουμε τον πληθυσμό της Νισύρου από τους υπόλοιπους επτά πληθυσμούς «θαλάσσιου» τύπου. Με βάση τα δεδομένα αυτά υπολογίστηκε η καθαρή νουκλεοτιδική απόκλιση μεταξύ των πληθυσμών και βρέθηκε να είναι αρκετά υψηλή σε ορισμένες περιπτώσεις. Τα παραπάνω αποτελέσματα επιβεβαιώνονται και από τα δύο φυλογενετικά δένδρα που κατασκευάστηκαν με τις μεθόδους UPGMA και Μέγιστης Φειδωλότητας. Βάσει της τιμής του Nst (50%) που υπολογίστηκε μόνο η μισή από την ολική γενετική ποικιλότητα που παρατηρήθηκε οφείλεται σε διαφορές ανάμεσα στους πληθυσμούς, ενώ η υπόλοιπη οφείλεται σε ενδοπληθυσμιακές διαφορές. / Τhe genetic differentiation and the phylogenetic relationships of six greek populations of Atherina boyeri were investigated at the mitochondrial level. The samples originated from the marine sites of Lesvos, Nisyros, Kasos, Kymi and the lakes Vistonida and Iznik (Turkey). RFLP analysis of three mtDNA segments (12S rRNA, 16S rRNA and D-loop) amplified by PCR were used. These results were combined with others available in the laboratory, concerning nine more greek populations (Kalymnos, Kefallonia, Amvrakikos, Kos, Limnos, Evvoia, Zakynthos, Leukada, Kourna/Crete). Twenty-three composite haplotypes where revealed from the RFLP analysis. There is a clear distinction between “marine” and “lagoon” type populations. In particular, the populations from the lakes/lagoons (Vistonida, Kourna, Kefallonia, Amvrakikos, Iznik), as well as the populations from sites with similar environmental conditions to the lakes/lagoons (Kymi, Kalymnos) have the haplotypes 1-6, while the “marine” type populations (Kos, Limnos, Evvoia, Lesvos, Nisyros, Kasos, Zakynthos, Leukada) have the haplotypes 7-23. Five specific restriction patterns were also revealed, which can be used to distinguish the “marine” from the “lagoon” type populations. Moreover, one diagnostic pattern, with which we can distinguish the populations from Kos, Limnos and Nisyros from the rest “marine” type populations studied, was revealed, as well as it was revealed one diagnostic pattern, with which we can distinguish the population of Nisyros from the rest “marine” type populations. The genetic divergence values estimated among “lagoon” and “marine” type populations were high, with the populations from Evvoia and Kourna to show the greatest divergence (10.450%) and the populations from Amvrakikos and Nisyros the lowest (5.549%). The above results were also confirmed and by the two phylogenetic trees that were conducted using the UPGMA and the Maximum Parsimony methods. The trees consist of two main clades, which contain the “marine” and “lagoon” populations respectively. Our results show that distinct “lagoon” populations (such as from Vistonida and Kourna) have similar genetic structure, a situation that is not true for the “marine” populations, since there are populations with completely different genetic structure. Finally, the Nst value (50%) indicates that half of the overall genetic diversity detected was between populations.